scripts/mark_archived_data

   1 #!/usr/bin/env python
   2
   3 from htsworkflow.util.hdquery import get_hd_serial_num
   4 from htsworkflow.frontend import settings
   5
   6 from optparse import OptionParser
   7 import os
   8 import re
   9 import sys
  10 import urllib2
  11 import urlparse
  12
  13 runfolder_pattern = re.compile(r'[0-9]{6}_[-A-Za-z\d]+_\d+_(?P<flowcell>[A-Z\d]+)\.tgz')
  14
  15 def extract_flowcell(runfolder_name):
  16     path, basename = os.path.split(runfolder_name)
  17     match = runfolder_pattern.match(basename)
  18     if match is not None:
  19         return match.group('flowcell')
  20     else:
  21         return None
  22
  23 def construct_parser():
  24     """
  25     """
  26     msg = "usage: %prog [-d </dev/sdX> | -s <serial_number] [-f <flowcell>] [archived dirs]"
  27     parser = OptionParser()
  28     parser.add_option('-u', '--url', default=None,
  29                       help="Alternate url for marking archived flowcells")
  30     parser.add_option("-f", "--flowcell",  type="string", help="flowcell being archived")
  31     parser.add_option("-d", "--device", type="string",
  32                       help="device flowcell is being archived to")
  33     parser.add_option("-s", "--serial", type="string", help="serial num. of archive device")
  34     parser.add_option("-v", "--verbose", action="store_true", default=False)
  35
  36     return parser
  37
  38
  39 def update_db(root_url, flowcell, serial, debug=False):
  40     """
  41     Creates link between flowcell and storage device over http
  42     """
  43     url = urlparse.urljoin(root_url, '%s/%s/' % (flowcell, serial))
  44
  45     req = urllib2.Request(url)
  46     try:
  47         response = urllib2.urlopen(req)
  48     except urllib2.URLError, e:
  49         print 'ERROR - HTTP OUTPUT (Return Code: %s); use -v/--verbose for more details.' % (e.code)
  50         if debug:
  51             print e.read()
  52         sys.exit(e.code)
  53
  54     print "DB Update of %s & %s succeeded" % (flowcell, serial)
  55     print response.read()
  56
  57
  58 def process_args(parser):
  59     """
  60     returns flowcell and serial#
  61     """
  62     options, args = parser.parse_args()
  63
  64     msg = []
  65
  66     # Only provide device or serial
  67     if options.device is not None and options.serial is not None:
  68         parser.error("Please provide only --device or --serial.\n"\
  69                      "The serial number is extracted automatically if the"\
  70                      "device is provided.")
  71
  72     # allow user to override the default destination URL
  73     if options.url is not None:
  74         root_url = options.url
  75     else:
  76         root_url = settings.LINK_FLOWCELL_STORAGE_DEVICE_URL
  77
  78     # if device and serial missing:
  79     if options.device is None and options.serial is None:
  80         parser.error('One of --device or --serial is required')
  81
  82     flowcells = []
  83
  84     # sanitize args
  85     for runfolder in args:
  86         flowcell_id = extract_flowcell(runfolder)
  87         if flowcell_id is None:
  88             parser.error('archive names must look like YYMMDD_MACHINE_RUN_FLOWCELLID.tgz\n'\
  89                          '(got %s)' % (runfolder,))
  90         else:
  91             flowcells.append(flowcell_id)
  92
  93     if options.flowcell is not None:
  94         flowcells.append(options.flowcell)
  95
  96     if len(flowcells) == 0:
  97         parser.error('please specify a  --flowcell or list of runfolder archives\n'\
  98                      'for archival. I need something to do.')
  99
 100     print flowcells
 101     sys.exit(1)
 102
 103     # Update db records
 104     if options.device is not None:
 105         serial = get_hd_serial_num(options.device)
 106         update_db(root_url, flowcells, serial=serial, debug=options.verbose)
 107     elif options.serial is not None:
 108         update_db(root_url, flowcells, serial=options.serial, debug=options.verbose)
 109     else:
 110         msg ="FATAL should not happen error occured; i.e. the best kind!"
 111         raise ValueError, msg
 112
 113
 114
 115 def main():
 116     """
 117     """
 118     parser = construct_parser()
 119     process_args(parser)
 120
 121     #print "Database Updated."
 122     sys.exit(0)
 123
 124 if __name__ == '__main__':
 125     main()