alg/alphabet.cpp

   1 #include "alg/alphabet.hpp"
   2
   3 // some standard dna alphabets
   4 // Include nl (\012), and cr (\015) to make sequence parsing eol
   5 // convention independent.
   6 const char *Alphabet::reduced_dna_cstr = "AaCcGgTtNn\012\015";
   7 const char *Alphabet::reduced_rna_cstr = "AaCcGgUuNn\012\015";
   8 const char *Alphabet::reduced_nucleic_cstr = "AaCcGgTtUuNn\012\015";
   9 //! this is the general iupac alphabet for nucleotides
  10 const char *Alphabet::nucleic_cstr =
  11   "AaCcGgTtUuRrYyMmKkSsWwBbDdHhVvNn-~.?\012\015";
  12 //! the protein alphabet
  13 const char *Alphabet::protein_cstr =
  14   "AaCcDdEeFfGgHhIiKkLlMmNnPpQqRrSsTtVvWwYy\012\015";
  15
  16 const Alphabet& Alphabet::reduced_dna_alphabet() {
  17   static Alphabet *a = new Alphabet(reduced_dna_cstr);
  18   return *a;
  19 }
  20 const Alphabet& Alphabet::reduced_rna_alphabet() {
  21   static Alphabet *a = new Alphabet(reduced_rna_cstr);
  22   return *a;
  23 }
  24 const Alphabet& Alphabet::reduced_nucleic_alphabet() {
  25   static Alphabet *a = new Alphabet(reduced_nucleic_cstr);
  26   return *a;
  27 }
  28 const Alphabet& Alphabet::nucleic_alphabet() {
  29   static Alphabet *a = new Alphabet(nucleic_cstr);
  30   return *a;
  31 }
  32 const Alphabet& Alphabet::protein_alphabet() {
  33   static Alphabet *a = new Alphabet(protein_cstr);
  34   return *a;
  35 }
  36
  37 Alphabet::Alphabet(const char *a) :
  38   alphabet(a)
  39 {
  40   alphabet_set.insert(alphabet.begin(), alphabet.end());
  41 }
  42
  43 void Alphabet::assign(const Alphabet& a)
  44 {
  45   alphabet = a.alphabet;
  46   alphabet_set.clear();
  47   alphabet_set.insert(alphabet.begin(), alphabet.end());
  48 }
  49
  50 bool Alphabet::exists(const char c) const
  51 {
  52   return (alphabet_set.find(c) != alphabet_set.end());
  53 }