alg/test/test_alphabet.cpp

   1 #define BOOST_AUTO_TEST_MAIN
   2 #include <boost/test/auto_unit_test.hpp>
   3
   4 #include <boost/archive/text_oarchive.hpp>
   5 #include <boost/archive/text_iarchive.hpp>
   6 #include <boost/archive/xml_oarchive.hpp>
   7 #include <boost/archive/xml_iarchive.hpp>
   8
   9 #include "alg/alphabet.hpp"
  10 #include "mussa_exceptions.hpp"
  11
  12 BOOST_AUTO_TEST_CASE( alphabet_simple )
  13 {
  14   Alphabet a(Alphabet::reduced_dna_alphabet());
  15   // exists is case insensitive
  16   BOOST_CHECK_EQUAL( a.exists('a'), true);
  17   BOOST_CHECK_EQUAL( a.exists('A'), true);
  18   BOOST_CHECK_EQUAL( a.exists('Q'), false);
  19   BOOST_CHECK_EQUAL( a.exists('q'), false);
  20
  21   // copied from alphabet.cpp
  22   BOOST_CHECK_EQUAL( Alphabet::reduced_dna_cstr, "AaCcGgTtNn\012\015");
  23 }
  24
  25 BOOST_AUTO_TEST_CASE( alphabet_equality)
  26 {
  27   Alphabet a(Alphabet::reduced_dna_alphabet());
  28   BOOST_CHECK_EQUAL( a, Alphabet::reduced_dna_alphabet() );
  29 }
  30
  31 /*
  32 BOOST_AUTO_TEST_CASE( alphabet_rc_invalid )
  33 {
  34   Alphabet a1 = Alphabet::get_alphabet(empty_alphabet);
  35   BOOST_CHECK_THROW(a1.get_complement_map(), mussa_error);
  36
  37   Alphabet a2 = Alphabet::get_alphabet(protein_alphabet);
  38   BOOST_CHECK_THROW(a2.create_complement_map(), mussa_error);
  39 }
  40 */
  41
  42 BOOST_AUTO_TEST_CASE( alphabet_rc_reduced_dna)
  43 {
  44   Alphabet a = Alphabet::get_alphabet(reduced_dna_alphabet);
  45
  46   std::string rc_map = a.get_complement_map();
  47   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['A'], 'T');
  48   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['a'], 't');
  49   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['T'], 'A');
  50   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['t'], 'a');
  51   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['G'], 'C');
  52   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['g'], 'c');
  53   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['C'], 'G');
  54   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['c'], 'g');
  55   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['U'], '~');
  56   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['u'], '~');
  57   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['Q'], '~');
  58   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['*'], '~');
  59 }
  60
  61 BOOST_AUTO_TEST_CASE( alphabet_rc_reduced_rna)
  62 {
  63   Alphabet a = Alphabet::get_alphabet(reduced_rna_alphabet);
  64
  65   std::string rc_map = a.get_complement_map();
  66   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['A'], 'U');
  67   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['a'], 'u');
  68   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['G'], 'C');
  69   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['g'], 'c');
  70   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['C'], 'G');
  71   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['c'], 'g');
  72   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['T'], '~');
  73   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['t'], '~');
  74   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['U'], 'A');
  75   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['u'], 'a');
  76   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['Q'], '~');
  77   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['*'], '~');
  78 }
  79
  80 BOOST_AUTO_TEST_CASE( alphabet_rc_dna)
  81 {
  82   Alphabet a = Alphabet::get_alphabet(dna_alphabet);
  83
  84   std::string rc_map = a.get_complement_map();
  85   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['A'], 'T');
  86   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['a'], 't');
  87   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['C'], 'G');
  88   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['c'], 'g');
  89   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['G'], 'C');
  90   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['g'], 'c');
  91   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['T'], 'A');
  92   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['t'], 'a');
  93   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['R'], 'Y');
  94   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['r'], 'y');
  95   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['Y'], 'R');
  96   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['y'], 'r');
  97   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['S'], 'S');
  98   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['s'], 's');
  99   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['W'], 'W');
 100   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['w'], 'w');
 101   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['K'], 'M');
 102   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['k'], 'm');
 103   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['M'], 'K');
 104   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['m'], 'k');
 105   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['B'], 'V');
 106   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['b'], 'v');
 107   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['V'], 'B');
 108   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['v'], 'b');
 109   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['D'], 'H');
 110   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['d'], 'h');
 111   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['H'], 'D');
 112   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['h'], 'd');
 113   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['N'], 'N');
 114   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['n'], 'n');
 115
 116   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['U'], '~');
 117   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['u'], '~');
 118   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['Q'], '~');
 119   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['*'], '~');
 120 }
 121
 122 BOOST_AUTO_TEST_CASE( alphabet_rc_rna)
 123 {
 124   Alphabet a = Alphabet::get_alphabet(rna_alphabet);
 125
 126   std::string rc_map = a.get_complement_map();
 127   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['A'], 'U');
 128   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['a'], 'u');
 129   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['C'], 'G');
 130   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['c'], 'g');
 131   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['G'], 'C');
 132   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['g'], 'c');
 133   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['U'], 'A');
 134   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['u'], 'a');
 135   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['R'], 'Y');
 136   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['r'], 'y');
 137   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['Y'], 'R');
 138   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['y'], 'r');
 139   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['S'], 'S');
 140   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['s'], 's');
 141   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['W'], 'W');
 142   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['w'], 'w');
 143   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['K'], 'M');
 144   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['k'], 'm');
 145   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['M'], 'K');
 146   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['m'], 'k');
 147   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['B'], 'V');
 148   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['b'], 'v');
 149   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['V'], 'B');
 150   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['v'], 'b');
 151   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['D'], 'H');
 152   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['d'], 'h');
 153   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['H'], 'D');
 154   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['h'], 'd');
 155   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['N'], 'N');
 156   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['n'], 'n');
 157
 158   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['T'], '~');
 159   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['t'], '~');
 160   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['Q'], '~');
 161   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['*'], '~');
 162 }
 163
 164
 165 //enum AlphabetRef { reduced_nucleic_alphabet,   nucleic_alphabet, };
 166 BOOST_AUTO_TEST_CASE( alphabet_reverse_complement )
 167 {
 168   Alphabet a = Alphabet::get_alphabet(reduced_dna_alphabet);
 169   std::string seq("AAAAGCT");
 170   std::string known_rc_seq("AGCTTTT");
 171   boost::shared_ptr<std::string> new_seq(a.reverse_complement(seq));
 172
 173   BOOST_CHECK_EQUAL(*new_seq, known_rc_seq);
 174
 175 }