- parser.add_option('--sequence', help="sequence repository", default=sequence_archive)
- parser.add_option('--host', help="specify HTSWorkflow host", default=apihost)
- parser.add_option('--apiid', help="Specify API ID", default=apiid)
- parser.add_option('--apikey', help="Specify API KEY", default=apikey)
-
+
+ # configuration options
+ parser.add_option('--apiid', default=apiid, help="Specify API ID")
+ parser.add_option('--apikey', default=apikey, help="Specify API KEY")
+ parser.add_option('--host', default=apihost,
+ help="specify HTSWorkflow host",)
+ parser.add_option('--sequence', default=sequence_archive,
+ help="sequence repository")
+ parser.add_option('--single', default=False, action="store_true",
+ help="treat the sequences as single ended runs")
+
+ # debugging
+ parser.add_option('--verbose', default=False, action="store_true",
+ help='verbose logging')
+ parser.add_option('--debug', default=False, action="store_true",
+ help='debug logging')
+