scripts/makebed

   1 #!/usr/bin/python
   2 import optparse
   3 import sys
   4 import os
   5
   6 from gaworkflow.util.makebed import make_bed_from_eland_stream, make_description
   7
   8 def make_parser():
   9   parser = optparse.OptionParser()
  10   parser.add_option('-e', '--eland', dest='inname',
  11                     help='specify input eland filename')
  12   parser.add_option('-b', '--bed', dest='outname',
  13                     help='specify output befilename')
  14   parser.add_option('-n', '--name', dest='name',
  15                     help='specify the track (short) name.',
  16                     default=None)
  17   parser.add_option('-d', '--description', dest='description',
  18                     help='specify the track description',
  19                     default=None)
  20   parser.add_option('--chromosome', dest='prefix',
  21                     help='Set the chromosome prefix name. defaults to "chr"',
  22                     default='chr')
  23   parser.add_option("--database", dest='database',
  24                     help="specify location of fctracker database",
  25                     default=None)
  26   parser.add_option("--flowcell", dest='flowcell',
  27                     help="compute name and description from database using flowcell id",
  28                     default=None)
  29   parser.add_option("--lane", dest='lane',
  30                     help='specify which lane to use when retrieving description from database',
  31                     default=None)
  32   return parser
  33
  34 def main(command_line=None):
  35   if command_line is None:
  36     command_line = sys.argv[1:]
  37
  38   parser = make_parser()
  39   (options, args) = parser.parse_args(command_line)
  40
  41   if options.inname is None:
  42     parser.error("Need eland input file name")
  43     return 1
  44
  45   if options.outname is None:
  46     options.outname = os.path.splitext(options.inname)[0]+'.bed'
  47     print >>sys.stderr, "defaulting to outputname", options.outname
  48
  49   if os.path.exists(options.inname):
  50     instream = open(options.inname, 'r')
  51   else:
  52     parser.error('%s was not found' % (options.inname))
  53     return 1
  54
  55   if os.path.exists(options.outname):
  56       parser.error("not overwriting %s" % (options.outname))
  57       return 1
  58   else:
  59     outstream = open(options.outname, 'w')
  60
  61   if options.flowcell is not None and options.lane is not None:
  62     # get our name/description out of the database
  63     name, description = make_description(
  64                            options.database, options.flowcell, options.lane
  65                         )
  66   else:
  67     name = options.name
  68     description = options.description
  69
  70   print name, description
  71   #make_bed_from_eland_stream(instream, outstream, name, description, options.prefix)
  72   return 0
  73
  74 if __name__ == "__main__":
  75   sys.exit(main(sys.argv[1:]))
  76