scripts/elandseq

   1 #!/usr/bin/env python
   2 import optparse
   3 import os
   4 import sys
   5
   6 def extract_sequence(instream, outstream, start, end):
   7   for line in instream:
   8     record = line.split()
   9     if len(record) > 1:
  10       result = [record[0], record[1][start:end]]
  11     else:
  12       result = [record[0][start:end]]
  13     outstream.write("\t".join(result))
  14     outstream.write(os.linesep)
  15
  16
  17 def make_parser():
  18   usage = "usage: %prog [options] infile [outfile]"
  19
  20   parser = optparse.OptionParser(usage)
  21   parser.add_option("-e", "--extract", dest="slice",
  22     default=":",
  23     help="provide a python slice operator to select a portion of an eland file")
  24   return parser
  25
  26 def main(argv):
  27   parser = make_parser()
  28
  29   (opt, args) = parser.parse_args(argv)
  30
  31   if len(args) not in (0, 1, 2):
  32     parser.error('incorrect number of arguments')
  33
  34   # get our slice coordinates
  35   start, end = opt.slice.split(':')
  36   if len(start) > 0:
  37     start = int(start)
  38   else:
  39     start = None
  40   if len(end) > 0:
  41     end = int(end)
  42   else:
  43     end = None
  44
  45   # open infile
  46   if len(args) > 0:
  47     instream = open(args[0],'r')
  48   else:
  49     instream = sys.stdin
  50
  51   if len(args) > 1:
  52     outstream = open(args[1],'w')
  53   else:
  54     outstream = sys.stdout
  55
  56   extract_sequence(instream, outstream, start, end)
  57
  58 if __name__ == "__main__":
  59     sys.exit(main(sys.argv[1:]))
  60