scripts/retrieve_config

   1 #!/usr/bin/env python
   2 import logging
   3 import sys
   4 from htsworkflow.pipelines.retrieve_config import *
   5 from htsworkflow.pipelines import retrieve_config
   6
   7 #Turn on built-in command-line parsing.
   8 retrieve_config.DISABLE_CMDLINE = False
   9
  10 def main(argv=None):
  11   if argv is None:
  12     argv = sys.argv
  13
  14   #Display help if no args are presented
  15   options = getCombinedOptions(argv)
  16
  17   if options.verbose:
  18     logging.basicConfig(level=logging.DEBUG)
  19   else:
  20     logging.basicConfig(level=logging.INFO)
  21
  22   msg_list = ['ERROR MESSAGES:']
  23   if options.flowcell is None:
  24     msg_list.append("  Flow cell argument required. -f <flowcell> or --flowcell=<flowcell>")
  25
  26   if options.url is None:
  27     msg_list.append("  URL argument required (-u <url> or --url=<url>), or entry\n" \
  28                     "    in /etc/ga_frontend/ga_frontend.conf or ~/.ga_frontend.conf")
  29   if options.genome_dir is None:
  30     msg_list.append("  genome_dir argument required (-g <genome_dir> or \n" \
  31                     "    --genome_dir=<genome_dir>, or entry in \n" \
  32                     "    /etc/ga_frontend/ga_frontend.conf or ~/.ga_frontend.conf")
  33
  34   if len(msg_list) > 1:
  35     print '\n'.join(msg_list)
  36     return 1
  37
  38   saveConfigFile(options)
  39
  40   return 0
  41
  42 if __name__ == "__main__":
  43   sys.exit(main(sys.argv[1:]))