alg/mussa.cpp

   1 //  This file is part of the Mussa source distribution.
   2 //  http://mussa.caltech.edu/
   3 //  Contact author: Tristan  De Buysscher, tristan@caltech.edu
   4
   5 // This program and all associated source code files are Copyright (C) 2005
   6 // the California Institute of Technology, Pasadena, CA, 91125 USA.  It is
   7 // under the GNU Public License; please see the included LICENSE.txt
   8 // file for more information, or contact Tristan directly.
   9
  10
  11 //                        ----------------------------------------
  12 //                          ---------- mussa_class.cc -----------
  13 //                        ----------------------------------------
  14
  15 #include <boost/filesystem/path.hpp>
  16 #include <boost/filesystem/operations.hpp>
  17 #include <boost/filesystem/fstream.hpp>
  18 namespace fs = boost::filesystem;
  19
  20 #include <iostream>
  21 #include <sstream>
  22
  23 #include "mussa_exceptions.hpp"
  24
  25 #include "flp.hpp"
  26 #include "io.hpp"
  27 #include "mussa.hpp"
  28 #include "motif_parser.hpp"
  29
  30 using namespace std;
  31
  32
  33 Mussa::Mussa()
  34   : color_mapper(new AnnotationColors)
  35 {
  36   clear();
  37   connect(&the_paths, SIGNAL(progress(const QString&, int, int)),
  38           this, SIGNAL(progress(const QString&, int, int)));
  39 }
  40
  41 Mussa::Mussa(const Mussa& m)
  42   : analysis_name(m.analysis_name),
  43     window(m.window),
  44     threshold(m.threshold),
  45     soft_thres(m.soft_thres),
  46     ana_mode(m.ana_mode),
  47     win_append(m.win_append),
  48     thres_append(m.thres_append),
  49     motif_sequences(m.motif_sequences),
  50     color_mapper(m.color_mapper),
  51     analysis_path(m.analysis_path),
  52     dirty(m.dirty)
  53 {
  54   connect(&the_paths, SIGNAL(progress(const QString&, int, int)),
  55           this, SIGNAL(progress(const QString&, int, int)));
  56 }
  57
  58 MussaRef Mussa::init()
  59 {
  60   boost::shared_ptr<Mussa> m(new Mussa());
  61   return m;
  62 }
  63
  64 boost::filesystem::path Mussa::get_analysis_path() const
  65 {
  66   return analysis_path;
  67 }
  68
  69 void Mussa::set_analysis_path(boost::filesystem::path pathname)
  70 {
  71   analysis_path = pathname;
  72 }
  73
  74 // set all parameters to null state
  75 void
  76 Mussa::clear()
  77 {
  78   analysis_name = "";
  79   ana_mode = TransitiveNway;
  80   window = 0;
  81   threshold = 0;
  82   soft_thres = 0;
  83   win_append = false;
  84   thres_append = false;
  85   motif_sequences.clear();
  86   if(color_mapper) color_mapper->clear();
  87   the_seqs.clear();
  88   the_paths.clear();
  89   analysis_path = fs::path();
  90   set_dirty(false);
  91 }
  92
  93 void Mussa::set_dirty(bool new_state)
  94 {
  95   if (dirty != new_state) {
  96     dirty = new_state;
  97     emit isModified(dirty);
  98   }
  99 }
 100
 101 bool Mussa::is_dirty() const
 102 {
 103   return dirty;
 104 }
 105
 106 bool Mussa::empty() const
 107 {
 108   return the_seqs.empty();
 109 }
 110
 111
 112 // these 5 simple methods manually set the parameters for doing an analysis
 113 // used so that the gui can take input from user and setup the analysis
 114 // note - still need a set_append(bool, bool) method...
