alg/sequence_location.cpp

   1 #include "alg/sequence_location.hpp"
   2
   3 SequenceLocation::SequenceLocation(
   4     const boost::shared_ptr<Sequence> s,
   5     int l,
   6     int r
   7 ) : sequence(s),
   8     left(l),
   9     right(r)
  10 {
  11 }
  12
  13 SequenceLocation::SequenceLocation(
  14     const Sequence& s,
  15     int l,
  16     int r
  17 ) : left(l),
  18     right(r)
  19 {
  20   boost::shared_ptr<Sequence> copy(new Sequence(s));
  21   sequence = copy;
  22 }
  23
  24
  25 SequenceLocation::SequenceLocation(const SequenceLocation& o)
  26   : sequence(o.sequence),
  27     left(o.left),
  28     right(o.right)
  29 {
  30 }
  31
  32 SequenceLocation& SequenceLocation::operator=(const SequenceLocation& o)
  33 {
  34   if (this != &o) {
  35     sequence = o.sequence;
  36     left = o.getLeft();
  37     right = o.getRight();
  38   }
  39   return *this;
  40 }
  41
  42
  43 const Sequence& SequenceLocation::getSequence() const
  44 {
  45   return *sequence;
  46 }
  47
  48 Sequence SequenceLocation::getSelectedSequence() const
  49 {
  50   return sequence->subseq(getLeft(), getCount());
  51 }
  52
  53 void SequenceLocation::setLeft(int l)
  54 {
  55   left = l;
  56 }
  57
  58 int SequenceLocation::getLeft() const
  59 {
  60   return left;
  61 }
  62
  63 void SequenceLocation::setCount(int c)
  64 {
  65   right = left + c;
  66 }
  67
  68 int SequenceLocation::getCount() const
  69 {
  70   return right - left;
  71 }
  72
  73 void SequenceLocation::setRight(int r)
  74 {
  75   right = r;
  76 }
  77
  78 int SequenceLocation::getRight() const
  79 {
  80   return right;
  81 }