scripts/mark_archived_data

   1 #!/usr/bin/env python
   2
   3 #import os
   4 #os.environ['DJANGO_SETTINGS_MODULE'] = 'htsworkflow.frontend.settings'
   5
   6 from htsworkflow.util.hdquery import get_hd_serial_num
   7 from htsworkflow.frontend import settings
   8
   9 #from django.conf import settings
  10 from optparse import OptionParser
  11
  12 import sys
  13 import urllib2
  14
  15
  16
  17 def construct_parser():
  18     """
  19     """
  20     parser = OptionParser("usage: %prog -f <flowcell> -d </dev/sdX> OR\n\t %prog -f <flowcell> -s <dev_serial_num>")
  21     parser.add_option("-f", "--flowcell", action="store", type="string", dest="flowcell",
  22                       help="flowcell being archived")
  23     parser.add_option("-d", "--device", action="store", type="string", dest="device",
  24                       help="device flowcell is being archived to")
  25     parser.add_option("-s", "--serial", action="store", type="string", dest="serial",
  26                       help="serial num. of archive device")
  27     parser.add_option("-v", "--verbose", action="store_true", dest="verbose", default=False)
  28
  29     return parser
  30
  31
  32 def update_db(flowcell, serial, debug=False):
  33     """
  34     Creates link between flowcell and storage device over http
  35     """
  36     url = settings.LINK_FLOWCELL_STORAGE_DEVICE_URL+'%s/%s/' % (flowcell, serial)
  37
  38     req = urllib2.Request(url)
  39     try:
  40         response = urllib2.urlopen(req)
  41     except urllib2.URLError, e:
  42         print 'ERROR - HTTP OUTPUT (Return Code: %s); use -v/--verbose for more details.' % (e.code)
  43         if debug:
  44             print e.read()
  45         sys.exit(e.code)
  46
  47     print "DB Update of %s & %s succeeded" % (flowcell, serial)
  48     print response.read()
  49
  50
  51 def process_args(parser):
  52     """
  53     returns flowcell and serial#
  54     """
  55     options, args = parser.parse_args()
  56
  57     msg = []
  58
  59     # Only provide device or serial
  60     if options.device is not None and options.serial is not None:
  61         print "ERROR: Please only provide --device or --serial.\n" \
  62               "  The serial number is extracted automatically if the device is provided."
  63         sys.exit(2)
  64
  65     print 'Flowcell:', options.flowcell
  66     print '  Device:', options.device
  67     print '  Serial:', options.serial
  68
  69     if options.flowcell is None:
  70         msg.append("  --flowcell required")
  71
  72     # if device and serial missing:
  73     if options.device is None and options.serial is None:
  74         msg.append("  --device OR --serial required")
  75
  76     if len(msg) > 0:
  77         print '\n'.join(msg)
  78         sys.exit(3)
  79
  80     # Update db records
  81     if options.device is not None:
  82         serial = get_hd_serial_num(options.device)
  83         update_db(flowcell=options.flowcell, serial=serial, debug=options.verbose)
  84     elif options.serial is not None:
  85         update_db(flowcell=options.flowcell, serial=options.serial, debug=options.verbose)
  86     else:
  87         msg ="FATAL should not happen error occured; i.e. the best kind!"
  88         raise ValueError, msg
  89
  90
  91
  92 def main():
  93     """
  94     """
  95     parser = construct_parser()
  96     process_args(parser)
  97
  98     #print "Database Updated."
  99     sys.exit(0)
 100
 101 if __name__ == '__main__':
 102     main()