 115 void
 116 Mussa::set_name(string a_name)
 117 {
 118   analysis_name = a_name;
 119   set_dirty(true);
 120 }
 121
 122 string Mussa::get_name() const
 123 {
 124   return analysis_name;
 125 }
 126
 127 string Mussa::get_title() const
 128 {
 129   fs::path analysis_path = get_analysis_path();
 130   if (not analysis_path.empty()) {
 131     return analysis_path.native_file_string();
 132   } else if (get_name().size() > 0) {
 133     return get_name();
 134   } else {
 135     return std::string("Unnamed");
 136   }
 137 }
 138
 139 int
 140 Mussa::size() const
 141 {
 142   if (the_seqs.size() > 0)
 143     return the_seqs.size();
 144   else
 145     return 0;
 146 }
 147
 148 void
 149 Mussa::set_window(int a_window)
 150 {
 151   window = a_window;
 152   set_dirty(true);
 153 }
 154
 155 int Mussa::get_window() const
 156 {
 157   return window;
 158 }
 159
 160 void
 161 Mussa::set_threshold(int a_threshold)
 162 {
 163   threshold = a_threshold;
 164   set_dirty(true);
 165   if (a_threshold > soft_thres) {
 166     soft_thres = a_threshold;
 167   }
 168 }
 169
 170 int Mussa::get_threshold() const
 171 {
 172   return threshold;
 173 }
 174
 175 void
 176 Mussa::set_soft_threshold(int new_threshold)
 177 {
 178   if (new_threshold < threshold) {
 179     soft_thres = threshold;
 180   } else if (new_threshold > window) {
 181     soft_thres = window;
 182   } else {
 183     soft_thres = new_threshold;
 184   }
 185 }
 186
 187 int Mussa::get_soft_threshold() const
 188 {
 189   return soft_thres;
 190 }
 191
 192 void
 193 Mussa::set_analysis_mode(enum analysis_modes new_ana_mode)
 194 {
 195   ana_mode = new_ana_mode;
 196   set_dirty(true);
 197 }
 198
 199 enum Mussa::analysis_modes Mussa::get_analysis_mode() const
 200 {
 201   return ana_mode;
 202 }
 203
 204 string Mussa::get_analysis_mode_name() const
 205 {
 206   switch (ana_mode)
 207   {
 208   case TransitiveNway:
 209     return string("Transitive");
 210     break;
 211   case RadialNway:
 212     return string("Radial");
 213     break;
 214   case EntropyNway:
 215     return string("Entropy");
 216     break;
 217   case RecursiveNway:
 218     return string("[deprecated] Recursive");
 219     break;
 220   default:
 221     throw runtime_error("invalid analysis mode type");
 222     break;
 223   }
 224 }
 225
 226 const NwayPaths& Mussa::paths() const
 227 {
 228   return the_paths;
 229 }
 230
 231 //template <class IteratorT>
 232 //void Mussa::createLocalAlignment(IteratorT begin, IteratorT end)
 233 void Mussa::createLocalAlignment(std::list<ConservedPath>::iterator begin,
 234                                  std::list<ConservedPath>::iterator end,
 235                                  std::list<ConservedPath::path_type>& result,
 236                                  std::list<std::vector<bool> >& reversed)
 237 {
 238   const vector_sequence_type& raw_seq = the_seqs;
 239   ConservedPath::path_type aligned_path;
 240   size_t i2, i3;
 241   int x_start, x_end;
 242   int window_length, win_i;
 243   int rc_1 = 0;
 244   int rc_2 = 0;
 245   vector<bool> rc_list;
 246   bool full_match;
 247   vector<bool> matched;
 248   int align_counter;
 249
 250   align_counter = 0;
 251   for(std::list<ConservedPath>::iterator pathz_i=begin; pathz_i != end; ++pathz_i)
 252   {
 253     ConservedPath& a_path = *pathz_i;
 254     window_length = a_path.window_size;
 255     // determine which parts of the path are RC relative to first species
 256     rc_list = a_path.reverseComplimented();
 257
 258     // loop over each bp in the conserved region for all sequences
 259     for(win_i = 0; win_i < window_length; win_i++)
 260     {
 261       aligned_path.clear();
 262       // determine which exact base pairs match between the sequences
 263       full_match = true;
 264       for(i2 = 0; i2 < a_path.size()-1; i2++)
