alg/test/test_glseqbrowser.cpp

   1 #define BOOST_AUTO_TEST_MAIN
   2 #include <boost/test/auto_unit_test.hpp>
   3 #include <boost/assign/std/vector.hpp>
   4 using namespace boost::assign;
   5
   6 #include <boost/shared_ptr.hpp>
   7
   8 #include <string>
   9 #include <list>
  10 #include <vector>
  11
  12 #include "annotation_colors.hpp"
  13 #include "glseqbrowser.hpp"
  14 #include "mussa.hpp"
  15 #include "sequence.hpp"
  16
  17 using namespace std;
  18
  19 BOOST_AUTO_TEST_CASE ( gltracks_connect )
  20 {
  21   string s0("AAGGCCTT");
  22   string s1("TTGGCCAA");
  23   string s2("GATTACAA");
  24   Sequence seq0(s0);
  25   Sequence seq1(s1);
  26   Sequence seq2(s2);
  27
  28   GlSeqBrowser gt;
  29   gt.push_sequence(seq0);
  30   gt.push_sequence(seq1);
  31   gt.push_sequence(seq2);
  32
  33   // make up some sample data
  34   vector<bool> rc;
  35   rc += false, false, false;
  36   vector<int> path;
  37                 path += 1,1,1; gt.link(path, rc, 1);
  38   path.clear(); path += 1,1,3; gt.link(path, rc, 1);
  39   path.clear(); path += 1,2,1; gt.link(path, rc, 1);
  40   path.clear(); path += 2,3,3; gt.link(path, rc, 1);
  41   path.clear(); path += 3,3,3; gt.link(path, rc, 1);
  42
  43   // this represents the "depth" of the path_segment AKA sequences -1
  44   BOOST_CHECK_EQUAL( gt.path_segments.size(), 2 );
  45   BOOST_CHECK_EQUAL( gt.path_segments[0].size(), 4);
  46   BOOST_CHECK_EQUAL( gt.path_segments[1].size(), 4);
  47   GlSeqBrowser::segment_key p11(1, 1);
  48   GlSeqBrowser::segment_key p23(2, 3);
  49   GlSeqBrowser::segment_key p33(3, 3);
  50   GlSeqBrowser::segment_key p13(1, 3);
  51   GlSeqBrowser::pair_segment_map::iterator psm_i = gt.path_segments[0].find(p11);
  52   BOOST_CHECK( psm_i != gt.path_segments[0].end() );
  53   BOOST_CHECK_EQUAL( psm_i->second.path_ids.size(), 2 );
  54   // exaustively test the other keys in the first row
  55   psm_i = gt.path_segments[0].find(p23);
  56   BOOST_CHECK( psm_i != gt.path_segments[0].end());
  57   psm_i = gt.path_segments[0].find(p33);
  58   BOOST_CHECK( psm_i != gt.path_segments[0].end());
  59   // should be missing
  60   psm_i = gt.path_segments[0].find(p13);
  61   BOOST_CHECK( psm_i == gt.path_segments[0].end());
  62
  63   gt.clear();
  64   BOOST_CHECK_EQUAL( gt.path_segments.size(), 0 );
  65 }
  66
  67 BOOST_AUTO_TEST_CASE ( gltracks_connect_different_lengths )
  68 {
  69   string s0("AAGGCCTT");
  70   string s1("TTGGCCAA");
  71   string s2("GATTACAA");
  72   Sequence seq0(s0);
  73   Sequence seq1(s1);
  74   Sequence seq2(s2);
  75
  76   GlSeqBrowser gt;
  77   gt.push_sequence(seq0);
  78   gt.push_sequence(seq1);
  79   gt.push_sequence(seq2);
  80
  81   // make up some sample data
  82   vector<bool> rc;
  83   rc += false, false, false;
  84   vector<int> path;
  85                 path += 1,1,1; gt.link(path, rc, 5);
  86   path.clear(); path += 1,1,3; gt.link(path, rc, 1);
  87   path.clear(); path += 2,3,3; gt.link(path, rc, 1);
  88   path.clear(); path += 3,3,3; gt.link(path, rc, 3);
  89   path.clear(); path += 4,3,3; gt.link(path, rc, 2);
  90
  91   // this represents the "depth" of the path_segment AKA sequences -1
  92   BOOST_CHECK_EQUAL( gt.path_segments.size(), 2 );
  93   BOOST_CHECK_EQUAL( gt.path_segments[0].size(), 4);
  94   BOOST_CHECK_EQUAL( gt.path_segments[1].size(), 3);
  95   GlSeqBrowser::segment_key p1(1, 1);
  96   GlSeqBrowser::pair_segment_map::iterator psm1_i = gt.path_segments[0].find(p1);
  97   BOOST_CHECK( psm1_i != gt.path_segments[0].end() );
  98   BOOST_CHECK_EQUAL( psm1_i->second.start.x, 1); //start segment x coordinate
  99   BOOST_CHECK_EQUAL( psm1_i->second.end.x, 1); //end segment x coordinate
 100   BOOST_CHECK_EQUAL( psm1_i->second.length, 5);
 101   // there should be two paths, the sizes don't match
 102   BOOST_CHECK_EQUAL( psm1_i->second.path_ids.size(), 2 );
 103
 104   // look at the second row
 105   GlSeqBrowser::segment_key p2(3,3);
 106   GlSeqBrowser::pair_segment_map::iterator psm2_i = gt.path_segments[1].find(p2);
 107   BOOST_CHECK( psm2_i != gt.path_segments[1].end() );
 108   BOOST_CHECK_EQUAL( psm2_i->second.start.x, 3); //start segment x coordinate
 109   BOOST_CHECK_EQUAL( psm2_i->second.end.x, 3); //end segment x coordinate
 110   BOOST_CHECK_EQUAL( psm2_i->second.length, 3);
 111 }
 112
 113 BOOST_AUTO_TEST_CASE( glseqbrowser_center )
 114 {
 115   string s0("AAGGCCTT");
 116   string s1("TTGGCCAA");
 117   string s2("GATTACAA");
 118   Sequence seq0(s0);
 119   Sequence seq1(s1);
 120   Sequence seq2(s2);
 121   boost::shared_ptr<AnnotationColors> cm(new AnnotationColors);
 122   GlSequence glseq0(seq0, cm);
 123   GlSequence glseq1(seq1, cm);
 124   GlSequence glseq2(seq2, cm);
 125
 126   GlSeqBrowser gt;
 127   gt.push_sequence(glseq0);
 128   gt.push_sequence(glseq1);
 129   gt.push_sequence(glseq2);
 130
 131   vector<int> path;
 132   path += 0,3,7;
 133
 134   BOOST_CHECK_EQUAL( gt.left(), -gt.border() );
 135   BOOST_CHECK_EQUAL( gt.right(), s0.size() + gt.border() );
 136
 137   gt.centerOnPath(path);
 138
 139   // I didn't bother to compute how the path should shift things
 140   // by the magic number 3, i just ran the test and saw how it failed
 141   // and hard coded this in.
