scripts/makebed

   1 #!/usr/bin/python
   2 import optparse
   3 import sys
   4 import os
   5
   6 from htsworkflow.util.makebed import make_bed_from_eland_stream, make_bed_from_multi_eland_stream, make_description
   7
   8 def make_parser():
   9   parser = optparse.OptionParser()
  10   parser.add_option('-e', '--eland', dest='inname',
  11                     help='specify input eland filename')
  12   parser.add_option('-b', '--bed', dest='outname',
  13                     help='specify output befilename')
  14   parser.add_option('-n', '--name', dest='name',
  15                     help='specify the track (short) name.',
  16                     default=None)
  17   parser.add_option('-d', '--description', dest='description',
  18                     help='specify the track description',
  19                     default=None)
  20   parser.add_option('--chromosome', dest='prefix',
  21                     help='Set the chromosome prefix name. defaults to "chr"',
  22                     default='chr')
  23   parser.add_option("--database", dest='database',
  24                     help="specify location of fctracker database",
  25                     default=None)
  26   parser.add_option("--flowcell", dest='flowcell',
  27                     help="compute name and description from database using flowcell id",
  28                     default=None)
  29   parser.add_option("--lane", dest='lane',
  30                     help='specify which lane to use when retrieving description from database',
  31                     default=None)
  32
  33   multi = optparse.OptionGroup(parser, 'Multi-read ELAND support')
  34
  35   multi.add_option('-m', '--multi', action='store_true',
  36                     help='Enable parsing multi-read eland files',
  37                     default=False)
  38   multi.add_option('--reads', type='int',
  39                    help='limit reporting multi reads to this many reads'
  40                         '(most usefully --reads=1 will turn a multi-read '
  41                         'file into a single read file)',
  42                    default=255)
  43   parser.add_option_group(multi)
  44
  45   return parser
  46
  47 def main(command_line=None):
  48   instream = None
  49   outstream = None
  50
  51   if command_line is None:
  52     command_line = sys.argv[1:]
  53
  54   parser = make_parser()
  55   (options, args) = parser.parse_args(command_line)
  56
  57   if options.inname is None:
  58     parser.error("Need eland input file name")
  59     return 1
  60
  61   if options.inname == '-':
  62     instream = sys.stdin
  63   elif os.path.exists(options.inname):
  64     instream = open(options.inname, 'r')
  65   else:
  66     parser.error('%s was not found' % (options.inname))
  67     return 1
  68
  69   # figure out name for output file
  70   if options.outname is None:
  71       # if outname wasn't defined, and we're reading from stdout
  72       if instream is sys.stdin:
  73           # write to stdout
  74           outstream = sys.stdout
  75       else:
  76           # if there's a name write to name.bed
  77           options.outname = os.path.splitext(options.inname)[0]+'.bed'
  78           print >>sys.stderr, "defaulting to outputname", options.outname
  79   elif options.outname == '-':
  80       outstream = sys.stdout
  81
  82   if outstream is None:
  83       if os.path.exists(options.outname):
  84           parser.error("not overwriting %s" % (options.outname))
  85           return 1
  86       else:
  87           outstream = open(options.outname, 'w')
  88
  89   if options.flowcell is not None and options.lane is not None:
  90     # get our name/description out of the database
  91     name, description = make_description(
  92                            options.database, options.flowcell, options.lane
  93                         )
  94   else:
  95     name = options.name
  96     description = options.description
  97
  98   if options.multi:
  99     make_bed_from_multi_eland_stream(instream, outstream,
 100                                      name, description,
 101                                      options.prefix,
 102                                      options.reads)
 103
 104   else:
 105     make_bed_from_eland_stream(instream, outstream,
 106                                name, description,
 107                                options.prefix)
 108   return 0
 109
 110 if __name__ == "__main__":
 111   sys.exit(main(sys.argv[1:]))
 112