scripts/htsw-srf

   1 #!/usr/bin/python
   2
   3 import logging
   4 import optparse
   5 import os
   6 import sys
   7
   8 from htsworkflow.pipelines import runfolder
   9 from htsworkflow.pipelines.srf import make_srf_commands, make_qseq_commands, \
  10                                       run_commands, pathname_to_run_name
  11 from htsworkflow.pipelines.srf import ILLUMINA2SRF10, ILLUMINA2SRF11, SOLEXA2SRF
  12
  13 def make_parser():
  14   usage = '%prog: [options] runfolder -l 1,2,3 [runfolder -l 5,6 ...]'
  15
  16   parser = optparse.OptionParser(usage)
  17   parser.add_option('--dry-run', action='store_true',
  18                     help='print what would be done',
  19                     default=False)
  20
  21   parser.add_option('-d', '--dest-dir', dest='dest_dir',
  22                     help='location to write srf files to',
  23                     default='.')
  24   parser.add_option('-s', '--site',
  25                     help='site name',
  26                     default='Individual')
  27   parser.add_option('-l', '--lanes', dest='lanes', action="append",
  28          default=[],
  29          help='comma seperated list of lanes to add to srf'
  30   )
  31   parser.add_option('-j', '--jobs', default=1, type='int',
  32                     help='how many jobs to run simultaneously')
  33   parser.add_option('-r', '--runfolder-version', default=ILLUMINA2SRF11, type='int',
  34                     help='Which class of srf file should we attempt to create\n'
  35                          '0 = Solexa pipeline 0.2.6 - 0.3\n'
  36                          '1 = illumina pipeline 1.0\n'
  37                          '2 = illumina pipeline 1.1rc1 and later \n')
  38
  39   parser.add_option('-v', '--verbose', dest='verbose',
  40                     default=False, action='store_true',
  41                     help='report more about internals (INFO)')
  42   parser.add_option('--debug', dest='debug',
  43                     default=False, action='store_true',
  44                     help='report even more about internals (DEBUG)')
  45
  46   return parser
  47
  48 def parse_lane_arg(lane_arg):
  49     """
  50     Convert comma sperated list of lane ids to a list of integers
  51     """
  52     lanes = []
  53     for lane in lane_arg.split(','):
  54         try:
  55             lane = int(lane)
  56             if lane < 1 or lane > 8:
  57                 parser.error('Lanes must be in range [1..8]')
  58             lanes.append(lane)
  59         except ValueError:
  60             parser.error('Lane selections must be integers')
  61     return lanes
  62
  63 def main(cmdline=None):
  64     parser = make_parser()
  65     opts, args = parser.parse_args(cmdline)
  66
  67     if opts.debug:
  68         logging.basicConfig(level=logging.DEBUG)
  69     elif opts.verbose:
  70         logging.basicConfig(level=logging.INFO)
  71     else:
  72         logging.basicConfig(level=logging.WARNING)
  73
  74     if len(args) == 0:
  75         parser.error('need runfolder arguments')
  76
  77     # parse lane arguemnts
  78     lanes_list = []
  79     if len(opts.lanes) == 0:
  80         lanes_list = [[1,2,3,4,5,6,7,8]] * len(args)
  81     elif len(opts.lanes) == len(args):
  82         for lane_arg in opts.lanes:
  83             lanes_list.append(parse_lane_arg(lane_arg))
  84     else:
  85         parser.error(
  86           "Number of lane arguments must match number of runfolders"
  87         )
  88
  89     make_commands = make_qseq_commands
  90     # build list of commands
  91     cmds = {}
  92     for runfolder_path, lanes in zip(args, lanes_list):
  93         # normalize paths, either relative to home dirs or current dir
  94         runfolder_path = os.path.abspath(runfolder_path)
  95         run_name = pathname_to_run_name(runfolder_path)
  96         # so any bustard directories?
  97         runs = runfolder.get_runs(runfolder_path)
  98         # give up if there are anything other than 1 run
  99         if len(runs) > 1:
 100           print 'ERROR: Too many run directories in %s' %(runfolder_path,)
 101           return 1
 102         elif len(runs) == 1:
 103           bustard_dir = runs[0].bustard.pathname
 104           cmds[bustard_dir] = make_commands(run_name,
 105                                             bustard_dir,
 106                                             lanes,
 107                                             opts.site,
 108                                             opts.dest_dir,
 109                                             opts.runfolder_version)
 110         else:
 111           print "ERROR: Couldn't find a bustard directory in", runfolder_path
 112           return 1
 113
 114     if not opts.dry_run:
 115       for cwd, cmd_list in cmds.items():
 116         run_commands(cwd, cmd_list, opts.jobs)
 117     else:
 118       for cwd, cmd_list in cmds.items():
 119         print cwd
 120         print cmd_list
 121         print 'jobs: ', opts.jobs
 122
 123     return 0
 124
 125 if __name__ == "__main__":
 126     sys.exit(main(sys.argv[1:]))