scripts/retrieve_config

   1 #!/usr/bin/env python
   2 import sys
   3 from gaworkflow.pipeline.retrieve_config import *
   4 from gaworkflow.pipeline import retrieve_config
   5
   6 #Turn on built-in command-line parsing.
   7 retrieve_config.DISABLE_CMDLINE = False
   8
   9 def main(args=None):
  10   #Display help if no args are presented
  11   if len(sys.argv) == 1:
  12     sys.argv.append('-h')
  13
  14   options = getCombinedOptions()
  15   msg_list = ['ERROR MESSAGES:']
  16   if options.output_filepath is None:
  17     msg_list.append("  Output filepath argument required. -o <filepath> or --output=<filepath>")
  18
  19   if options.flowcell is None:
  20     msg_list.append("  Flow cell argument required. -f <flowcell> or --flowcell=<flowcell>")
  21
  22   if options.url is None:
  23     msg_list.append("  URL argument required (-u <url> or --url=<url>), or entry\n" \
  24                     "    in /etc/ga_frontend/ga_frontend.conf or ~/.ga_frontend.conf")
  25
  26   if len(msg_list) > 1:
  27     print '\n'.join(msg_list)
  28     return 1
  29
  30   saveConfigFile(options.flowcell, options.url, options.output_filepath)
  31   return 0
  32
  33 if __name__ == "__main__":
  34   sys.exit(main(sys.argv[1:]))