scripts/srf

   1 #!/usr/bin/python
   2
   3 import logging
   4 import optparse
   5 import os
   6 import sys
   7
   8 from htsworkflow.pipelines import runfolder
   9 from htsworkflow.pipelines.srf import make_commands, run_srf_commands
  10 from htsworkflow.pipelines.srf import ILLUMINA2SRF10, ILLUMINA2SRF11, SOLEXA2SRF
  11
  12 def make_parser():
  13   usage = '%prog: [options] runfolder -l 1,2,3 [runfolder -l 5,6 ...]'
  14
  15   parser = optparse.OptionParser(usage)
  16   parser.add_option('--dry-run', action='store_true',
  17                     help='print what would be done',
  18                     default=False)
  19
  20   parser.add_option('-d', '--dest-dir', dest='dest_dir',
  21                     help='location to write srf files to',
  22                     default='.')
  23   parser.add_option('-s', '--site',
  24                     help='site name',
  25                     default='Individual')
  26   parser.add_option('-l', '--lanes', dest='lanes', action="append",
  27          default=[],
  28          help='comma seperated list of lanes to add to srf'
  29   )
  30   parser.add_option('-j', '--jobs', default=1, type='int',
  31                     help='how many jobs to run simultaneously')
  32   parser.add_option('-r', '--runfolder-version', default=ILLUMINA2SRF11, type='int',
  33                     help='Which class of srf file should we attempt to create\n'
  34                          '0 = Solexa pipeline 0.2.6 - 0.3\n'
  35                          '1 = illumina pipeline 1.0\n'
  36                          '2 = illumina pipeline 1.1rc1 and later \n')
  37
  38   parser.add_option('-v', '--verbose', dest='verbose',
  39                     default=False, action='store_true',
  40                     help='report more about internals (INFO)')
  41   parser.add_option('--debug', dest='debug',
  42                     default=False, action='store_true',
  43                     help='report even more about internals (DEBUG)')
  44
  45   return parser
  46
  47 def parse_lane_arg(lane_arg):
  48     """
  49     Convert comma sperated list of lane ids to a list of integers
  50     """
  51     lanes = []
  52     for lane in lane_arg.split(','):
  53         try:
  54             lane = int(lane)
  55             if lane < 1 or lane > 8:
  56                 parser.error('Lanes must be in range [1..8]')
  57             lanes.append(lane)
  58         except ValueError:
  59             parser.error('Lane selections must be integers')
  60     return lanes
  61
  62 def main(cmdline=None):
  63     parser = make_parser()
  64     opts, args = parser.parse_args(cmdline)
  65
  66     if opts.debug:
  67         logging.basicConfig(level=logging.DEBUG)
  68     elif opts.verbose:
  69         logging.basicConfig(level=logging.INFO)
  70     else:
  71         logging.basicConfig(level=logging.WARNING)
  72
  73     if len(args) == 0:
  74         parser.error('need runfolder arguments')
  75
  76     # parse lane arguemnts
  77     lanes_list = []
  78     if len(opts.lanes) == 0:
  79         lanes_list = [[1,2,3,4,5,6,7,8]] * len(args)
  80     elif len(opts.lanes) == len(args):
  81         for lane_arg in opts.lanes:
  82             lanes_list.append(parse_lane_arg(lane_arg))
  83     else:
  84         parser.error(
  85           "Number of lane arguments must match number of runfolders"
  86         )
  87
  88     # build list of commands
  89     cmds = {}
  90     for runfolder_path, lanes in zip(args, lanes_list):
  91         # normalize paths, either relative to home dirs or current dir
  92         runfolder_path = os.path.abspath(runfolder_path)
  93         run_name = pathname_to_run_name(runfolder_path)
  94         # so any bustard directories?
  95         runs = runfolder.get_runs(runfolder_path)
  96         # give up if there are anything other than 1 run
  97         if len(runs) > 1:
  98           print 'ERROR: Too many run directories in %s' %(runfolder_path,)
  99           return 1
 100         elif len(runs) == 1:
 101           bustard_dir = runs[0].bustard.pathname
 102           cmds[bustard_dir] = make_commands(run_name, lanes, opts.site, opts.dest_dir, opts.runfolder_version)
 103         else:
 104           print "ERROR: Couldn't find a bustard directory in", runfolder_path
 105           return 1
 106
 107     if not opts.dry_run:
 108       for cwd, cmd_list in cmds.items():
 109         run_srf_command(cwd, cmd_list, opts.jobs)
 110     else:
 111       for cwd, cmd_list in cmds.items():
 112         print cwd
 113         print cmd_list
 114         print 'jobs: ', opts.jobs
 115
 116     return 0
 117
 118 if __name__ == "__main__":
 119     sys.exit(main(sys.argv[1:]))