scripts/library.py

   1 """
   2 Provide some quick and dirty access and reporting for the fctracker database.
   3
   4 The advantage to this code is that it doesn't depend on django being
   5 installed, so it can run on machines other than the webserver.
   6 """
   7 from optparse import OptionParser
   8 import sys
   9
  10 from gaworkflow.util import fctracker
  11
  12 def make_parser():
  13     """
  14     Make parser
  15     """
  16     parser = OptionParser()
  17     parser.add_option("-d", "--database", dest="database",
  18                       help="path to the fctracker.db",
  19                       default=None)
  20     parser.add_option("-w", "--where", dest="where",
  21                       help="add a where clause",
  22                       default=None)
  23     return parser
  24
  25 def main(argv=None):
  26     if argv is None:
  27         argv = []
  28     parser = make_parser()
  29
  30     opt, args = parser.parse_args(argv)
  31
  32     fc = fctracker.fctracker(opt.database)
  33     cells = fc._get_flowcells(opt.where)
  34
  35     print fctracker.recoverable_drive_report(cells)
  36     return 0
  37
  38 if __name__ == "__main__":
  39     sys.exit(main(sys.argv[1:]))