recreate samples initial migration as strings instead of bytestrings
authorDiane Trout <diane@ghic.org>
Tue, 12 May 2015 18:40:53 +0000 (11:40 -0700)
committerDiane Trout <diane@ghic.org>
Tue, 12 May 2015 18:40:53 +0000 (11:40 -0700)
samples/migrations/0001_initial.py

index be78e5145a1509969e332e90469d58db4cd6e8a9..5794df72618705fe373d847990769618cd171ce6 100644 (file)
@@ -16,8 +16,8 @@ class Migration(migrations.Migration):
             name='Affiliation',
             fields=[
                 ('id', models.AutoField(verbose_name='ID', serialize=False, auto_created=True, primary_key=True)),
-                ('name', models.CharField(max_length=256, verbose_name=b'Name', db_index=True)),
-                ('contact', models.CharField(max_length=256, null=True, verbose_name=b'Lab Name', blank=True)),
+                ('name', models.CharField(verbose_name='Name', db_index=True, max_length=256)),
+                ('contact', models.CharField(blank=True, null=True, max_length=256, verbose_name='Lab Name')),
                 ('email', models.EmailField(max_length=75, null=True, blank=True)),
             ],
             options={
@@ -61,7 +61,7 @@ class Migration(migrations.Migration):
             fields=[
                 ('id', models.AutoField(verbose_name='ID', serialize=False, auto_created=True, primary_key=True)),
                 ('condition_name', models.CharField(unique=True, max_length=2000, db_index=True)),
-                ('nickname', models.CharField(db_index=True, max_length=20, null=True, verbose_name=b'Short Name', blank=True)),
+                ('nickname', models.CharField(db_index=True, max_length=20, null=True, verbose_name='Short Name', blank=True)),
                 ('notes', models.TextField(blank=True)),
             ],
             options={
@@ -97,24 +97,24 @@ class Migration(migrations.Migration):
                 ('hidden', models.BooleanField(default=False)),
                 ('account_number', models.CharField(max_length=100, null=True, blank=True)),
                 ('replicate', models.PositiveSmallIntegerField(blank=True, null=True, choices=[(1, 1), (2, 2), (3, 3), (4, 4), (5, 5), (6, 6)])),
-                ('multiplex_id', models.CharField(max_length=128, null=True, verbose_name=b'Index ID', blank=True)),
+                ('multiplex_id', models.CharField(max_length=128, null=True, verbose_name='Index ID', blank=True)),
                 ('creation_date', models.DateField(null=True, blank=True)),
-                ('made_for', models.CharField(max_length=50, verbose_name=b'ChIP/DNA/RNA Made By', blank=True)),
-                ('made_by', models.CharField(default=b'Lorian', max_length=50, blank=True)),
-                ('stopping_point', models.CharField(default=b'Done', max_length=25, choices=[(b'?', b'Unknown'), (b'Sample', b'Raw sample'), (b'Progress', b'In progress'), (b'1A', b'Ligation, then gel'), (b'PCR', b'Ligation, then PCR'), (b'1Ab', b'Ligation, PCR, then gel'), (b'1Ac', b'Ligation, gel, then 12x PCR'), (b'1Aa', b'Ligation, gel, then 18x PCR'), (b'2A', b'Ligation, PCR, gel, PCR'), (b'Done', b'Completed')])),
-                ('undiluted_concentration', models.DecimalField(decimal_places=2, max_digits=5, blank=True, help_text='Undiluted concentration (ng/\xb5l)', null=True, verbose_name=b'Concentration')),
+                ('made_for', models.CharField(max_length=50, verbose_name='ChIP/DNA/RNA Made By', blank=True)),
+                ('made_by', models.CharField(default='Lorian', max_length=50, blank=True)),
+                ('stopping_point', models.CharField(default='Done', max_length=25, choices=[('?', 'Unknown'), ('Sample', 'Raw sample'), ('Progress', 'In progress'), ('1A', 'Ligation, then gel'), ('PCR', 'Ligation, then PCR'), ('1Ab', 'Ligation, PCR, then gel'), ('1Ac', 'Ligation, gel, then 12x PCR'), ('1Aa', 'Ligation, gel, then 18x PCR'), ('2A', 'Ligation, PCR, gel, PCR'), ('Done', 'Completed')])),
+                ('undiluted_concentration', models.DecimalField(decimal_places=2, max_digits=5, blank=True, help_text='Undiluted concentration (ng/\xb5l)', null=True, verbose_name='Concentration')),
                 ('successful_pM', models.DecimalField(null=True, max_digits=9, decimal_places=1, blank=True)),
                 ('ten_nM_dilution', models.BooleanField(default=False)),