 265       {
 266         // assume not rc as most likely, adjust below
 267         rc_1 = 0;
 268         rc_2 = 0;
 269         // no matter the case, any RC node needs adjustments
 270         if (a_path[i2] < 0)
 271           rc_1 = window_length-1;
 272         if (a_path[i2+1] < 0)
 273           rc_2 = window_length-1;
 274
 275         x_start = (abs(a_path[i2]-rc_1+win_i));
 276         x_end =   (abs(a_path[i2+1]-rc_2+win_i));
 277
 278         boost::shared_ptr<Sequence> cur(raw_seq[i2]) ;
 279         boost::shared_ptr<Sequence> next(raw_seq[i2+1]);
 280         // RC case handling
 281         // ugh, and xor...only want rc coloring if just one of the nodes is rc
 282         // if both nodes are rc, then they are 'normal' relative to each other
 283         if((rc_list[i2] || rc_list[i2+1] )&&!(rc_list[i2] && rc_list[i2+1]))
 284         { //the hideous rc matching logic - not complex, but annoying
 285           if(!(( ((*cur)[x_start]=='A')&&((*next)[x_end]=='T')) ||
 286                 (((*cur)[x_start]=='T')&&((*next)[x_end]=='A')) ||
 287                 (((*cur)[x_start]=='G')&&((*next)[x_end]=='C')) ||
 288                 (((*cur)[x_start]=='C')&&((*next)[x_end]=='G'))) )
 289           {
 290             full_match = false;
 291           } else {
 292             aligned_path.push_back(x_start);
 293           }
 294         }
 295         else
 296         { // forward match
 297           if (!( ((*cur)[x_start] == (*next)[x_end]) &&
 298                 ((*cur)[x_start] != 'N') && ((*next)[x_end] != 'N') ) ) {
 299             full_match = false;
 300           } else {
 301             aligned_path.push_back(x_start);
 302           }
 303         }
 304       }
 305       // grab the last part of our path, assuming we matched
 306       if (full_match)
 307         aligned_path.push_back(x_end);
 308
 309       if (aligned_path.size() == a_path.size()) {
 310         result.push_back(aligned_path);
 311         reversed.push_back(rc_list);
 312       }
 313     }
 314     align_counter++;
 315   }
 316 }
 317
 318
 319 void Mussa::append_sequence(const Sequence& a_seq)
 320 {
 321   boost::shared_ptr<Sequence> seq_copy(new Sequence(a_seq));
 322   the_seqs.push_back(seq_copy);
 323   set_dirty(true);
 324 }
 325
 326 void Mussa::append_sequence(boost::shared_ptr<Sequence> a_seq)
 327 {
 328   the_seqs.push_back(a_seq);
 329   set_dirty(true);
 330 }
 331
 332
 333 const vector<SequenceRef>&
 334 Mussa::sequences() const
 335 {
 336   return the_seqs;
 337 }
 338
 339 void Mussa::load_sequence(fs::path seq_file, fs::path annot_file,
 340                           int fasta_index, int sub_seq_start, int sub_seq_end,
 341                           std::string *name)
 342 {
 343   boost::shared_ptr<Sequence> aseq(new Sequence);
 344   aseq->load_fasta(seq_file, fasta_index, sub_seq_start, sub_seq_end);
 345   if ( not annot_file.empty() ) {
 346     aseq->load_annot(annot_file, sub_seq_start, sub_seq_end);
 347   }
 348   if (name != 0 and name->size() > 0 ) {
 349     aseq->set_species(*name);
 350   }
 351   the_seqs.push_back(aseq);
 352   set_dirty(true);
 353 }
 354
 355 void Mussa::load_mupa_file(std::string para_file_path) {
 356   load_mupa_file(boost::filesystem::path(para_file_path));
 357 }
 358
 359 void
 360 Mussa::load_mupa_file(fs::path para_file_path)
 361 {
 362   if (not fs::exists(para_file_path))
 363   {
 364     throw mussa_load_error("Config File: " + para_file_path.string() + " not found");
 365   } else if (fs::is_directory(para_file_path)) {
 366     throw mussa_load_error("Config File: " + para_file_path.string() + " is a directory.");
 367   } else if (fs::is_empty(para_file_path)) {
 368     throw mussa_load_error("Config File: " + para_file_path.string() + " is empty");
 369   } else  {
 370     // what directory is the mupa file in?
