scripts/mark_archived_data

   1 #!/usr/bin/env python
   2
   3 #import os
   4 #os.environ['DJANGO_SETTINGS_MODULE'] = 'htsworkflow.frontend.settings'
   5
   6 from htsworkflow.util.hdquery import get_hd_serial_num
   7 from htsworkflow.frontend import settings
   8
   9 #from django.conf import settings
  10 from optparse import OptionParser
  11
  12 import sys
  13 import urllib
  14 import urllib2
  15
  16
  17
  18 def construct_parser():
  19     """
  20     """
  21     parser = OptionParser("usage: %prog -f <flowcell> -d </dev/sdX> OR\n\t %prog -f <flowcell> -s <dev_serial_num>")
  22     parser.add_option("-f", "--flowcell", action="store", type="string", dest="flowcell",
  23                       help="flowcell being archived")
  24     parser.add_option("-d", "--device", action="store", type="string", dest="device",
  25                       help="device flowcell is being archived to")
  26     parser.add_option("-s", "--serial", action="store", type="string", dest="serial",
  27                       help="serial num. of archive device")
  28     parser.add_option("-v", "--verbose", action="store_true", dest="verbose", default=False)
  29
  30     return parser
  31
  32
  33 def update_db(flowcell, serial, debug=False):
  34     """
  35     Creates link between flowcell and storage device over http
  36     """
  37     url = settings.LINK_FLOWCELL_STORAGE_DEVICE_URL+'%s/%s/' % (flowcell, serial)
  38
  39     req = urllib2.Request(url)
  40     try:
  41         response = urllib2.urlopen(req)
  42     except urllib2.URLError, e:
  43         print 'ERROR - HTTP OUTPUT (Return Code: %s); use -v/--verbose for more details.' % (e.code)
  44         if debug:
  45             print e.read()
  46         sys.exit(e.code)
  47
  48     print "DB Update of %s & %s succeeded" % (flowcell, serial)
  49     print response.read()
  50
  51
  52 def process_args(parser):
  53     """
  54     returns flowcell and serial#
  55     """
  56     options, args = parser.parse_args()
  57
  58     msg = []
  59
  60     # Only provide device or serial
  61     if options.device is not None and options.serial is not None:
  62         print "ERROR: Please only provide --device or --serial.\n" \
  63               "  The serial number is extracted automatically if the device is provided."
  64         sys.exit(2)
  65
  66     print 'Flowcell:', options.flowcell
  67     print '  Device:', options.device
  68     print '  Serial:', options.serial
  69
  70     if options.flowcell is None:
  71         msg.append("  --flowcell required")
  72
  73     # if device and serial missing:
  74     if options.device is None and options.serial is None:
  75         msg.append("  --device OR --serial required")
  76
  77     if len(msg) > 0:
  78         print '\n'.join(msg)
  79         sys.exit(3)
  80
  81     # Update db records
  82     if options.device is not None:
  83         serial = get_hd_serial_num(options.device)
  84         update_db(flowcell=options.flowcell, serial=serial, debug=options.verbose)
  85     elif options.serial is not None:
  86         update_db(flowcell=options.flowcell, serial=options.serial, debug=options.verbose)
  87     else:
  88         msg ="FATAL should not happen error occured; i.e. the best kind!"
  89         raise ValueError, msg
  90
  91
  92
  93 def main():
  94     """
  95     """
  96     parser = construct_parser()
  97     process_args(parser)
  98
  99     #print "Database Updated."
 100     sys.exit(0)
 101
 102 if __name__ == '__main__':
 103     main()