alg/test/test_flp.cpp

   1 #define BOOST_AUTO_TEST_MAIN
   2 #include <iostream>
   3 #include <list>
   4
   5 #include <boost/test/auto_unit_test.hpp>
   6 #include <boost/filesystem/operations.hpp>
   7 #include <boost/filesystem/path.hpp>
   8 namespace fs = boost::filesystem;
   9
  10 #include "alg/flp.hpp"
  11 #include "alg/sequence.hpp"
  12 #include <iostream>
  13 #include <list>
  14
  15 #include "mussa_exceptions.hpp"
  16
  17 BOOST_AUTO_TEST_CASE( flp_simple )
  18 {
  19   FLPs f;
  20   f.setup(5, 4);
  21   // when we first setup progress should be equal to -1
  22   // aka FLPs::seqcomp_not_running
  23   BOOST_CHECK_EQUAL( f.progress(), -1 );
  24   f.seqcomp("AAGGTAAGGT", "AAGGTAAGGT", false);
  25   // now that we're done we should be equal to not running again.
  26   // yeah it'd be nice to make a thread test
  27   BOOST_CHECK_EQUAL( f.progress(), -1 );
  28
  29   // are the match_locations correct?
  30   for (int i=0; i != f.size(); i++)
  31   {
  32     std::list<int> window_locations = f.match_locations(i);
  33     std::list<FLPs::match> window_matches   = f.matches(i);
  34     std::list<int>::iterator loc_i   = window_locations.begin();
  35     std::list<FLPs::match>::iterator match_i = window_matches.begin();
  36     for (; loc_i != window_locations.end(); ++loc_i, ++match_i)
  37     {
  38       // I'm missing pythons easy lists and in operator here.
  39       if (i == 0) BOOST_CHECK( *loc_i == 0 || *loc_i == 5);
  40       else if (i == 1) BOOST_CHECK( *loc_i == 1 || *loc_i == 6);
  41       else if (i == 2) BOOST_CHECK( *loc_i == 2 );
  42       else if (i == 3) BOOST_CHECK( *loc_i == 3 );
  43       else if (i == 4) BOOST_CHECK( *loc_i == 4 );
  44       else if (i == 6) BOOST_CHECK( *loc_i == 5 || *loc_i == 0);
  45       BOOST_CHECK_EQUAL( *loc_i, match_i->index );
  46     }
  47   }
  48 }
  49
  50 BOOST_AUTO_TEST_CASE( flp_save )
  51 {
  52   std::string seq("AAGGCCTTAAGGCCTT");
  53   int win_size = 4;
  54   FLPs f1;
  55   FLPs f2;
  56   f1.setup(win_size,3);
  57   f1.seqcomp(seq, seq, false);
  58   std::string fname("flp_save_this_is_a_horrible_filename_because_"
  59                     "im_too_lazy_to_write_a_portable_mktmp.flp");
  60
  61   f1.save(fname);
  62   f2.load(fname);
  63   boost::filesystem::remove( boost::filesystem::path(fname) );
  64
  65   BOOST_CHECK_EQUAL( f1.size(), seq.size()-win_size+1);
  66   BOOST_CHECK_EQUAL( f2.size(), seq.size()-win_size+1);
  67   BOOST_CHECK_EQUAL( f1.size(), f2.size() );
  68   for (int win=0; win < f1.size(); ++win)
  69   {
  70     std::list<FLPs::match> f1_matches = f1.matches(win);
  71     std::list<FLPs::match> f2_matches = f2.matches(win);
  72     std::list<FLPs::match>::const_iterator f1_match_i = f1_matches.begin();
  73     std::list<FLPs::match>::const_iterator f2_match_i = f2_matches.begin();
  74     for( ;
  75          f1_match_i != f1_matches.end() && f2_match_i != f2_matches.end();
  76          ++f1_match_i, ++f2_match_i)
  77     {
  78       BOOST_CHECK_EQUAL( *f1_match_i, *f2_match_i);
  79     }
  80   }
  81 }
  82
  83 /*! Apparently when we run multiple seqcomps we want to
  84  *  save all the FLPs generated
  85  */
  86 BOOST_AUTO_TEST_CASE( flp_reverse_compliment )
  87 {
  88   FLPs f1;
  89   Sequence s1("AAAATTTT");
  90   Sequence s2("AACAGGGG");
  91   f1.setup(4,3);
  92   f1.seqcomp(s1, s2, false);
  93   f1.seqcomp(s1, s2.rev_comp(), true);
  94
  95   FLPs f2;
  96   f2.setup(4,3);
  97   f2.seqcomp(s1, s2.rev_comp(), true);
  98   f2.seqcomp(s1, s2, false);
  99
 100   // The order of doing the reverse compliment search shouldn't matter
 101   // when we're using exactly the same sequence
 102   BOOST_CHECK_EQUAL( f1.size(), f2.size() );
 103   for (int i = 0; i < f1.size(); ++i )
 104   {
 105     BOOST_CHECK_EQUAL( f1.matches(i).size(), f2.matches(i).size() );
 106     // FIXME: should we test the individual lists?
 107   }
 108 }
 109
 110 BOOST_AUTO_TEST_CASE( flp_file_check )
 111 {
 112   fs::path filename = "Thy_micturations_are_to_me_as_plurdled_gabbleblotchits";
 113   FLPs f1;
 114   BOOST_CHECK_THROW( f1.load(filename), mussa_load_error);
 115 }