scripts/htsw-srf

   1 #!/usr/bin/python
   2 from __future__ import print_function, unicode_literals
   3
   4 import logging
   5 import optparse
   6 import os
   7 import sys
   8
   9 from htsworkflow.pipelines import runfolder
  10 from htsworkflow.pipelines.srf import make_srf_commands, make_qseq_commands, \
  11                                       run_commands, pathname_to_run_name
  12 from htsworkflow.pipelines.srf import ILLUMINA2SRF10, ILLUMINA2SRF11, SOLEXA2SRF
  13
  14 def make_parser():
  15   usage = '%prog: [options] runfolder -l 1,2,3 [runfolder -l 5,6 ...]'
  16
  17   parser = optparse.OptionParser(usage)
  18   parser.add_option('--dry-run', action='store_true',
  19                     help='print what would be done',
  20                     default=False)
  21
  22   parser.add_option('-d', '--dest-dir', dest='dest_dir',
  23                     help='location to write srf files to',
  24                     default='.')
  25   parser.add_option('-s', '--site',
  26                     help='site name',
  27                     default='Individual')
  28   parser.add_option('-l', '--lanes', dest='lanes', action="append",
  29          default=[],
  30          help='comma seperated list of lanes to add to srf'
  31   )
  32   parser.add_option('-j', '--jobs', default=1, type='int',
  33                     help='how many jobs to run simultaneously')
  34   parser.add_option('-r', '--runfolder-version', default=ILLUMINA2SRF11, type='int',
  35                     help='Which class of srf file should we attempt to create\n'
  36                          '0 = Solexa pipeline 0.2.6 - 0.3\n'
  37                          '1 = illumina pipeline 1.0\n'
  38                          '2 = illumina pipeline 1.1rc1 and later \n')
  39
  40   parser.add_option('-v', '--verbose', dest='verbose',
  41                     default=False, action='store_true',
  42                     help='report more about internals (INFO)')
  43   parser.add_option('--debug', dest='debug',
  44                     default=False, action='store_true',
  45                     help='report even more about internals (DEBUG)')
  46
  47   return parser
  48
  49 def parse_lane_arg(lane_arg):
  50     """
  51     Convert comma sperated list of lane ids to a list of integers
  52     """
  53     lanes = []
  54     for lane in lane_arg.split(','):
  55         try:
  56             lane = int(lane)
  57             if lane < 1 or lane > 8:
  58                 parser.error('Lanes must be in range [1..8]')
  59             lanes.append(lane)
  60         except ValueError:
  61             parser.error('Lane selections must be integers')
  62     return lanes
  63
  64 def main(cmdline=None):
  65     parser = make_parser()
  66     opts, args = parser.parse_args(cmdline)
  67
  68     if opts.debug:
  69         logging.basicConfig(level=logging.DEBUG)
  70     elif opts.verbose:
  71         logging.basicConfig(level=logging.INFO)
  72     else:
  73         logging.basicConfig(level=logging.WARNING)
  74
  75     if len(args) == 0:
  76         parser.error('need runfolder arguments')
  77
  78     # parse lane arguemnts
  79     lanes_list = []
  80     if len(opts.lanes) == 0:
  81         lanes_list = [[1,2,3,4,5,6,7,8]] * len(args)
  82     elif len(opts.lanes) == len(args):
  83         for lane_arg in opts.lanes:
  84             lanes_list.append(parse_lane_arg(lane_arg))
  85     else:
  86         parser.error(
  87           "Number of lane arguments must match number of runfolders"
  88         )
  89
  90     make_commands = make_qseq_commands
  91     # build list of commands
  92     cmds = {}
  93     for runfolder_path, lanes in zip(args, lanes_list):
  94         # normalize paths, either relative to home dirs or current dir
  95         runfolder_path = os.path.abspath(runfolder_path)
  96         run_name = pathname_to_run_name(runfolder_path)
  97         # so any bustard directories?
  98         runs = runfolder.get_runs(runfolder_path)
  99         # give up if there are anything other than 1 run
 100         if len(runs) > 1:
 101           print 'ERROR: Too many run directories in %s' %(runfolder_path,)
 102           return 1
 103         elif len(runs) == 1:
 104           bustard_dir = runs[0].bustard.pathname
 105           cmds[bustard_dir] = make_commands(run_name,
 106                                             bustard_dir,
 107                                             lanes,
 108                                             opts.site,
 109                                             opts.dest_dir,
 110                                             opts.runfolder_version)
 111         else:
 112           print "ERROR: Couldn't find a bustard directory in", runfolder_path
 113           return 1
 114
 115     if not opts.dry_run:
 116       for cwd, cmd_list in cmds.items():
 117         run_commands(cwd, cmd_list, opts.jobs)
 118     else:
 119       for cwd, cmd_list in cmds.items():
 120         print(cwd)
 121         print(cmd_list)
 122         print('jobs: ', opts.jobs)
 123
 124     return 0
 125
 126 if __name__ == "__main__":
 127     sys.exit(main(sys.argv[1:]))