flp.cc

   1 //  This file is part of the Mussa source distribution.
   2 //  http://mussa.caltech.edu/
   3 //  Contact author: Tristan  De Buysscher, tristan@caltech.edu
   4
   5 // This program and all associated source code files are Copyright (C) 2005
   6 // the California Institute of Technology, Pasadena, CA, 91125 USA.  It is
   7 // under the GNU Public License; please see the included LICENSE.txt
   8 // file for more information, or contact Tristan directly.
   9
  10
  11 //                        ----------------------------------------
  12 //                            ---------- flp.cc  -----------
  13 //                        ----------------------------------------
  14
  15 #include "flp.hh"
  16
  17 #include <fstream>
  18 #include <iostream>
  19
  20 using namespace std;
  21
  22 FLPs::FLPs()
  23 {
  24 }
  25
  26 void
  27 FLPs::setup(string type, int win_size, int hard_thres, int len1, int len2)
  28 {
  29   list<match> empty_match_list;
  30   int i;
  31
  32   window_size = win_size;
  33   hard_threshold = hard_thres;
  34   seq1_length = len1;
  35   seq2_length = len2;
  36   ana_type = type;
  37   seq1_win_num = seq1_length - win_size + 1;
  38   seq2_win_num = seq2_length - win_size + 1;
  39   all_matches.reserve(seq1_win_num);
  40
  41   empty_match_list.clear();
  42   for(i = 0; i < seq1_win_num; i++)
  43     all_matches.push_back(empty_match_list);
  44 }
  45
  46 int
  47 FLPs::win_num()
  48 {
  49   return seq1_win_num;
  50 }
  51
  52 /*
  53 bool
  54 FLPs::match_less(match *match1, match *match2)
  55 {
  56   if (match1->score < match2->score)
  57     return true;
  58   else if ( (match1->score == match2->score) &&
  59             (match1->index < match2->index) )
  60     return true;
  61   else
  62     return false;
  63 }
  64
  65 void
  66 FLPs::sort()
  67 {
  68   int i;
  69
  70   for(i = 0; i < seq1_win_num; i++)
  71     if (!all_matches[i].empty())
  72       all_matches[i].sort(&FLPs::match_less);
  73 }
  74 */
  75
  76 list<int>
  77 FLPs::matches(int index)
  78 {
  79   list<int> these_matches;
  80   list<match>::iterator list_i, list_end;
  81
  82   index = abs(index);
  83   list_i = all_matches[index].begin();
  84   list_end = all_matches[index].end();
  85   //if (list_i == list_end)
  86   //cout << "its fuckin empty!!!!";
  87   while (list_i != list_end)
  88   {
  89     these_matches.push_back(list_i->index);
  90     //cout << list_i->index << " ";
  91     ++list_i;
  92   }
  93   //cout << endl;
  94
  95   return these_matches;
  96 }
  97
  98 list<int>
  99 FLPs::thres_matches(int index, int thres)
 100 {
 101   list<int> thres_matches;
 102   list<match>::iterator list_i, list_end;
 103
 104   index = abs(index);
 105   list_i = all_matches[index].begin();
 106   list_end = all_matches[index].end();
 107   thres_matches.clear();
 108
 109   //if (list_i == list_end)
 110   //cout << "its fuckin empty!!!!";
 111   while (list_i != list_end)
 112   {
 113     if (list_i->score >= thres)
 114       thres_matches.push_back(list_i->index);
 115     //cout << list_i->index << " ";
 116
 117     ++list_i;
 118   }
 119   //cout << endl;
 120
 121   return thres_matches;
 122 }
 123
 124
 125 void
 126 FLPs::file_save(string save_file_path)
 127 {
 128   fstream save_file;
 129   list<match>::iterator match_i, match_list_end;
 130   int i;
 131
 132   save_file.open(save_file_path.c_str(), ios::out);
 133
 134   save_file << "<Seqcomp type=" << ana_type << " win=" << window_size;
 135   save_file << " thres=" << hard_threshold << ">\n";
 136
 137   for(i = 0; i < seq1_win_num; i++)
 138   {
 139     if (!all_matches[i].empty())
 140     {
 141       match_i = all_matches[i].begin();
 142       match_list_end = all_matches[i].end();
 143       while (match_i != match_list_end)
 144       {
 145         save_file << match_i->index << "," << match_i->score << " ";
 146         ++match_i;
 147       }
 148     }
 149     save_file << endl;
 150   }
 151
 152   save_file << "</Seqcomp>\n";
 153
 154   save_file.close();
 155 }
 156
 157 void
 158 FLPs::file_load(string file_path)
 159 {
 160   fstream data_file;
 161   string file_data, file_data_line, pair_data, index_data, score_data;
 162   int type, window, hard_thres;
 163   match a_match;
 164   string::size_type split_index, comma_index;
 165   bool tag_open = false;
 166   list<match> a_match_list;
 167   int i;
 168
 169
 170
 171
 172
 173
 174   data_file.open(file_path.c_str(), ios::in);
 175
 176   getline(data_file,file_data_line);
 177   // parse seqcomp open tag and parameters
 178   // eg <Seqcomp type=mussa win=30 thres=21>
 179   // if parse successful...
 180   tag_open = true;
 181
 182   while ((!data_file.eof()) && tag_open)
 183   {
 184     // intialize list to empty
 185     a_match_list.clear();
 186
 187     getline(data_file,file_data_line);
 188
 189     if (file_data_line == "</Seqcomp>")
 190       tag_open = false;
 191     // parse line of matches
 192     else if (file_data_line == "")
 193     {
 194       //cout << "empty line\n";
 195       all_matches.push_back(a_match_list);
 196     }
 197     else
 198     {
 199       split_index = file_data_line.find(" ");
 200
 201       while (split_index != string::npos)
 202       {
 203         pair_data = file_data_line.substr(0,split_index);
 204         file_data_line = file_data_line.substr(split_index+1);
 205         //cout << "pair_data = " << pair_data << "...";
 206         // parse out the 2 pieces of data, index and score of pair match
 207         comma_index = pair_data.find(",");
 208         index_data = pair_data.substr(0, comma_index);
 209         a_match.index = atoi(index_data.c_str() );
 210         score_data = pair_data.substr(comma_index+1);
 211         a_match.score = atoi(score_data.c_str() );
 212
 213         //cout << a_match.index << "," << a_match.score << " ";
 214
 215         a_match_list.push_back(a_match);
 216
 217         split_index = file_data_line.find(" ");
 218       }
 219       //cout << "\n";
 220       all_matches.push_back(a_match_list);
 221     }
 222   }
 223   seq1_win_num = all_matches.size();
 224   cout << "windows in flp = " << all_matches.size() << endl;
 225   data_file.close();
 226 }
 227
 228 /*
 229       cout << "fee\n";
 230       cout << "fie\n";
 231       cout << "foe  ";
 232       cout << "fum\n";
 233 */
 234
 235