 371     fs::path file_path_base( para_file_path.branch_path()) ;
 372
 373     fs::ifstream para_file;
 374     para_file.open(para_file_path, ios::in);
 375
 376     load_mupa_stream(para_file, file_path_base);
 377     para_file.close();
 378   }
 379 }
 380
 381 void
 382 Mussa::load_mupa_stream(std::istream& para_file, fs::path& file_path_base)
 383 {
 384   bool error_occured = false;
 385   string file_data_line;
 386   string param, value;
 387   fs::path annot_file;
 388   int split_index, fasta_index;
 389   int sub_seq_start, sub_seq_end;
 390   bool seq_params, did_seq;
 391   string err_msg;
 392   bool parsing_path;
 393   string::size_type new_index, dir_index;
 394
 395   // initialize values
 396   clear();
 397
 398   // setup loop by getting file's first line
 399   getline(para_file, file_data_line);
 400   split_index = file_data_line.find(" ");
 401   param = file_data_line.substr(0,split_index);
 402   value = file_data_line.substr(split_index+1);
 403
 404   while (para_file)
 405   {
 406     did_seq = false;
 407     if (param == "ANA_NAME")
 408       analysis_name = value;
 409     else if (param == "APPEND_WIN")
 410       win_append = true;
 411     else if (param == "APPEND_THRES")
 412       thres_append = true;
 413     else if (param == "SEQUENCE_NUM")
 414       ; // ignore sequence_num now
 415     else if (param == "WINDOW")
 416       window = atoi(value.c_str());
 417     else if (param == "THRESHOLD")
 418       threshold = atoi(value.c_str());
 419     else if (param == "SEQUENCE")
 420     {
 421       fs::path seq_file = file_path_base / value;
 422       //cout << "seq_file_name " << seq_files.back() << endl;
 423       fasta_index = 1;
 424       annot_file = "";
 425       sub_seq_start = 0;
 426       sub_seq_end = 0;
 427       seq_params = true;
 428
 429       while (para_file && seq_params)
 430       {
 431         multiplatform_getline(para_file,file_data_line);
 432         split_index = file_data_line.find(" ");
 433         param = file_data_line.substr(0,split_index);
 434         value = file_data_line.substr(split_index+1);
 435
 436         if (param == "FASTA_INDEX")
 437           fasta_index = atoi(value.c_str());
 438         else if (param == "ANNOTATION")
 439           annot_file = file_path_base / value;
 440         else if (param == "SEQ_START")
 441           sub_seq_start = atoi(value.c_str());
 442         else if (param == "SEQ_END")
 443         {
 444           sub_seq_end = atoi(value.c_str());
 445         }
 446         //ignore empty lines or that start with '#'
 447         else if ((param == "") || (param == "#")) {
 448           // pass
 449         } else {
 450           seq_params = false;
 451         }
 452       }
 453       load_sequence(seq_file, annot_file, fasta_index, sub_seq_start,
 454                     sub_seq_end);
 455       did_seq = true;
 456     }
 457     //ignore empty lines or that start with '#'
 458     else if ( (param.size() == 0) || (param[0] == '#'))
 459     {} // pass
 460     else
 461     {
 462       clog << "Illegal/misplaced mussa parameter in file\n";
 463       clog << param << "\n";
 464       error_occured = true;
 465     }
 466
 467     if (!did_seq)
 468     {
 469       multiplatform_getline(para_file,file_data_line);
 470       split_index = file_data_line.find(" ");
 471       param = file_data_line.substr(0,split_index);
 472       value = file_data_line.substr(split_index+1);
 473       did_seq = false;
 474     }
 475   }
 476
 477   if (error_occured) {
 478     throw mussa_load_error("Error parsing MUPA file");
