scripts/htsw-get-config

   1 #!/usr/bin/env python
   2 from __future__ import print_function
   3
   4 import os
   5 if not 'DJANGO_SETTINGS_MODULE' in os.environ:
   6     os.environ['DJANGO_SETTINGS_MODULE'] = 'htsworkflow.settings'
   7
   8 import logging
   9 import sys
  10 from htsworkflow.pipelines.retrieve_config import *
  11 from htsworkflow.pipelines import retrieve_config
  12
  13 #Turn on built-in command-line parsing.
  14 retrieve_config.DISABLE_CMDLINE = False
  15
  16
  17 def main(argv=None):
  18     if argv is None:
  19         argv = sys.argv
  20
  21     #Display help if no args are presented
  22     options = getCombinedOptions(argv)
  23
  24     if options.verbose:
  25         logging.basicConfig(level=logging.DEBUG)
  26     else:
  27         logging.basicConfig(level=logging.INFO)
  28
  29     msg_list = ['ERROR MESSAGES:']
  30     if options.flowcell is None:
  31         msg_list.append(
  32           "  Flow cell argument required. -f <flowcell> or "\
  33           "--flowcell=<flowcell>")
  34
  35     if options.url is None:
  36         msg_list.append(
  37           "  URL argument required (-u <url> or --url=<url>), or entry\n" \
  38           "    in /etc/ga_frontend/ga_frontend.conf or ~/.ga_frontend.conf")
  39
  40     if options.genome_dir is None:
  41         msg_list.append(
  42           "  genome_dir argument required (-g <genome_dir> or \n" \
  43           "    --genome_dir=<genome_dir>, or entry in \n" \
  44           "    /etc/ga_frontend/ga_frontend.conf or ~/.ga_frontend.conf")
  45
  46     if len(msg_list) > 1:
  47         print('\n'.join(msg_list))
  48         return 1
  49
  50     saveConfigFile(options)
  51
  52     return 0
  53
  54 if __name__ == "__main__":
  55     sys.exit(main(sys.argv[1:]))