scripts/htsw-record-runfolder

   1 #!/usr/bin/env python
   2
   3 from optparse import OptionParser
   4 import os
   5 import re
   6 import sys
   7 import urllib2
   8 import urlparse
   9
  10 from django.conf import settings
  11
  12 from htsworkflow.util.hdquery import get_hd_serial_num
  13
  14 runfolder_pattern = re.compile(r'[0-9]{6}_[-A-Za-z\d]+_\d+_(?P<flowcell>[A-Z\d]+)\.tgz')
  15
  16 def extract_flowcell(runfolder_name):
  17     path, basename = os.path.split(runfolder_name)
  18     match = runfolder_pattern.match(basename)
  19     if match is not None:
  20         return match.group('flowcell')
  21     else:
  22         return None
  23
  24 def construct_parser():
  25     """
  26     """
  27     msg = "usage: %prog [-d </dev/sdX> | -s <serial_number] [-f <flowcell>] [archived dirs]"
  28     parser = OptionParser()
  29     parser.add_option('-u', '--url', default=None,
  30                       help="Alternate url for marking archived flowcells")
  31     parser.add_option("-f", "--flowcell",  type="string", help="flowcell being archived")
  32     parser.add_option("-d", "--device", type="string",
  33                       help="device flowcell is being archived to")
  34     parser.add_option("-s", "--serial", type="string", help="serial num. of archive device")
  35     parser.add_option("-v", "--verbose", action="store_true", default=False)
  36
  37     return parser
  38
  39
  40 def update_db(root_url, flowcells, serial, debug=False):
  41     """
  42     Creates link between flowcell and storage device over http
  43     """
  44     for fc in flowcells:
  45         url = urlparse.urljoin(root_url, '%s/%s/' % (fc, serial))
  46
  47         req = urllib2.Request(url)
  48         try:
  49             response = urllib2.urlopen(req)
  50         except urllib2.URLError, e:
  51             print 'ERROR - HTTP OUTPUT (Return Code: %s); use -v/--verbose for more details.' % (e.code)
  52             if debug:
  53                 print e.read()
  54             sys.exit(e.code)
  55
  56         print "DB Update of %s & %s succeeded" % (fc, serial)
  57         print response.read()
  58
  59
  60 def process_args(parser):
  61     """
  62     returns flowcell and serial#
  63     """
  64     options, args = parser.parse_args()
  65
  66     msg = []
  67
  68     # Only provide device or serial
  69     if options.device is not None and options.serial is not None:
  70         parser.error("Please provide only --device or --serial.\n"\
  71                      "The serial number is extracted automatically if the"\
  72                      "device is provided.")
  73
  74     # allow user to override the default destination URL
  75     if options.url is not None:
  76         root_url = options.url
  77     else:
  78         root_url = settings.LINK_FLOWCELL_STORAGE_DEVICE_URL
  79
  80     if root_url is None:
  81         parser.error("Please set path to flowcell storage url")
  82
  83     # if device and serial missing:
  84     if options.device is None and options.serial is None:
  85         parser.error('One of --device or --serial is required')
  86
  87     flowcells = []
  88
  89     # sanitize args
  90     for runfolder in args:
  91         flowcell_id = extract_flowcell(runfolder)
  92         if flowcell_id is None:
  93             parser.error('archive names must look like YYMMDD_MACHINE_RUN_FLOWCELLID.tgz\n'\
  94                          '(got %s)' % (runfolder,))
  95         else:
  96             flowcells.append(flowcell_id)
  97
  98     if options.flowcell is not None:
  99         flowcells.append(options.flowcell)
 100
 101     if len(flowcells) == 0:
 102         parser.error('please specify a  --flowcell or list of runfolder archives\n'\
 103                      'for archival. I need something to do.')
 104
 105     # Update db records
 106     if options.device is not None:
 107         serial = get_hd_serial_num(options.device)
 108         update_db(root_url, flowcells, serial=serial, debug=options.verbose)
 109     elif options.serial is not None:
 110         update_db(root_url, flowcells, serial=options.serial, debug=options.verbose)
 111     else:
 112         msg ="FATAL should not happen error occured; i.e. the best kind!"
 113         raise ValueError, msg
 114
 115
 116
 117 def main():
 118     """
 119     """
 120     parser = construct_parser()
 121     process_args(parser)
 122
 123     #print "Database Updated."
 124     sys.exit(0)
 125
 126 if __name__ == '__main__':
 127     main()