 479   }
 480   soft_thres = threshold;
 481   // no file was loaded, signal error
 482   set_dirty(true);
 483 }
 484
 485
 486 void
 487 Mussa::analyze()
 488 {
 489   if (the_seqs.size() < 2) {
 490     throw mussa_analysis_error("you need to have at least 2 sequences to "
 491                                "do an analysis.");
 492   }
 493
 494   seqcomp();
 495   the_paths.setup(window, threshold);
 496   nway();
 497 }
 498
 499 void
 500 Mussa::seqcomp()
 501 {
 502   vector<int> seq_lens;
 503   vector<FLPs> empty_FLP_vector;
 504   FLPs dummy_comp;
 505   string save_file_string;
 506
 507   empty_FLP_vector.clear();
 508   for(vector<Sequence>::size_type i = 0; i < the_seqs.size(); i++)
 509   {
 510     all_comps.push_back(empty_FLP_vector);
 511     for(vector<Sequence>::size_type i2 = 0; i2 < the_seqs.size(); i2++)
 512       all_comps[i].push_back(dummy_comp);
 513   }
 514   for(vector<Sequence>::size_type i = 0; i < the_seqs.size(); i++) {
 515     seq_lens.push_back(the_seqs[i]->size());
 516   }
 517   int seqcomps_done = 0;
 518   int seqcomps_todo = (the_seqs.size() * (the_seqs.size()-1)) / 2;
 519   emit progress("seqcomp", seqcomps_done, seqcomps_todo);
 520
 521   for(vector<Sequence>::size_type i = 0; i < the_seqs.size(); i++)
 522     for(vector<Sequence>::size_type i2 = i+1; i2 < the_seqs.size(); i2++)
 523     {
 524       //cout << "seqcomping: " << i << " v. " << i2 << endl;
 525       all_comps[i][i2].setup(window, threshold);
 526       all_comps[i][i2].seqcomp(*the_seqs[i], *the_seqs[i2], false);
 527       all_comps[i][i2].seqcomp(*the_seqs[i], the_seqs[i2]->rev_comp(),true);
 528       ++seqcomps_done;
 529       emit progress("seqcomp", seqcomps_done, seqcomps_todo);
 530     }
 531 }
 532
 533 void
 534 Mussa::nway()
 535 {
 536
 537   the_paths.set_soft_threshold(soft_thres);
 538
 539   if (ana_mode == TransitiveNway) {
 540     the_paths.trans_path_search(all_comps);
 541   }
 542   else if (ana_mode == RadialNway) {
 543     the_paths.radiate_path_search(all_comps);
 544   }
 545   else if (ana_mode == EntropyNway)
 546   {
 547     vector<Sequence> some_Seqs;
 548     //unlike other methods, entropy needs to look at the sequence at this stage
 549     some_Seqs.clear();
 550     for(vector<Sequence>::size_type i = 0; i < the_seqs.size(); i++)
 551     {
 552       some_Seqs.push_back(*the_seqs[i]);
 553     }
 554
 555     the_paths.setup_ent(ent_thres, some_Seqs); // ent analysis extra setup
 556     the_paths.entropy_path_search(all_comps);
 557   }
 558
 559   // old recursive transitive analysis function
 560   else if (ana_mode == RecursiveNway)
 561     the_paths.find_paths_r(all_comps);
 562
 563   the_paths.simple_refine();
 564 }
 565
 566 void
 567 Mussa::save(fs::path save_path)
 568 {
 569   fs::fstream save_file;
 570   ostringstream append_info;
 571   int dir_create_status;
 572
 573   if (save_path.empty()) {
 574     if (not analysis_path.empty()) {
 575       save_path = analysis_path;
 576     } else if (not analysis_name.empty()) {
 577       std::string save_name = analysis_name;
 578        // gotta do bit with adding win & thres if to be appended
 579        if (win_append) {
 580         append_info.str("");
 581         append_info <<  "_w" << window;
 582         save_name += append_info.str();
 583       }
 584
 585       if (thres_append) {
 586         append_info.str("");
 587         append_info <<  "_t" << threshold;
 588         save_name += append_info.str();
 589       }
 590       save_path = save_name;
 591     } else {
 592       throw mussa_save_error("Need filename or analysis name to save");
