scripts/mark_archived_data

   1 #!/usr/bin/env python
   2
   3 #import os
   4 #os.environ['DJANGO_SETTINGS_MODULE'] = 'htsworkflow.frontend.settings'
   5
   6 from htsworkflow.util.hdquery import get_hd_serial_num
   7 from htsworkflow.frontend import settings
   8
   9 #from django.conf import settings
  10 from optparse import OptionParser
  11
  12 import sys
  13 import urllib
  14
  15
  16 def construct_parser():
  17     """
  18     """
  19     parser = OptionParser("usage: %prog -f <flowcell> -d </dev/sdX> OR\n\t %prog -f <flowcell> -s <dev_serial_num>")
  20     parser.add_option("-f", "--flowcell", action="store", type="string", dest="flowcell",
  21                       help="flowcell being archived")
  22     parser.add_option("-d", "--device", action="store", type="string", dest="device",
  23                       help="device flowcell is being archived to")
  24     parser.add_option("-s", "--serial", action="store", type="string", dest="serial",
  25                       help="serial num. of archive device")
  26
  27     return parser
  28
  29
  30 def update_db(flowcell, serial):
  31     """
  32     Creates link between flowcell and storage device over http
  33     """
  34     www = urllib.urlopen(settings.LINK_FLOWCELL_STORAGE_DEVICE_URL+'%s/%s/' % (flowcell, serial))
  35     httpcode = www.getcode()
  36     if httpcode != 200:
  37         print 'ERROR - HTTP OUTPUT:'
  38         print www.read()
  39         sys.exit(httpcode)
  40
  41     print "DB Update of %s & %s succeeded" % (flowcell, serial)
  42
  43
  44 def process_args(parser):
  45     """
  46     returns flowcell and serial#
  47     """
  48     options, args = parser.parse_args()
  49
  50     msg = []
  51
  52     # Only provide device or serial
  53     if options.device is not None and options.serial is not None:
  54         print "ERROR: Please only provide --device or --serial.\n" \
  55               "  The serial number is extracted automatically if the device is provided."
  56         sys.exit(2)
  57
  58     print options.flowcell
  59     print options.device
  60     print options.serial
  61
  62     if options.flowcell is None:
  63         msg.append("  --flowcell required")
  64
  65     # if device and serial missing:
  66     if options.device is None and options.serial is None:
  67         msg.append("  --device OR --serial required")
  68
  69     if len(msg) > 0:
  70         print '\n'.join(msg)
  71         sys.exit(3)
  72
  73     # Update db records
  74     if options.device is not None:
  75         serial = get_hd_serial_num(options.device)
  76         update_db(flowcell=options.flowcell, serial=serial)
  77     elif options.serial is not None:
  78         update_db(flowcell=options.flowcell, serial=options.serial)
  79     else:
  80         msg ="FATAL should not happen error occured; i.e. the best kind!"
  81         raise ValueError, msg
  82
  83
  84
  85 def main():
  86     """
  87     """
  88     parser = construct_parser()
  89     process_args(parser)
  90
  91     #print "Database Updated."
  92     sys.exit(0)
  93
  94 if __name__ == '__main__':
  95     main()