scripts/htsw-eland2bed

   1 #!/usr/bin/python
   2 import optparse
   3 import sys
   4 import os
   5
   6 from htsworkflow.util.opener import autoopen
   7 from htsworkflow.util.makebed import make_bed_from_eland_stream, make_bed_from_multi_eland_stream, make_description
   8
   9 def make_parser():
  10   parser = optparse.OptionParser()
  11   parser.add_option('-e', '--eland', dest='inname',
  12                     help='specify input eland filename')
  13   parser.add_option('-b', '--bed', dest='outname',
  14                     help='specify output befilename')
  15   parser.add_option('-n', '--name', dest='name',
  16                     help='specify the track (short) name.',
  17                     default=None)
  18   parser.add_option('-d', '--description', dest='description',
  19                     help='specify the track description',
  20                     default=None)
  21   parser.add_option('--chromosome', dest='prefix',
  22                     help='Set the chromosome prefix name. defaults to "chr"',
  23                     default='chr')
  24   parser.add_option("--database", dest='database',
  25                     help="specify location of fctracker database",
  26                     default=None)
  27   parser.add_option("--flowcell", dest='flowcell',
  28                     help="compute name and description from database using flowcell id",
  29                     default=None)
  30   parser.add_option("--lane", dest='lane',
  31                     help='specify which lane to use when retrieving description from database',
  32                     default=None)
  33
  34   multi = optparse.OptionGroup(parser, 'Multi-read ELAND support')
  35
  36   multi.add_option('-m', '--multi', action='store_true',
  37                     help='Enable parsing multi-read eland files',
  38                     default=False)
  39   multi.add_option('--reads', type='int',
  40                    help='limit reporting multi reads to this many reads'
  41                         '(most usefully --reads=1 will turn a multi-read '
  42                         'file into a single read file)',
  43                    default=255)
  44   parser.add_option_group(multi)
  45
  46   return parser
  47
  48 def main(command_line=None):
  49   instream = None
  50   outstream = None
  51
  52   if command_line is None:
  53     command_line = sys.argv[1:]
  54
  55   parser = make_parser()
  56   (options, args) = parser.parse_args(command_line)
  57
  58   if options.inname is None:
  59     parser.error("Need eland input file name")
  60     return 1
  61
  62   if options.inname == '-':
  63     instream = sys.stdin
  64   elif os.path.exists(options.inname):
  65     instream = autoopen(options.inname, 'r')
  66   else:
  67     parser.error('%s was not found' % (options.inname))
  68     return 1
  69
  70   # figure out name for output file
  71   if options.outname is None:
  72       # if outname wasn't defined, and we're reading from stdout
  73       if instream is sys.stdin:
  74           # write to stdout
  75           outstream = sys.stdout
  76       else:
  77           # if there's a name write to name.bed
  78           options.outname = os.path.splitext(options.inname)[0]+'.bed'
  79           print >>sys.stderr, "defaulting to outputname", options.outname
  80   elif options.outname == '-':
  81       outstream = sys.stdout
  82
  83   if outstream is None:
  84       if os.path.exists(options.outname):
  85           parser.error("not overwriting %s" % (options.outname))
  86           return 1
  87       else:
  88           outstream = open(options.outname, 'w')
  89
  90   if options.flowcell is not None and options.lane is not None:
  91     # get our name/description out of the database
  92     name, description = make_description(
  93                            options.database, options.flowcell, options.lane
  94                         )
  95   else:
  96     name = options.name
  97     description = options.description
  98
  99   if options.multi:
 100     make_bed_from_multi_eland_stream(instream, outstream,
 101                                      name, description,
 102                                      options.prefix,
 103                                      options.reads)
 104
 105   else:
 106     make_bed_from_eland_stream(instream, outstream,
 107                                name, description,
 108                                options.prefix)
 109   return 0
 110
 111 if __name__ == "__main__":
 112   sys.exit(main(sys.argv[1:]))
 113