scripts/mark_archived_data

   1 #!/usr/bin/env python
   2
   3 #import os
   4 #os.environ['DJANGO_SETTINGS_MODULE'] = 'htsworkflow.frontend.settings'
   5
   6 from htsworkflow.util.hdquery import get_hd_serial_num
   7
   8 #from django.conf import settings
   9 from optparse import OptionParser
  10
  11 import sys
  12 import urllib
  13
  14 #FIXME: Remove hard coded URL
  15 HTSW_URL = "http://localhost:8000/inventory/lts/link/"
  16
  17 def construct_parser():
  18     """
  19     """
  20     parser = OptionParser("usage: %prog -f <flowcell> -d </dev/sdX> OR\n\t %prog -f <flowcell> -s <dev_serial_num>")
  21     parser.add_option("-f", "--flowcell", action="store", type="string", dest="flowcell",
  22                       help="flowcell being archived")
  23     parser.add_option("-d", "--device", action="store", type="string", dest="device",
  24                       help="device flowcell is being archived to")
  25     parser.add_option("-s", "--serial", action="store", type="string", dest="serial",
  26                       help="serial num. of archive device")
  27
  28     return parser
  29
  30
  31 def update_db(flowcell, serial):
  32     """
  33     Creates link between flowcell and storage device over http
  34     """
  35     www = urllib.urlopen(HTSW_URL+'%s/%s/' % (flowcell, serial))
  36     httpcode = www.getcode()
  37     if httpcode != 200:
  38         print 'ERROR - HTTP OUTPUT:'
  39         print www.read()
  40         sys.exit(httpcode)
  41
  42     print "DB Update of %s & %s succeeded" % (flowcell, serial)
  43
  44
  45 def process_args(parser):
  46     """
  47     returns flowcell and serial#
  48     """
  49     options, args = parser.parse_args()
  50
  51     msg = []
  52
  53     # Only provide device or serial
  54     if options.device is not None and options.serial is not None:
  55         print "ERROR: Please only provide --device or --serial.\n" \
  56               "  The serial number is extracted automatically if the device is provided."
  57         sys.exit(2)
  58
  59     print options.flowcell
  60     print options.device
  61     print options.serial
  62
  63     if options.flowcell is None:
  64         msg.append("  --flowcell required")
  65
  66     # if device and serial missing:
  67     if options.device is None and options.serial is None:
  68         msg.append("  --device OR --serial required")
  69
  70     if len(msg) > 0:
  71         print '\n'.join(msg)
  72         sys.exit(3)
  73
  74     # Update db records
  75     if options.device is not None:
  76         serial = get_hd_serial_num(options.device)
  77         update_db(flowcell=options.flowcell, serial=serial)
  78     elif options.serial is not None:
  79         update_db(flowcell=options.flowcell, serial=options.serial)
  80     else:
  81         msg ="FATAL should not happen error occured; i.e. the best kind!"
  82         raise ValueError, msg
  83
  84
  85
  86 def main():
  87     """
  88     """
  89     parser = construct_parser()
  90     process_args(parser)
  91
  92     #print "Database Updated."
  93     sys.exit(0)
  94
  95 if __name__ == '__main__':
  96     main()