[project @ Method 2 for monitoring pipeline run (based on config_pipeline.py]
 * Since the first version stalled in a mysterious way,
   I am trying a new method.
 * Now writes out standard out and standard error to file using
   file descriptors.
 * Also uses inotify to detect "finished" files.
   * FIXME: Need to do something about all other files (currently
     printed to stdout).
 * FIXME: Double check the run_dir exists in configure step.
 * FIXME: Upon run completion, read and process stderr output.

[project @ Handling of missing app errors with running pipeline]
 WARNING: Still not fully functional, making progress through.
 * Prints out success or failure of run
   * FIXME: There is a weird BUG where towards the end of a run when
     the summary files are being generated that the pipeline code just
     stops processing. It's just sitting in memory not doing anything.
     The config_pipeline.py gets stuck on line = pipe.stdout.readline()
     at this point.
 * Checks for lack of ghostscript.

[project @ Work toward pipeline monitor code (WARNING: testing version)]
 * Warning, this code is a steping stone to monitoring a running pipeline.
   * It only runs with tiles=s_4_0100,s_4_0101,s_4_0102,s_4_0103,s_4_0104
   * There are also important FIXME that should be looked at before using this version of the code.
 * This patch is needed for all future patches to work.

[project @ Runs pipeline on successful config + traceback]
 * Now runs the pipeline upon successful configuration step.
   * Currently no monitoring of output, just writing to files so
     I can figure out how to code the monitoring.
 * Now detects if goat crashes and displays a traceback.
 * Figured out another goat_pipeline.py call that triggers a
   traceback (included as commented out code) -> Test case for future.
 * FIXME: pipeline monitoring code needs to be written.

[project @ Now handles stderr output.]

[project @ Better handling of configuring pipeline w/ clear success or failure. Loads run_path info ConfigInfo object as well.]

[project @ First attempt at script for configuring pipeline automatically.]
 * More of prof of concept.
 * FIXME: hardcoded config script path.
 * Uses logging module
   * Info for everything going fine.
   * Error when it breaks in a bad way.

[project @ Updated eland_config app to generate config file from fctracker app.]
 * WARNING DB CHANGE: Added read_length, and advanced_run to flowcell
   model in fctracker app.
 * Updated eland_config app to generate config files from db instead of form.
   * Currently regenerates the config file on every request. Simple flag will
     cause it to re-read saved copy on disk.
 * Changed URL to http://<host>/eland_config/.

[project @ Url should be <host>/eland_config/ in this case.]

[project @ The rest of the rename fix.]

[project @ Small fixes to changed directory name]

[project @ Renamed main django project dir to ga_frontend + updated settings.]

[project @ Massive change to DB structure; complete library table]
Primary change to the DB is the library table and supporting changes to the flowcell table.
They should both be properly linked now; you'll have to pull species information from the
linked library field. In addition, I added a common name to the Species table. Most interface
changes are via the meta and admin classes in each model, and are fairly straightforward. I
also added databrowse support; go to /databrowse instead of /admin to play with it.

[project @ Finished statement + additional error message]
 * Now says where it wrote the config file to upon success
 * Now puts more meaningful error message when user enters invalid domain/ip address.

[project @ Updated to give more user friendly error:]
 * Gives a more user friendly error when connection is refused.
 * FIXME: Should include other errors as well, such as host lookup errors.

[project @ Improved help output:]
 * Automattically displays help if called with no arguments.
 * Includes description and location of config files.
 * Include description of command line program.

[project @ First working version of script which retrieves eland config file from ga_frontend.]

[project @ Basic Library Table]

[project @ Eland Config Saver + FlowCell Tracker DB update]
 * Now saves a copy of eland config file for later retrieval.
   /elandifier/config/ <-- Index of available config files
   /elandifier/config/FC#####/ <-- Eland config for specific FC#
 * Save record of flow cell to database.
   * Form is also saved to database... which can be viewed
     in /admin/

[project @ Prototype Web-based Eland Config generator]
 * Functional, but hard coded elandifier setting.py (needs updating before use).
 * Using Django SVN (will be Django 0.97).
 * Form currently returns to browser, will change in future.

[project @ add notes about what we need to do to more fully automate the pipelien]

[project @ handle IOErrors from xsend]

[project @ add script to launch copier daemon]

[project @ make copier a bot with logging abilities]
this now imports benderjab and uses pythons logging module to keep
track of what rsync commands have been executed.

[project @ start the copier script]
this contains code to deal with launching rsync against the
rsync config over on jumpgate. it checks for directories matching
stuff the sequencer tends to generate and will launch rsync processes
against directories that look like that name. (Which might be excessive)

I still need to add the bot portion

[project @ add __init__.py]
actually to make setup.py work you do really need the __init__.py
package flag

[project @ make a spoolwatcher script]
and put most of the configuration information in the script
(i really should load it from a config file at some point)
Also teach setup.py about said script

[project @ add a basic setup.py file]

[project @ Sequencer spool drive watcher]
spoolwatcher checks to see if a file named Run.completed has been
written to /gec/jumpgate/ext0 and if it has sends a message to
runner_jid. Additionally after (currently 10 seconds have passed without
data being written, after some data has been written, it'll send a
message top copy_jid)

[project @ tools to handle the illumina sequencer workflow]

This directory will host the upstream sources