 593     }
 594   }
 595
 596   if (not fs::exists(save_path)) {
 597     fs::create_directory(save_path);
 598   }
 599
 600   std::string basename = save_path.leaf();
 601   fs::path museq(basename + ".museq", fs::native);
 602
 603   // save sequence and annots to a special mussa file
 604   save_file.open(save_path / museq, ios::out);
 605   save_file << "<Mussa_Sequence>" << endl;
 606
 607   for(vector<Sequence>::size_type i = 0; i < the_seqs.size(); i++)
 608   {
 609     the_seqs[i]->save(save_file);
 610   }
 611
 612   save_file << "</Mussa_Sequence>" << endl;
 613   save_file.close();
 614
 615   // if we have any motifs, save them.
 616   if (motif_sequences.size()) {
 617     fs::path mtl(basename + ".mtl", fs::native);
 618     save_motifs(save_path / mtl);
 619   }
 620
 621   // save nway paths to its mussa save file
 622   fs::path muway(basename + ".muway", fs::native);
 623   the_paths.save(save_path / muway);
 624
 625   for(vector<Sequence>::size_type i = 0; i < the_seqs.size(); i++) {
 626     for(vector<Sequence>::size_type i2 = i+1; i2 < the_seqs.size(); i2++)
 627     {
 628       append_info.str("");
 629       append_info <<  "_sp_" << i << "v" << i2;
 630       fs::path flp(basename+append_info.str()+".flp", fs::native);
 631       all_comps[i][i2].save(save_path / flp);
 632     }
 633   }
 634
 635   set_dirty(false);
 636   analysis_path = save_path;
 637 }
 638
 639 void
 640 Mussa::save_muway(fs::path save_path)
 641 {
 642   the_paths.save(save_path);
 643 }
 644
 645 void
 646 Mussa::load(fs::path ana_file)
 647 {
 648   int i, i2;
 649   fs::path file_path_base;
 650   fs::path a_file_path;
 651   fs::path ana_path(ana_file);
 652   bool parsing_path;
 653   string err_msg;
 654   ostringstream append_info;
 655   vector<FLPs> empty_FLP_vector;
 656   FLPs dummy_comp;
 657
 658
 659   //--------------------------------------------------------
 660   // Load Muway
 661   //--------------------------------------------------------
 662   analysis_path = ana_file;
 663   analysis_name = ana_path.leaf();
 664   fs::path muway(analysis_name+".muway", fs::native);
 665   a_file_path = analysis_path / muway;
 666   the_paths.load(a_file_path);
 667   // perhaps this could be more elegent, but at least this'll let
 668   // us know what our threshold and window sizes were when we load a muway
 669   window = the_paths.get_window();
 670   threshold = the_paths.get_threshold();
 671   soft_thres = the_paths.get_soft_threshold();
 672
 673
 674   //--------------------------------------------------------
 675   // Load Sequence
 676   //--------------------------------------------------------
 677   //int seq_num = the_paths.sequence_count();
 678
 679   fs::path museq(analysis_name + ".museq", fs::native);
 680   a_file_path = analysis_path / museq;
 681
 682   // this is a bit of a hack due to C++ not acting like it should with files
 683   /*for (i = 1; i <= seq_num; i++)
 684   {
 685     boost::shared_ptr<Sequence> tmp_seq(new Sequence);
 686     tmp_seq->load_museq(a_file_path, i);
 687     the_seqs.push_back(tmp_seq);
 688   }*/
 689
 690   i = 1;
 691   //int seq_num = 0;
 692   boost::filesystem::fstream load_museq_fs;
 693   load_museq_fs.open(a_file_path, std::ios::in);
 694   boost::shared_ptr<Sequence> tmp_seq;
 695   while (1)
 696   {
 697     tmp_seq = Sequence::load_museq(load_museq_fs);
 698
 699     if (tmp_seq)
 700     {
 701       the_seqs.push_back(tmp_seq);
 702     }
 703     else
 704     {
 705       break;
 706     }
 707
 708
 709     //safe guard in case of an infinate loop.
