scripts/mark_archived_data

   1 #!/usr/bin/env python
   2
   3 #import os
   4 #os.environ['DJANGO_SETTINGS_MODULE'] = 'htsworkflow.frontend.settings'
   5
   6 from htsworkflow.util.hdquery import get_hd_serial_num
   7 from htsworkflow.frontend import settings
   8
   9 #from django.conf import settings
  10 from optparse import OptionParser
  11
  12 import sys
  13 import urllib
  14
  15
  16 def construct_parser():
  17     """
  18     """
  19     parser = OptionParser("usage: %prog -f <flowcell> -d </dev/sdX> OR\n\t %prog -f <flowcell> -s <dev_serial_num>")
  20     parser.add_option("-f", "--flowcell", action="store", type="string", dest="flowcell",
  21                       help="flowcell being archived")
  22     parser.add_option("-d", "--device", action="store", type="string", dest="device",
  23                       help="device flowcell is being archived to")
  24     parser.add_option("-s", "--serial", action="store", type="string", dest="serial",
  25                       help="serial num. of archive device")
  26     parser.add_option("-v", "--verbose", action="store_true", dest="verbose", default=False)
  27
  28     return parser
  29
  30
  31 def update_db(flowcell, serial, debug=False):
  32     """
  33     Creates link between flowcell and storage device over http
  34     """
  35     www = urllib.urlopen(settings.LINK_FLOWCELL_STORAGE_DEVICE_URL+'%s/%s/' % (flowcell, serial))
  36     httpcode = www.getcode()
  37     if httpcode != 200:
  38         print 'ERROR - HTTP OUTPUT (Return Code: %s); use -v/--verbose for more details.' % (httpcode)
  39         if debug:
  40             print www.read()
  41         sys.exit(httpcode)
  42
  43     print "DB Update of %s & %s succeeded" % (flowcell, serial)
  44     print www.read()
  45
  46
  47 def process_args(parser):
  48     """
  49     returns flowcell and serial#
  50     """
  51     options, args = parser.parse_args()
  52
  53     msg = []
  54
  55     # Only provide device or serial
  56     if options.device is not None and options.serial is not None:
  57         print "ERROR: Please only provide --device or --serial.\n" \
  58               "  The serial number is extracted automatically if the device is provided."
  59         sys.exit(2)
  60
  61     print 'Flowcell:', options.flowcell
  62     print '  Device:', options.device
  63     print '  Serial:', options.serial
  64
  65     if options.flowcell is None:
  66         msg.append("  --flowcell required")
  67
  68     # if device and serial missing:
  69     if options.device is None and options.serial is None:
  70         msg.append("  --device OR --serial required")
  71
  72     if len(msg) > 0:
  73         print '\n'.join(msg)
  74         sys.exit(3)
  75
  76     # Update db records
  77     if options.device is not None:
  78         serial = get_hd_serial_num(options.device)
  79         update_db(flowcell=options.flowcell, serial=serial, debug=options.verbose)
  80     elif options.serial is not None:
  81         update_db(flowcell=options.flowcell, serial=options.serial, debug=options.verbose)
  82     else:
  83         msg ="FATAL should not happen error occured; i.e. the best kind!"
  84         raise ValueError, msg
  85
  86
  87
  88 def main():
  89     """
  90     """
  91     parser = construct_parser()
  92     process_args(parser)
  93
  94     #print "Database Updated."
  95     sys.exit(0)
  96
  97 if __name__ == '__main__':
  98     main()