scripts/retrieve_config

   1 #!/usr/bin/env python
   2 import sys
   3 from htsworkflow.pipelines.retrieve_config import *
   4 from htsworkflow.pipelines import retrieve_config
   5 from htsworkflow.pipelines.genome_mapper import getAvailableGenomes
   6 from htsworkflow.pipelines.genome_mapper import constructMapperDict
   7
   8 #Turn on built-in command-line parsing.
   9 retrieve_config.DISABLE_CMDLINE = False
  10
  11 def main(args=None):
  12   #Display help if no args are presented
  13   if len(sys.argv) == 1:
  14     sys.argv.append('-h')
  15
  16   options = getCombinedOptions()
  17   msg_list = ['ERROR MESSAGES:']
  18   if options.output_filepath is None:
  19     msg_list.append("  Output filepath argument required. -o <filepath> or --output=<filepath>")
  20
  21   if options.flowcell is None:
  22     msg_list.append("  Flow cell argument required. -f <flowcell> or --flowcell=<flowcell>")
  23
  24   if options.url is None:
  25     msg_list.append("  URL argument required (-u <url> or --url=<url>), or entry\n" \
  26                     "    in /etc/ga_frontend/ga_frontend.conf or ~/.ga_frontend.conf")
  27   if options.genome_dir is None:
  28     msg_list.append("  genome_dir argument required (-g <genome_dir> or \n" \
  29                     "    --genome_dir=<genome_dir>, or entry in \n" \
  30                     "    /etc/ga_frontend/ga_frontend.conf or ~/.ga_frontend.conf")
  31
  32   if len(msg_list) > 1:
  33     print '\n'.join(msg_list)
  34     return 1
  35
  36   saveConfigFile(options.flowcell, options.url, options.output_filepath)
  37
  38   f = open(options.output_filepath, 'r')
  39   data = f.read()
  40   f.close()
  41
  42   genome_dict = getAvailableGenomes(options.genome_dir)
  43   mapper_dict = constructMapperDict(genome_dict)
  44
  45   f = open(options.output_filepath, 'w')
  46   f.write(data % (mapper_dict))
  47   f.close()
  48
  49   return 0
  50
  51 if __name__ == "__main__":
  52   sys.exit(main(sys.argv[1:]))