alg/test/test_paircomp.cpp

   1 #define BOOST_AUTO_TEST_MAIN
   2 #include <boost/test/auto_unit_test.hpp>
   3 #include <boost/filesystem/path.hpp>
   4 namespace fs = boost::filesystem;
   5
   6 #include <string>
   7 #include <iostream>
   8
   9 #include "alg/sequence.hpp"
  10 #include "paircomp.hh"
  11
  12 using namespace std;
  13
  14 BOOST_AUTO_TEST_CASE( simple_nxn_comparison )
  15 {
  16   std::string s(10, 'A');
  17   Sequence s1(s);
  18   Sequence s2(s);
  19
  20   paircomp::ImmutableComparison *cmp;
  21   // Make sure we called the string constructor correctly
  22   BOOST_REQUIRE_EQUAL( s1.size(), 10 );
  23   BOOST_REQUIRE_EQUAL( s2.size(), 10 );
  24   cmp = paircomp::simple_nxn_comparison<Sequence>(s1, s2, 10, 0.10);
  25
  26   BOOST_CHECK_EQUAL( cmp->is_empty(), false);
  27   const paircomp::_MatchContainer *matches = cmp->get_matches(0);
  28   BOOST_REQUIRE( matches != 0);
  29   BOOST_CHECK_EQUAL( matches->num, 1 );
  30 }
  31
  32 BOOST_AUTO_TEST_CASE( simple_nxn_comparison_mixed_case )
  33 {
  34   Sequence s1("AtGGcT");
  35   Sequence s2("aTggCt");
  36
  37   paircomp::ImmutableComparison *cmp;
  38   // Make sure we called the string constructor correctly
  39   BOOST_REQUIRE_EQUAL( s1.size(), 6 );
  40   BOOST_REQUIRE_EQUAL( s2.size(), 6 );
  41   cmp = paircomp::simple_nxn_comparison<Sequence>(s1, s2, 6, 1.0);
  42
  43   BOOST_CHECK_EQUAL( cmp->is_empty(), false);
  44   const paircomp::_MatchContainer *matches = cmp->get_matches(0);
  45   BOOST_REQUIRE( matches != 0);
  46   BOOST_CHECK_EQUAL( matches->num, 1 );
  47 }