alg/test/test_seq.cpp

   1 #define BOOST_AUTO_TEST_MAIN
   2 #include <boost/test/auto_unit_test.hpp>
   3
   4 #include "seq.hpp"
   5
   6 BOOST_AUTO_TEST_CASE( seqstring_default_alphabet )
   7 {
   8   SeqString s;
   9   BOOST_CHECK_EQUAL(s.get_alphabet_ref(), reduced_nucleic_alphabet);
  10   BOOST_CHECK_EQUAL(s.get_alphabet(), Alphabet::reduced_nucleic_alphabet());
  11   BOOST_CHECK_EQUAL(s.size(), 0);
  12 }
  13
  14 BOOST_AUTO_TEST_CASE( seqstring_string )
  15 {
  16   SeqString s("AGCT");
  17
  18   BOOST_CHECK_EQUAL(s.get_alphabet_ref(), reduced_nucleic_alphabet);
  19   BOOST_CHECK_EQUAL(s.get_alphabet(), Alphabet::reduced_nucleic_alphabet());
  20   BOOST_CHECK_EQUAL(s.size(), 4);
  21 }
  22
  23 // such an exciting unit test, making sure that a=b; a==b
  24 BOOST_AUTO_TEST_CASE( seqstring_string_nucleic_alphabet )
  25 {
  26   SeqString s("AGCT", nucleic_alphabet);
  27
  28   BOOST_CHECK_EQUAL(s.get_alphabet_ref(), nucleic_alphabet);
  29   BOOST_CHECK_EQUAL(s.get_alphabet(), Alphabet::nucleic_alphabet());
  30   BOOST_CHECK_EQUAL(s.size(), 4);
  31 }
  32
  33 // such an exciting unit test, making sure that a=b; a==b
  34 BOOST_AUTO_TEST_CASE( seqstring_string_dna_alphabet )
  35 {
  36   SeqString s("AGCT", dna_alphabet);
  37
  38   BOOST_CHECK_EQUAL(s.get_alphabet_ref(), dna_alphabet);
  39   BOOST_CHECK_EQUAL(s.get_alphabet(), Alphabet::dna_alphabet());
  40   BOOST_CHECK_EQUAL(s.size(), 4);
  41 }