alg/parse_options.cpp

   1 #include <boost/program_options.hpp>
   2 namespace po = boost::program_options;
   3
   4 #include <string>
   5 #include <iostream>
   6
   7 #include "alg/mussa.hpp"
   8 #include "alg/parse_options.hpp"
   9
  10 MussaOptions::MussaOptions()
  11   : useGUI(true),
  12     runAsPythonInterpeter(false)
  13 {
  14 }
  15
  16 void initialize_mussa(MussaOptions& opts, int argc, char **argv)
  17 {
  18   po::options_description options("Mussa options");
  19   po::positional_options_description pos_options;
  20   pos_options.add("run-analysis", -1);
  21
  22   options.add_options()
  23     ("help", "help message")
  24     ("run-analysis,p", po::value<std::string>(),
  25      "run an analysis defined by the mussa parameter file")
  26     ("view-analysis", po::value<std::string>(),
  27      "load a previously run analysis")
  28     ("motifs", po::value<std::string>(),
  29      "annotate analysis with motifs from this file")
  30     ("no-gui", "terminate without running an analysis")
  31     ("python", "launch as a python interpreter")
  32   ;
  33
  34   po::variables_map vm;
  35   po::store(po::command_line_parser(argc, argv).options(options).positional(pos_options).run(), vm);
  36   po::notify(vm);
  37
  38   if (vm.count("help")) {
  39     std::cout << options << std::endl;
  40     return;
  41   }
  42
  43   MussaRef new_mussa(new Mussa);
  44   opts.analysis = new_mussa;
  45
  46   // currently we can only have one analysis loaded, so
  47   // running trumps viewing.
  48   if (vm.count("run-analysis")) {
  49     opts.analysis->load_mupa_file( vm["run-analysis"].as< std::string >() );
  50     std::cout << "I apologize for blocking the gui while running the analysis"
  51               << std::endl;
  52     opts.analysis->analyze();
  53     if (opts.analysis->is_dirty())
  54       opts.analysis->save();
  55   }
  56   else if (vm.count("view-analysis")) {
  57     opts.analysis->load( vm["view-analysis"].as< std::string >() );
  58   }
  59   if (vm.count("motifs") and opts.analysis) {
  60     opts.analysis->load_motifs( vm["motifs"].as< std::string >() );
  61   }
  62   if (vm.count("no-gui")) {
  63     opts.useGUI=false;
  64   }
  65   if (vm.count("python")) {
  66     opts.runAsPythonInterpeter = true;
  67   }
  68 }