alg/motif_parser.cpp

   1 #include "mussa_exceptions.hpp"
   2 #include "alg/alphabet.hpp"
   3 #include "alg/motif_parser.hpp"
   4
   5 #include <boost/spirit/core.hpp>
   6 #include <boost/spirit/actor/push_back_actor.hpp>
   7 #include <boost/spirit/iterator/file_iterator.hpp>
   8 #include <boost/spirit/utility/chset.hpp>
   9 namespace spirit = boost::spirit;
  10
  11 #include <sstream>
  12 #include <stdexcept>
  13
  14 motif_parser::push_channel::push_channel( motif_parser::ParsedMotifs *parsed_ ) :
  15   parsed(parsed_)
  16 {
  17 }
  18
  19 void motif_parser::push_channel::operator()(float f) const
  20 {
  21   parsed->channels.push_back(f);
  22 }
  23
  24 motif_parser::push_sequence::push_sequence( ParsedMotifs *parsed_) :
  25   parsed(parsed_)
  26 {
  27 }
  28
  29 template<typename Iterator>
  30 void motif_parser::push_sequence::operator()(
  31   Iterator start,
  32   Iterator end) const
  33 {
  34   std::copy(start, end, std::back_inserter(parsed->sequence));
  35 }
  36
  37 motif_parser::push_name::push_name( ParsedMotifs *parsed_) :
  38   parsed(parsed_)
  39 {
  40 }
  41
  42 template<typename Iterator>
  43 void motif_parser::push_name::operator()(
  44   Iterator start,
  45   Iterator end) const
  46 {
  47   std::copy(start, end, std::back_inserter(parsed->name));
  48 }
  49
  50 motif_parser::push_motif::push_motif( ParsedMotifs *parsed_) :
  51   parsed(parsed_) {}
  52
  53 template<typename Iterator>
  54 void motif_parser::push_motif::operator()(
  55   Iterator start,
  56   Iterator end) const
  57 {
  58   float red, green, blue, alpha;
  59   Sequence seq(parsed->sequence, Sequence::nucleic_alphabet);
  60   seq.set_fasta_header(parsed->name);
  61
  62   alpha = 1.0;
  63   switch (parsed->channels.size()) {
  64     case 4:
  65       alpha = parsed->channels[3];
  66       // note fall through.
  67   case 3:
  68     red = parsed->channels[0];
  69     green = parsed->channels[1];
  70     blue = parsed->channels[2];
  71     break;
  72   default:
  73     throw std::runtime_error("wrong number of channels");
  74     break;
  75   }
  76   Color c(red, green, blue, alpha);
  77   std::string motif_subseq(seq.begin(), seq.end());
  78   parsed->color_mapper->appendInstanceColor("motif", motif_subseq, c);
  79   parsed->motifs.insert(seq);
  80
  81   parsed->sequence.clear();
  82   parsed->name.clear();
  83   parsed->channels.clear();
  84 }
  85
  86 motif_parser::ParsedMotifs::ParsedMotifs(
  87   Mussa::motif_set& motifs_,
  88   boost::shared_ptr<AnnotationColors> color_mapper_) :
  89   motifs(motifs_),
  90   color_mapper(color_mapper_)
  91 {
  92 }
  93
  94 void motif_parser::ParsedMotifs::parse(const std::string &data)
  95 {
  96   const char *alphabet = Alphabet::nucleic_cstr;
  97
  98   // parse our string
  99   spirit::parse_info<std::string::const_iterator> result;
 100   result = spirit::parse(data.begin(), data.end(),
 101      *(
 102        (
 103         (
 104          (+spirit::chset<>(alphabet))[motif_parser::push_sequence(this)] >>
 105          +spirit::space_p
 106         ) >>
 107         !(
 108           (
 109             // names can either be letter followed by non-space characters
 110             (spirit::alpha_p >> *spirit::graph_p)[motif_parser::push_name(this)]
 111             |
 112             // or a quoted string
 113             (
 114              spirit::ch_p('"') >>
 115                (+(~spirit::ch_p('"')))[motif_parser::push_name(this)] >>
 116              spirit::ch_p('"')
 117             )
 118           ) >> +spirit::space_p
 119         ) >>
 120         spirit::real_p[motif_parser::push_channel(this)] >> +spirit::space_p >>
 121         spirit::real_p[motif_parser::push_channel(this)] >> +spirit::space_p >>
 122         spirit::real_p[motif_parser::push_channel(this)] >> +spirit::space_p >>
 123         !(spirit::real_p[motif_parser::push_channel(this)] >> +spirit::space_p)
 124        )[push_motif(this)]
 125      ));
 126   if (not result.full) {
 127     std::stringstream msg;
 128     msg << "Error at character " << result.length;
 129     // erase our potentially broken motif list
 130     motifs.clear();
 131     throw motif_load_error(msg.str());
 132   }
 133 }