 710     //FIXME: If mussa can handle a comparison of 10000 sequences
 711     // in the future, then this code should be fixed.
 712     if (i == 10000)
 713     {
 714       throw mussa_load_error(" Run away sequence load!");
 715     }
 716     i++;
 717   }
 718   load_museq_fs.close();
 719
 720   //--------------------------------------------------------
 721   // Load Motifs
 722   //--------------------------------------------------------
 723   fs::path mtl(analysis_name + ".mtl", fs::native);
 724   fs::path motif_file = analysis_path / mtl;
 725   if (fs::exists(motif_file)) {
 726     load_motifs(motif_file);
 727   }
 728
 729   vector<Sequence>::size_type seq_num = the_seqs.size();
 730   empty_FLP_vector.clear();
 731   for(i = 0; i < seq_num; i++)
 732   {
 733     all_comps.push_back(empty_FLP_vector);
 734     for(i2 = 0; i2 < seq_num; i2++)
 735       all_comps[i].push_back(dummy_comp);
 736   }
 737
 738
 739   for(i = 0; i < seq_num; i++)
 740   {
 741     for(i2 = i+1; i2 < seq_num; i2++)
 742     {
 743       append_info.str("");
 744       append_info << analysis_name <<  "_sp_" << i << "v" << i2 << ".flp";
 745       //clog << append_info.str() << endl;
 746       fs::path flp(append_info.str(), fs::native);
 747       a_file_path = analysis_path / flp;
 748       all_comps[i][i2].load(a_file_path);
 749     }
 750   }
 751 }
 752
 753 void
 754 Mussa::save_old()
 755 {
 756   fs::fstream save_file;
 757
 758   save_file.open(analysis_name, ios::out);
 759
 760   for(vector<Sequence>::size_type i = 0; i < the_seqs.size(); i++)
 761     save_file << *(the_seqs[i]) << endl;
 762
 763   save_file << window << endl;
 764   save_file.close();
 765   //note more complex eventually since analysis_name may need to have
 766   //window size, threshold and other stuff to modify it...
 767   the_paths.save_old(analysis_name);
 768 }
 769
 770
 771 void
 772 Mussa::load_old(char * load_file_path, int s_num)
 773 {
 774   fstream save_file;
 775   string file_data_line;
 776   int i, space_split_i, comma_split_i;
 777   vector<int> loaded_path;
 778   string node_pair, node;
 779   Sequence a_seq;
 780
 781   int seq_num = s_num;
 782   the_paths.setup(0, 0);
 783   save_file.open(load_file_path, ios::in);
 784
 785   // currently loads old mussa format
 786
 787   // get sequences
 788   for(i = 0; i < seq_num; i++)
 789   {
 790     getline(save_file, file_data_line);
 791     boost::shared_ptr<Sequence> a_seq(new Sequence(file_data_line));
 792     the_seqs.push_back(a_seq);
 793   }
 794
 795   // get window size
 796   getline(save_file, file_data_line);
 797   window = atoi(file_data_line.c_str());
 798   // get paths
 799
 800   while (!save_file.eof())
 801   {
 802     loaded_path.clear();
 803     getline(save_file, file_data_line);
 804     if (file_data_line != "")
 805     for(i = 0; i < seq_num; i++)
 806     {
 807       space_split_i = file_data_line.find(" ");
 808       node_pair = file_data_line.substr(0,space_split_i);
 809       //cout << "np= " << node_pair;
 810       comma_split_i = node_pair.find(",");
 811       node = node_pair.substr(comma_split_i+1);
 812       //cout << "n= " << node << " ";
 813       loaded_path.push_back(atoi (node.c_str()));
 814       file_data_line = file_data_line.substr(space_split_i+1);
 815     }
 816     //cout << endl;
 817     // FIXME: do we have any information about what the threshold should be?
