Makefile

   1 # may the coders of gcc be infested with the fleas of ten thousand camels...
   2
   3 CFLAGS=-ftemplate-depth-25
   4 #CFLAGS= -ftemplate-depth-25 -ggdb
   5 #-Winline
   6
   7 OFLAG= -O
   8
   9 # this is sufficient on debian machines
  10 #LDFLAGS= -lfltk
  11
  12 # this is what's needed on redhat machines
  13 #LDFLAGS= -lfltk -L/usr/X11R6/lib -lX11
  14
  15 # this is what's needed on fedora machines
  16 #LDFLAGS= -lfltk -L/usr/X11R6/lib -lX11 -lXft
  17
  18 # this is what's needed on gentoo machines
  19 LDFLAGS= -L/usr/lib/fltk-1.1/ -lfltk -L/usr/X11R6/lib -lX11 -lXft
  20
  21 # needed for apple/OS X
  22 #LDFLAGS= -framework Carbon -framework ApplicationServices -lfltk
  23
  24 # needed for cygwin/mingw32
  25 #CFLAGS=-ftemplate-depth-25 -mno-cygwin
  26 #LDFLAGS= -lfltk -L/usr/lib/w32lib -lgdi32 -lws2_32 -luuid -lole32
  27
  28 # to check for memory leaks
  29 MEMFLAG= -lefence
  30
  31 all: mussa
  32
  33 sequence.o : sequence.cc sequence.hh
  34         $(CXX) $(CFLAGS) $(OFLAG) -c sequence.cc
  35
  36 flp.o : flp.cc flp.hh
  37         $(CXX) $(CFLAGS) $(OFLAG) -c flp.cc
  38
  39 flp_seqcomp.o : flp_seqcomp.cc flp.hh
  40         $(CXX) $(CFLAGS) $(OFLAG) -c flp_seqcomp.cc
  41
  42 seqcomp : seqcomp.cc flp.o flp_seqcomp.o sequence.o
  43         $(CXX) $(CFLAGS) $(OFLAG) -o seqcomp seqcomp.cc flp.o flp_seqcomp.o sequence.o
  44
  45 mussa_nway.o : mussa_nway.cc mussa_nway.hh
  46         $(CXX) $(CFLAGS) $(OFLAG) -c mussa_nway.cc
  47
  48 mussa_nway_other.o : mussa_nway_other.cc mussa_nway.hh
  49         $(CXX) $(CFLAGS) $(OFLAG) -c mussa_nway_other.cc
  50
  51 mussa_nway_entropy.o : mussa_nway_entropy.cc mussa_nway.hh
  52         $(CXX) $(CFLAGS) $(OFLAG) -c mussa_nway_entropy.cc
  53
  54 mussa_class.o : mussa_class.cc mussa_class.hh
  55         $(CXX) $(CFLAGS) -c mussa_class.cc
  56
  57 mussan : sequence.o flp.o flp_seqcomp.o mussa_nway.o mussa_class.o \
  58                 mussa_overlord.o mussa.cc
  59         $(CXX) $(CFLAGS) -o mussa mussa.cc mussa_overlord.o \
  60                 mussa_class.o mussa_nway.o flp_seqcomp.o flp.o sequence.o  $(LDFLAGS)
  61
  62 mussa_gui_seq_view.o : mussa_gui_seq_view.cc mussa_gui_seq_view.hh
  63         $(CXX) $(CFLAGS) -c mussa_gui_seq_view.cc
  64
  65 mussa_gui_seq.o : mussa_gui_seq.cc mussa_gui_seq.hh
  66         $(CXX) $(CFLAGS) -c mussa_gui_seq.cc
  67
  68 mussa_gui_seq_text.o : mussa_gui_seq_text.cc mussa_gui_seq_text.hh
  69         $(CXX) $(CFLAGS) -c mussa_gui_seq_text.cc
  70
  71 mussa_gui_motif_window.o : mussa_gui_motif_window.cc mussa_gui_motif_window.hh
  72         $(CXX) $(CFLAGS) -c mussa_gui_motif_window.cc
  73
  74 mussa_gui_annot_window.o : mussa_gui_annot_window.cc mussa_gui_annot_window.hh
  75         $(CXX) $(CFLAGS) -c mussa_gui_annot_window.cc
  76
  77 mussa_gui_load_window.o : mussa_gui_load_window.cc mussa_gui_load_window.hh
  78         $(CXX) $(CFLAGS) -c mussa_gui_load_window.cc
  79
  80 mussa_gui_subana.o : mussa_gui_subana.cc mussa_gui_subana.hh
  81         $(CXX) $(CFLAGS) -c mussa_gui_subana.cc
  82
  83 mussa_gui_conn_view.o : mussa_gui_conn_view.cc mussa_gui_conn_view.hh
  84         $(CXX) $(CFLAGS) -O -c mussa_gui_conn_view.cc
  85
  86 mussa_gui_conn_window.o : mussa_gui_conn_window.cc mussa_gui_conn_window.hh
  87         $(CXX) $(CFLAGS) -c mussa_gui_conn_window.cc
  88
  89 mussa : sequence.o flp.o flp_seqcomp.o \
  90                 mussa_nway.o mussa_nway_other.o \
  91                 mussa_nway_entropy.o mussa_class.o \
  92                 mussa_gui_seq.o mussa_gui_seq_view.o \
  93                 mussa_gui_motif_window.o mussa_gui_annot_window.o \
  94                 mussa_gui_load_window.o mussa_gui_subana.o \
  95                 mussa_gui_seq_text.o \
  96                 mussa_gui_conn_view.o mussa_gui_conn_window.o \
  97                 mussa.cc
  98         $(CXX) $(CFLAGS) -o mussa mussa.cc \
  99                 mussa_gui_conn_view.o mussa_gui_conn_window.o \
 100                 mussa_gui_seq_text.o \
 101                 mussa_gui_subana.o mussa_gui_load_window.o \
 102                 mussa_gui_motif_window.o mussa_gui_annot_window.o \
 103                 mussa_gui_seq.o mussa_gui_seq_view.o \
 104                 mussa_class.o mussa_nway.o \
 105                 mussa_nway_entropy.o mussa_nway_other.o \
 106                 flp_seqcomp.o flp.o sequence.o $(LDFLAGS)
 107
 108
 109 clean :
 110         rm *.o
 111
 112 cleaner :
 113         rm *~
 114
 115 #mussa_overlord.o : mussa_overlord.cc mussa_overlord.hh
 116 #       $(CXX) $(CFLAGS) -c mussa_overlord.cc
 117
 118
 119
 120 annot_test : sequence.o annot_test.cc
 121         $(CXX) $(CFLAGS) -o annot_test annot_test.cc sequence.o