alg/conserved_path.hpp

   1 #ifndef _CONSERVED_PATH_H
   2 #define _CONSERVED_PATH_H
   3 #include <vector>
   4 #include <ostream>
   5
   6 struct ConservedPath
   7 {
   8   typedef int path_element;
   9   typedef std::vector<path_element> path_type;
  10   typedef path_type::iterator iterator;
  11   typedef path_type::const_iterator const_iterator;
  12   typedef path_type::size_type size_type;
  13
  14   ConservedPath();
  15   ConservedPath(const ConservedPath& );
  16   ConservedPath(size_t window_size, double score, path_type path);
  17
  18   //! reset our path to be empty (including setting threshold to 0)
  19   void clear();
  20   path_element& operator[](size_type index);
  21   void push_back(const path_element& );
  22   void pop_back();
  23
  24   size_type size() const;
  25   iterator begin();
  26   const_iterator begin() const;
  27   iterator end();
  28   const_iterator end() const;
  29
  30   friend bool operator==(const ConservedPath& a, const ConservedPath &b);
  31   friend bool operator!=(const ConservedPath& a, const ConservedPath &b);
  32   friend std::ostream& operator<<(std::ostream&, const ConservedPath&);
  33
  34   //! return true if all elements of the path are "next to" our current path.
  35   /*! Next to is defined as being window index + 1
  36    *  that definition may not properly track reverse compliment
  37    *  \throws conserved_path_size_mismatch
  38    */
  39   bool nextTo(const ConservedPath& next) const;
  40   //! indicate which elements of the path are reversed
  41   std::vector<bool> reverseComplimented() const;
  42   //! return the list of indexes normalized (to the left)
  43   path_type normalizedIndexes() const;
  44   //! extend our current path
  45   //! (aka increment our window size  by growth)
  46   ConservedPath& extend(int growth=1);
  47
  48   //! window size (really should always be positive
  49   size_t window_size;
  50   //! either number of conserved bases or average entropy
  51   double score;
  52   //! offsets into each of our sequences representing the start of our window
  53   path_type track_indexes;
  54 };
  55 #endif