scripts/htsw-elandseq

   1 #!/usr/bin/env python
   2 import optparse
   3 import os
   4 import sys
   5
   6 from htsworkflow.pipelines.eland import extract_eland_sequence
   7
   8 def make_parser():
   9   usage = "usage: %prog [options] infile [outfile]"
  10
  11   parser = optparse.OptionParser(usage)
  12   parser.add_option("-e", "--extract", dest="slice",
  13     default=":",
  14     help="provide a python slice operator to select a portion of an eland file")
  15   return parser
  16
  17 def main(argv):
  18   parser = make_parser()
  19
  20   (opt, args) = parser.parse_args(argv)
  21
  22   if len(args) not in (0, 1, 2):
  23     parser.error('incorrect number of arguments')
  24
  25   # get our slice coordinates
  26   start, end = opt.slice.split(':')
  27   if len(start) > 0:
  28     start = int(start)
  29   else:
  30     start = None
  31   if len(end) > 0:
  32     end = int(end)
  33   else:
  34     end = None
  35
  36   # open infile
  37   if len(args) > 0:
  38     instream = open(args[0],'r')
  39   else:
  40     instream = sys.stdin
  41
  42   if len(args) > 1:
  43     outstream = open(args[1],'w')
  44   else:
  45     outstream = sys.stdout
  46
  47   extract_eland_sequence(instream, outstream, start, end)
  48
  49 if __name__ == "__main__":
  50     sys.exit(main(sys.argv[1:]))
  51