scripts/htsw-srf

   1 #!/usr/bin/python
   2 from __future__ import print_function, unicode_literals
   3
   4 import logging
   5 import optparse
   6 import os
   7 import sys
   8
   9 from htsworkflow.pipelines import runfolder
  10 from htsworkflow.pipelines.srf import make_srf_commands, make_qseq_commands, \
  11                                       run_commands, pathname_to_run_name
  12 from htsworkflow.pipelines.srf import ILLUMINA2SRF10, ILLUMINA2SRF11, SOLEXA2SRF
  13
  14 LOGGER = logging.getLogger(__name__)
  15
  16 def make_parser():
  17   usage = '%prog: [options] runfolder -l 1,2,3 [runfolder -l 5,6 ...]'
  18
  19   parser = optparse.OptionParser(usage)
  20   parser.add_option('--dry-run', action='store_true',
  21                     help='print what would be done',
  22                     default=False)
  23
  24   parser.add_option('-d', '--dest-dir', dest='dest_dir',
  25                     help='location to write srf files to',
  26                     default='.')
  27   parser.add_option('-s', '--site',
  28                     help='site name',
  29                     default='Individual')
  30   parser.add_option('-l', '--lanes', dest='lanes', action="append",
  31          default=[],
  32          help='comma seperated list of lanes to add to srf'
  33   )
  34   parser.add_option('-j', '--jobs', default=1, type='int',
  35                     help='how many jobs to run simultaneously')
  36   parser.add_option('-r', '--runfolder-version', default=ILLUMINA2SRF11, type='int',
  37                     help='Which class of srf file should we attempt to create\n'
  38                          '0 = Solexa pipeline 0.2.6 - 0.3\n'
  39                          '1 = illumina pipeline 1.0\n'
  40                          '2 = illumina pipeline 1.1rc1 and later \n')
  41
  42   parser.add_option('-v', '--verbose', dest='verbose',
  43                     default=False, action='store_true',
  44                     help='report more about internals (INFO)')
  45   parser.add_option('--debug', dest='debug',
  46                     default=False, action='store_true',
  47                     help='report even more about internals (DEBUG)')
  48
  49   return parser
  50
  51 def parse_lane_arg(lane_arg):
  52     """
  53     Convert comma sperated list of lane ids to a list of integers
  54     """
  55     lanes = []
  56     for lane in lane_arg.split(','):
  57         try:
  58             lane = int(lane)
  59             if lane < 1 or lane > 8:
  60                 parser.error('Lanes must be in range [1..8]')
  61             lanes.append(lane)
  62         except ValueError:
  63             parser.error('Lane selections must be integers')
  64     return lanes
  65
  66 def main(cmdline=None):
  67     parser = make_parser()
  68     opts, args = parser.parse_args(cmdline)
  69
  70     if opts.debug:
  71         logging.basicConfig(level=logging.DEBUG)
  72     elif opts.verbose:
  73         logging.basicConfig(level=logging.INFO)
  74     else:
  75         logging.basicConfig(level=logging.WARNING)
  76
  77     if len(args) == 0:
  78         parser.error('need runfolder arguments')
  79
  80     # parse lane arguemnts
  81     lanes_list = []
  82     if len(opts.lanes) == 0:
  83         lanes_list = [[1,2,3,4,5,6,7,8]] * len(args)
  84     elif len(opts.lanes) == len(args):
  85         for lane_arg in opts.lanes:
  86             lanes_list.append(parse_lane_arg(lane_arg))
  87     else:
  88         parser.error(
  89           "Number of lane arguments must match number of runfolders"
  90         )
  91
  92     make_commands = make_qseq_commands
  93     # build list of commands
  94     cmds = {}
  95     for runfolder_path, lanes in zip(args, lanes_list):
  96         # normalize paths, either relative to home dirs or current dir
  97         runfolder_path = os.path.abspath(runfolder_path)
  98         run_name = pathname_to_run_name(runfolder_path)
  99         # so any bustard directories?
 100         runs = runfolder.get_runs(runfolder_path)
 101         # give up if there are anything other than 1 run
 102         if len(runs) > 1:
 103           LOGGER.error('Too many run directories in %s', runfolder_path)
 104           return 1
 105         elif len(runs) == 1:
 106           bustard_dir = runs[0].bustard.pathname
 107           cmds[bustard_dir] = make_commands(run_name,
 108                                             bustard_dir,
 109                                             lanes,
 110                                             opts.site,
 111                                             opts.dest_dir,
 112                                             opts.runfolder_version)
 113         else:
 114           LOGGER.error("Couldn't find a bustard directory in %s",
 115                        runfolder_path)
 116           return 1
 117
 118     if not opts.dry_run:
 119       for cwd, cmd_list in cmds.items():
 120         run_commands(cwd, cmd_list, opts.jobs)
 121     else:
 122       for cwd, cmd_list in cmds.items():
 123         print(cwd)
 124         print(cmd_list)
 125         print('jobs: ', opts.jobs)
 126
 127     return 0
 128
 129 if __name__ == "__main__":
 130     sys.exit(main(sys.argv[1:]))