 142   BOOST_CHECK_EQUAL( gt.left(), -18-gt.border() );
 143   BOOST_CHECK_EQUAL( gt.right(), s0.size() + gt.border()-11 );
 144
 145   // aparently we end up with a different glsequence in the seqbrowser
 146   BOOST_CHECK( glseq1.x() != gt.sequences()[1]->x() );
 147
 148   BOOST_CHECK_EQUAL( gt.sequences()[0]->x(), (gt.viewportCenter()-15)-path[0] );
 149   BOOST_CHECK_EQUAL( gt.sequences()[1]->x(), (gt.viewportCenter()-15)-path[1] );
 150   BOOST_CHECK_EQUAL( gt.sequences()[2]->x(), (gt.viewportCenter()-15)-path[2] );
 151 }
 152
 153 BOOST_AUTO_TEST_CASE( setSelectedPaths )
 154 {
 155   string s0("AAGGCCTT");
 156   string s1("TTGGCCAA");
 157   string s2("GATTACAA");
 158   Sequence seq0(s0);
 159   Sequence seq1(s1);
 160   Sequence seq2(s2);
 161
 162   GlSeqBrowser gt;
 163   gt.push_sequence(seq0);
 164   gt.push_sequence(seq1);
 165   gt.push_sequence(seq2);
 166
 167   // make up some sample data
 168   vector<bool> rc;
 169   rc += false, false, false;
 170   vector<int> path;
 171                 path += 1,1,1; gt.link(path, rc, 1);
 172   path.clear(); path += 1,1,3; gt.link(path, rc, 1);
 173   path.clear(); path += 2,3,3; gt.link(path, rc, 1);
 174   path.clear(); path += 3,3,3; gt.link(path, rc, 1);
 175
 176   vector<int> selected;
 177   selected += 1,4;
 178   BOOST_CHECK_EQUAL( gt.selectedPaths().size(), 0 );
 179   gt.setSelectedPaths(selected);
 180   BOOST_CHECK_EQUAL( gt.selectedPaths().size(), selected.size() );
 181   gt.clear_selection();
 182   BOOST_CHECK_EQUAL( gt.selectedPaths().size(), 0);
 183 }
 184
 185 BOOST_AUTO_TEST_CASE( setSelectedTracks )
 186 {
 187   string s0("AAGGCCTT");
 188   string s1("TTGGCCAA");
 189   string s2("GATTACAA");
 190   Sequence seq0(s0);
 191   Sequence seq1(s1);
 192   Sequence seq2(s2);
 193
 194   GlSeqBrowser gt;
 195   gt.push_sequence(seq0);
 196   gt.push_sequence(seq1);
 197   gt.push_sequence(seq2);
 198
 199   BOOST_CHECK_EQUAL( gt.selectedTracks().size(), 0 );
 200   gt.appendSelectedTrack(0, 0, seq0.size());
 201   gt.appendSelectedTrack(2, 0, seq2.size());
 202   BOOST_CHECK_EQUAL( gt.selectedTracks().size(), 2 );
 203
 204   list<Sequence> selected_sequence;
 205   BOOST_CHECK_EQUAL(selected_sequence.size(), 0);
 206   gt.copySelectedTracksAsSequences(selected_sequence);
 207   BOOST_CHECK_EQUAL(selected_sequence.size(), 2);
 208   BOOST_CHECK_EQUAL(selected_sequence.front(), seq0);
 209   BOOST_CHECK_EQUAL(selected_sequence.back(), seq2);
 210
 211   gt.clear_selection();
 212   BOOST_CHECK_EQUAL( gt.selectedPaths().size(), 0);
 213
 214   gt.appendSelectedTrack(0, 0, 2);
 215   list<SequenceLocation> seq_locs;
 216   gt.copySelectedTracksAsSeqLocation(seq_locs);
 217   BOOST_CHECK_EQUAL(seq_locs.size(), 1);
 218   BOOST_CHECK_EQUAL(seq_locs.front().getSequence(), seq0);
 219   BOOST_CHECK_EQUAL(seq_locs.front().getLeft(), 0);
 220   BOOST_CHECK_EQUAL(seq_locs.front().getRight(), 2);
 221 }