scripts/makebed

   1 #!/usr/bin/python
   2 import optparse
   3 import sys
   4 import os
   5
   6 def make_bed(instream, outstream, name, description, chromosome_prefix='chr'):
   7   """
   8   read an eland result file from instream and write a bedfile to outstream
   9   """
  10   # indexes into fields in eland_result.txt file
  11   SEQ = 1
  12   CHR = 6
  13   START = 7
  14   SENSE = 8
  15   # map eland_result.txt sense
  16   sense_map = { 'F': '+', 'R': '-'}
  17   sense_color = { 'F': '0,0,255', 'R': '255,255,0' }
  18   # provide default track names
  19   if name is None: name = "track"
  20   if description is None: description = "eland result file"
  21   bed_header = 'track name="%s" description="%s" visibility=4 itemRgb="ON"'
  22   bed_header += os.linesep
  23   outstream.write(bed_header % (name, description))
  24
  25   for line in instream:
  26     fields = line.split()
  27     # we need more than the CHR field, and it needs to match a chromosome
  28     if len(fields) <= CHR or fields[CHR][:3] != chromosome_prefix:
  29       continue
  30     start = fields[START]
  31     stop = int(start) + len(fields[SEQ])
  32     chromosome, extension = fields[CHR].split('.')
  33     assert extension == "fa"
  34     outstream.write('%s %s %d read 0 %s - - %s%s' % (
  35       chromosome,
  36       start,
  37       stop,
  38       sense_map[fields[SENSE]],
  39       sense_color[fields[SENSE]],
  40       os.linesep
  41     ))
  42
  43 def make_parser():
  44   parser = optparse.OptionParser()
  45   parser.add_option('-e', '--eland', dest='inname',
  46                     help='specify input eland filename')
  47   parser.add_option('-b', '--bed', dest='outname',
  48                     help='specify output befilename')
  49   parser.add_option('-n', '--name', dest='name',
  50                     help='specify the track (short) name.',
  51                     default=None)
  52   parser.add_option('-d', '--description', dest='description',
  53                     help='specify the track description',
  54                     default=None)
  55   parser.add_option('--chromosome', dest='prefix',
  56                     help='Set the chromosome prefix name. defaults to "chr"',
  57                     default='chr')
  58   return parser
  59
  60 def main(command_line=None):
  61   if command_line is None:
  62     command_line = sys.argv[1:]
  63
  64   parser = make_parser()
  65   (options, args) = parser.parse_args(command_line)
  66
  67   if options.inname is None:
  68     parser.error("Need eland input file name")
  69     return 1
  70
  71   if options.outname is None:
  72     options.outname = os.path.splitext(options.inname)[0]+'.bed'
  73     print >>sys.stderr, "defaulting to outputname", options.outname
  74
  75   if os.path.exists(options.inname):
  76     instream = open(options.inname, 'r')
  77   else:
  78     parser.error('%s was not found' % (options.inname))
  79     return 1
  80
  81   if os.path.exists(options.outname):
  82       parser.error("not overwriting %s" % (options.outname))
  83       return 1
  84   else:
  85     outstream = open(options.outname, 'w')
  86
  87   make_bed(instream, outstream, options.name, options.description, options.prefix)
  88   return 0
  89
  90 if __name__ == "__main__":
  91   sys.exit(main(sys.argv[1:]))
  92