 818     the_paths.add_path(0, loaded_path);
 819   }
 820   save_file.close();
 821
 822   //the_paths.save("tmp.save");
 823 }
 824
 825 void Mussa::add_motif(const Sequence& motif, const Color& color)
 826 {
 827   motif_sequences.insert(motif);
 828   color_mapper->appendInstanceColor("motif", motif.get_sequence(), color);
 829   set_dirty(true);
 830 }
 831
 832 void Mussa::set_motifs(const vector<Sequence>& motifs,
 833                        const vector<Color>& colors)
 834 {
 835   if (motifs.size() != colors.size()) {
 836     throw mussa_error("motif and color vectors must be the same size");
 837   }
 838
 839   motif_sequences.clear();
 840   for(size_t i = 0; i != motifs.size(); ++i)
 841   {
 842     add_motif(motifs[i], colors[i]);
 843   }
 844   update_sequences_motifs();
 845 }
 846
 847 void Mussa::load_motifs(fs::path filename)
 848 {
 849   fs::ifstream f;
 850   f.open(filename, ifstream::in);
 851   load_motifs(f);
 852 }
 853
 854 void Mussa::load_motifs(std::istream &in)
 855 {
 856   std::string data;
 857   const char *alphabet = Alphabet::dna_cstr;
 858   motif_parser::ParsedMotifs parsed_motifs(motif_sequences, color_mapper);
 859
 860   // slurp our data into a string
 861   std::streamsize bytes_read = 1;
 862   while (in.good() and bytes_read) {
 863     const std::streamsize bufsiz=512;
 864     char buf[bufsiz];
 865     bytes_read = in.readsome(buf, bufsiz);
 866     data.append(buf, buf+bytes_read);
 867   }
 868   parsed_motifs.parse(data);
 869   update_sequences_motifs();
 870 }
 871
 872 void Mussa::save_motifs(fs::path filename)
 873 {
 874   fs::ofstream out_stream;
 875   out_stream.open(filename, ofstream::out);
 876   save_motifs(out_stream);
 877 }
 878
 879 void Mussa::save_motifs(std::ostream& out)
 880 {
 881   for(motif_set::iterator motif_i = motif_sequences.begin();
 882       motif_i != motif_sequences.end();
 883       ++motif_i)
 884   {
 885     out << motif_i->get_sequence() << " ";
 886     if (motif_i->get_name().size() > 0) {
 887       out << "\"" << motif_i->get_name() << "\" ";
 888     }
 889     out << color_mapper->lookup("motif", motif_i->get_sequence());
 890     out << std::endl;
 891   }
 892 }
 893
 894 void Mussa::update_sequences_motifs()
 895 {
 896   // once we've loaded all the motifs from the file,
 897   // lets attach them to the sequences
 898   for(vector<SequenceRef >::iterator seq_i = the_seqs.begin();
 899       seq_i != the_seqs.end();
 900       ++seq_i)
 901   {
 902     // clear out old motifs
 903     (*seq_i)->clear_motifs();
 904     // for all the motifs in our set, attach them to the current sequence
 905     for(set<Sequence>::iterator motif_i = motif_sequences.begin();
 906         motif_i != motif_sequences.end();
 907         ++motif_i)
 908     {
 909       (*seq_i)->add_motif(*motif_i);
 910     }
 911   }
 912 }
 913
 914 const set<Sequence>& Mussa::motifs() const
 915 {
 916   return motif_sequences;
 917 }
 918
 919 boost::shared_ptr<AnnotationColors> Mussa::colorMapper()
 920 {
 921   return color_mapper;
 922 }