                 ('gel_cut_size', models.IntegerField(default=225, null=True, blank=True)),
                 ('insert_size', models.IntegerField(null=True, blank=True)),
                 ('notes', models.TextField(blank=True)),
-                ('bioanalyzer_summary', models.TextField(default=b'', blank=True)),
+                ('bioanalyzer_summary', models.TextField(default='', blank=True)),
                 ('bioanalyzer_concentration', models.DecimalField(help_text='(ng/\xb5l)', null=True, max_digits=5, decimal_places=2, blank=True)),
-                ('bioanalyzer_image_url', models.URLField(default=b'', blank=True)),
-                ('affiliations', models.ManyToManyField(related_name=b'library_affiliations', null=True, to='samples.Affiliation')),
-                ('amplified_from_sample', models.ForeignKey(related_name=b'amplified_into_sample', blank=True, to='samples.Library', null=True)),
+                ('bioanalyzer_image_url', models.URLField(default='', blank=True)),
+                ('affiliations', models.ManyToManyField(related_name='library_affiliations', null=True, to='samples.Affiliation')),
+                ('amplified_from_sample', models.ForeignKey(related_name='amplified_into_sample', blank=True, to='samples.Library', null=True)),
                 ('antibody', models.ForeignKey(blank=True, to='samples.Antibody', null=True)),
-                ('cell_line', models.ForeignKey(verbose_name=b'Background', blank=True, to='samples.Cellline', null=True)),
+                ('cell_line', models.ForeignKey(verbose_name='Background', blank=True, to='samples.Cellline', null=True)),
                 ('condition', models.ForeignKey(blank=True, to='samples.Condition', null=True)),
                 ('experiment_type', models.ForeignKey(to='samples.ExperimentType')),
             ],
@@ -128,9 +128,9 @@ class Migration(migrations.Migration):
             name='LibraryType',
             fields=[
                 ('id', models.AutoField(verbose_name='ID', serialize=False, auto_created=True, primary_key=True)),
-                ('name', models.CharField(unique=True, max_length=255, verbose_name=b'Adapter Type')),
-                ('is_paired_end', models.BooleanField(default=True, help_text=b'can you do a paired end run with this adapter')),
-                ('can_multiplex', models.BooleanField(default=True, help_text=b'Does this adapter provide multiplexing?')),
+                ('name', models.CharField(unique=True, max_length=255, verbose_name='Adapter Type')),
+                ('is_paired_end', models.BooleanField(default=True, help_text='can you do a paired end run with this adapter')),
+                ('can_multiplex', models.BooleanField(default=True, help_text='Does this adapter provide multiplexing?')),
             ],
             options={
                 'ordering': ['-id'],
@@ -168,7 +168,7 @@ class Migration(migrations.Migration):
             fields=[
                 ('id', models.AutoField(verbose_name='ID', serialize=False, auto_created=True, primary_key=True)),
                 ('tag_name', models.CharField(max_length=100, db_index=True)),
-                ('context', models.CharField(default=b'Library', max_length=50, choices=[(b'Library', b'Library'), (b'ANY', b'ANY')])),
+                ('context', models.CharField(default='Library', max_length=50, choices=[('Library', 'Library'), ('ANY', 'ANY')])),
             ],
             options={
                 'ordering': ['context', 'tag_name'],
@@ -188,13 +188,13 @@ class Migration(migrations.Migration):
         migrations.AddField(
             model_name='library',
             name='library_type',
-            field=models.ForeignKey(verbose_name=b'Adapter Type', blank=True, to='samples.LibraryType', null=True),
+            field=models.ForeignKey(verbose_name='Adapter Type', blank=True, to='samples.LibraryType', null=True),
             preserve_default=True,
         ),
         migrations.AddField(
             model_name='library',
             name='tags',
-            field=models.ManyToManyField(related_name=b'library_tags', null=True, to='samples.Tag', blank=True),
+            field=models.ManyToManyField(related_name='library_tags', null=True, to='samples.Tag', blank=True),
             preserve_default=True,
         ),
         migrations.AddField(