alg/glsequence.hpp

   1 #ifndef _GL_SEQUENCE_H_
   2 #define _GL_SEQUENCE_H_
   3
   4 #include <boost/shared_ptr.hpp>
   5
   6 #include "alg/annotation_colors.hpp"
   7 #include "alg/sequence.hpp"
   8 #include "alg/color.hpp"
   9 // isn't it lovely how the header file can live in different places?
  10 #ifdef __APPLE__
  11 #include <OpenGL/gl.h>
  12 #else
  13 #include <GL/gl.h>
  14 #endif
  15
  16 class GlSequence;
  17 typedef boost::shared_ptr<GlSequence> GlSequenceRef;
  18
  19 //! Manage rendering a mussa sequence track
  20 /*! The idea is this will keep track of the location of where the sequence
  21  *  is being rendered, and handle displaying annotations on that track
  22  */
  23 class GlSequence : public Sequence
  24 {
  25 public:
  26   GlSequence(const Sequence & s,
  27              boost::shared_ptr<AnnotationColors> cm);
  28   GlSequence(const GlSequence & s);
  29   GlSequence(const GlSequence *);
  30   //! Make a new GlSequence, using a copy of SeqSpan
  31   GlSequence(const GlSequenceRef);
  32
  33   GlSequence &operator=(const GlSequence &s);
  34
  35   static DrawableRef default_drawable();
  36   static DrawableRef copy_drawable(DrawableRef s);
  37
  38   //! set our starting x (horizontal) coordinate
  39   void setX(float x);
  40   //! get our starting x (horizontal) coordinate
  41   float x() const;
  42   //! set our current y (vertical) position
  43   void setY(float y);
  44   //! get our current y (vertical) position
  45   float y() const;
  46   //! get our current z (depth) position
  47   float z() const;
  48   //! how thick (high) the track we're drawing is
  49   float height() const;
  50
  51   //! set our default draw color
  52   void setColor(ColorRef &c );
  53   //! return our draw color
  54   const ColorRef color() const;
  55   //! return our draw color
  56   ColorRef color();
  57   //! return our annotation color mapper
  58   AnnotationColorsRef colorMapper() { return color_mapper; }
  59
  60   //! draw a track
  61   /*! left and right are the edges of the current viewport
  62    */
  63   void draw(GLfloat left, GLfloat right) const;
  64
  65   //! get our right (horizontal) coordinate (size-x)
  66   float right() const;
  67   //! how long is our sequence track? (computed from the sequence)
  68   GLfloat size() const;
  69
  70   //! return the left (lowest) base index that is fully visible
  71   Sequence::size_type leftbase(GLfloat left) const;
  72   //! return one past rightmost (highest ) base index that is fully visible
  73   //! done mostly so all the iterator logic continues to work correctly.
  74   Sequence::size_type rightbase(GLfloat right) const;
  75
  76   //! provide an iterator to the sequence starting at world coordinate left
  77   Sequence::const_iterator region_begin(GLfloat left, GLfloat right) const;
  78   //! provide an iterator to the sequence ending at world coordinate right
  79   Sequence::const_iterator region_end(GLfloat left, GLfloat right) const;
  80
  81   //! return a subsequence as a GlSequence (instead of a Sequence subsequence)
  82   GlSequence subseq(size_type start, size_type count) const;
  83
  84   //! how big is a pixel in world coordinats
  85   GLfloat pixelWidth(GLfloat, GLfloat) const;
  86   //! how big is a pixel in world coordinats (specifying viewport size)
  87   GLfloat pixelWidth(GLfloat, GLfloat, int) const;
  88
  89   //! are we close enough that it would make sense to view the base pairs?
  90   bool is_sequence_renderable(GLfloat left, GLfloat right) const;
  91   //! are we close enough that it would make sense to view the base pairs?
  92   /*! though we don't actually check to see if there's sequence in our
  93    *  view, just that there's enough pixels to render something if
  94    *  there were.
  95    *  \param[in] left the left edge of the viewable region in world coordinates
  96    *  \param[in] right the right edge of the viewable region in world
  97    *             coordinates
  98    *  \param[in] pixel_width allow setting the current viewport pixel width
  99    */
 100   bool is_sequence_renderable(GLfloat, GLfloat, int) const;
 101
 102   friend bool operator==(const GlSequence &left, const GlSequence &right);
 103
 104 protected:
 105   AnnotationColorsRef color_mapper;
 106   const GLfloat char_pix_per_world_unit;
 107
 108   //! Return the pixel width of the opengl viewport.
 109   static int get_viewport_width_in_pixels();
 110   //! draw a from left to right +/- height/2
 111   void draw_box(GLfloat world_left, GLfloat world_right, GLfloat left, GLfloat right, GLfloat height, GLfloat z) const;
 112   //! draw sequence as a bar
 113   void draw_track(GLfloat, GLfloat) const;
 114   void draw_annotations(GLfloat, GLfloat) const;
 115   //! render a sequence as ATGC
 116   /*! left and right are the current edges of the viewable world
 117    */
 118   void draw_sequence(GLfloat, GLfloat) const;
 119 };
 120 #endif