scripts/htsw-get-config

   1 #!/usr/bin/env python
   2 import os
   3 if not 'DJANGO_SETTINGS_MODULE' in os.environ:
   4     os.environ['DJANGO_SETTINGS_MODULE'] = 'htsworkflow.settings'
   5
   6 import logging
   7 import sys
   8 from htsworkflow.pipelines.retrieve_config import *
   9 from htsworkflow.pipelines import retrieve_config
  10
  11 #Turn on built-in command-line parsing.
  12 retrieve_config.DISABLE_CMDLINE = False
  13
  14
  15 def main(argv=None):
  16     if argv is None:
  17         argv = sys.argv
  18
  19     #Display help if no args are presented
  20     options = getCombinedOptions(argv)
  21
  22     if options.verbose:
  23         logging.basicConfig(level=logging.DEBUG)
  24     else:
  25         logging.basicConfig(level=logging.INFO)
  26
  27     msg_list = ['ERROR MESSAGES:']
  28     if options.flowcell is None:
  29         msg_list.append(
  30           "  Flow cell argument required. -f <flowcell> or "\
  31           "--flowcell=<flowcell>")
  32
  33     if options.url is None:
  34         msg_list.append(
  35           "  URL argument required (-u <url> or --url=<url>), or entry\n" \
  36           "    in /etc/ga_frontend/ga_frontend.conf or ~/.ga_frontend.conf")
  37
  38     if options.genome_dir is None:
  39         msg_list.append(
  40           "  genome_dir argument required (-g <genome_dir> or \n" \
  41           "    --genome_dir=<genome_dir>, or entry in \n" \
  42           "    /etc/ga_frontend/ga_frontend.conf or ~/.ga_frontend.conf")
  43
  44     if len(msg_list) > 1:
  45         print '\n'.join(msg_list)
  46         return 1
  47
  48     saveConfigFile(options)
  49
  50     return 0
  51
  52 if __name__ == "__main__":
  53     sys.exit(main(sys.argv[1:]))