scripts/retrieve_config

   1 #!/usr/bin/env python
   2 import logging
   3 import sys
   4 from htsworkflow.pipelines.retrieve_config import *
   5 from htsworkflow.pipelines import retrieve_config
   6
   7 #Turn on built-in command-line parsing.
   8 retrieve_config.DISABLE_CMDLINE = False
   9
  10 def main(argv=None):
  11   if argv is None:
  12     argv = sys.argv
  13
  14   #Display help if no args are presented
  15   options = getCombinedOptions(argv)
  16
  17   msg_list = ['ERROR MESSAGES:']
  18   if options.flowcell is None:
  19     msg_list.append("  Flow cell argument required. -f <flowcell> or --flowcell=<flowcell>")
  20
  21   if options.url is None:
  22     msg_list.append("  URL argument required (-u <url> or --url=<url>), or entry\n" \
  23                     "    in /etc/ga_frontend/ga_frontend.conf or ~/.ga_frontend.conf")
  24   if options.genome_dir is None:
  25     msg_list.append("  genome_dir argument required (-g <genome_dir> or \n" \
  26                     "    --genome_dir=<genome_dir>, or entry in \n" \
  27                     "    /etc/ga_frontend/ga_frontend.conf or ~/.ga_frontend.conf")
  28
  29   if len(msg_list) > 1:
  30     print '\n'.join(msg_list)
  31     return 1
  32
  33   saveConfigFile(options)
  34
  35   return 0
  36
  37 if __name__ == "__main__":
  38   logging.basicConfig(level=logging.INFO)
  39   sys.exit(main(sys.argv[1:]))