scripts/retrieve_config

   1 #!/usr/bin/env python
   2 import logging
   3 import sys
   4 from htsworkflow.pipelines.retrieve_config import *
   5 from htsworkflow.pipelines import retrieve_config
   6 from htsworkflow.pipelines.genome_mapper import getAvailableGenomes
   7 from htsworkflow.pipelines.genome_mapper import constructMapperDict
   8
   9 #Turn on built-in command-line parsing.
  10 retrieve_config.DISABLE_CMDLINE = False
  11
  12 def main(args=None):
  13   #Display help if no args are presented
  14   if len(sys.argv) == 1:
  15     sys.argv.append('-h')
  16
  17   options = getCombinedOptions()
  18   msg_list = ['ERROR MESSAGES:']
  19   if options.output_filepath is None:
  20     msg_list.append("  Output filepath argument required. -o <filepath> or --output=<filepath>")
  21
  22   if options.flowcell is None:
  23     msg_list.append("  Flow cell argument required. -f <flowcell> or --flowcell=<flowcell>")
  24
  25   if options.url is None:
  26     msg_list.append("  URL argument required (-u <url> or --url=<url>), or entry\n" \
  27                     "    in /etc/ga_frontend/ga_frontend.conf or ~/.ga_frontend.conf")
  28   if options.genome_dir is None:
  29     msg_list.append("  genome_dir argument required (-g <genome_dir> or \n" \
  30                     "    --genome_dir=<genome_dir>, or entry in \n" \
  31                     "    /etc/ga_frontend/ga_frontend.conf or ~/.ga_frontend.conf")
  32
  33   if len(msg_list) > 1:
  34     print '\n'.join(msg_list)
  35     return 1
  36
  37   saveConfigFile(options.flowcell, options.url, options.output_filepath)
  38
  39   f = open(options.output_filepath, 'r')
  40   data = f.read()
  41   f.close()
  42
  43   genome_dict = getAvailableGenomes(options.genome_dir)
  44   mapper_dict = constructMapperDict(genome_dict)
  45
  46   f = open(options.output_filepath, 'w')
  47   f.write(data % (mapper_dict))
  48   f.close()
  49
  50   return 0
  51
  52 if __name__ == "__main__":
  53   logging.basicConfig(level=logging.INFO)
  54   sys.exit(main(sys.argv[1:]))