flp.cc

   1 //                        ----------------------------------------
   2 //                            ---------- flp.cc  -----------
   3 //                        ----------------------------------------
   4
   5 #include "flp.hh"
   6
   7
   8 FLPs::FLPs()
   9 {
  10 }
  11
  12 void
  13 FLPs::setup(string type, int win_size, int hard_thres, int len1, int len2)
  14 {
  15   list<match> empty_match_list;
  16   int i;
  17
  18   window_size = win_size;
  19   hard_threshold = hard_thres;
  20   seq1_length = len1;
  21   seq2_length = len2;
  22   ana_type = type;
  23   seq1_win_num = seq1_length - win_size + 1;
  24   seq2_win_num = seq2_length - win_size + 1;
  25   all_matches.reserve(seq1_win_num);
  26
  27   empty_match_list.clear();
  28   for(i = 0; i < seq1_win_num; i++)
  29     all_matches.push_back(empty_match_list);
  30 }
  31
  32 int
  33 FLPs::win_num()
  34 {
  35   return seq1_win_num;
  36 }
  37
  38 /*
  39 bool
  40 FLPs::match_less(match *match1, match *match2)
  41 {
  42   if (match1->score < match2->score)
  43     return true;
  44   else if ( (match1->score == match2->score) &&
  45             (match1->index < match2->index) )
  46     return true;
  47   else
  48     return false;
  49 }
  50
  51 void
  52 FLPs::sort()
  53 {
  54   int i;
  55
  56   for(i = 0; i < seq1_win_num; i++)
  57     if (!all_matches[i].empty())
  58       all_matches[i].sort(&FLPs::match_less);
  59 }
  60 */
  61
  62 list<int>
  63 FLPs::matches(int index)
  64 {
  65   list<int> these_matches;
  66   list<match>::iterator list_i, list_end;
  67
  68   index = abs(index);
  69   list_i = all_matches[index].begin();
  70   list_end = all_matches[index].end();
  71   //if (list_i == list_end)
  72   //cout << "its fuckin empty!!!!";
  73   while (list_i != list_end)
  74   {
  75     these_matches.push_back(list_i->index);
  76     //cout << list_i->index << " ";
  77     ++list_i;
  78   }
  79   //cout << endl;
  80
  81   return these_matches;
  82 }
  83
  84 list<int>
  85 FLPs::thres_matches(int index, int thres)
  86 {
  87   list<int> thres_matches;
  88   list<match>::iterator list_i, list_end;
  89
  90   index = abs(index);
  91   list_i = all_matches[index].begin();
  92   list_end = all_matches[index].end();
  93   thres_matches.clear();
  94
  95   //if (list_i == list_end)
  96   //cout << "its fuckin empty!!!!";
  97   while (list_i != list_end)
  98   {
  99     if (list_i->score >= thres)
 100       thres_matches.push_back(list_i->index);
 101     //cout << list_i->index << " ";
 102
 103     ++list_i;
 104   }
 105   //cout << endl;
 106
 107   return thres_matches;
 108 }
 109
 110
 111 void
 112 FLPs::file_save(string save_file_path)
 113 {
 114   fstream save_file;
 115   list<match>::iterator match_i, match_list_end;
 116   int i;
 117
 118   save_file.open(save_file_path.c_str(), ios::out);
 119
 120   save_file << "<Seqcomp type=" << ana_type << " win=" << window_size;
 121   save_file << " thres=" << hard_threshold << ">\n";
 122
 123   for(i = 0; i < seq1_win_num; i++)
 124   {
 125     if (!all_matches[i].empty())
 126     {
 127       match_i = all_matches[i].begin();
 128       match_list_end = all_matches[i].end();
 129       while (match_i != match_list_end)
 130       {
 131         save_file << match_i->index << "," << match_i->score << " ";
 132         ++match_i;
 133       }
 134     }
 135     save_file << endl;
 136   }
 137
 138   save_file << "</Seqcomp>\n";
 139
 140   save_file.close();
 141 }
 142
 143 void
 144 FLPs::file_load(string file_path)
 145 {
 146   fstream data_file;
 147   string file_data, file_data_line, pair_data, index_data, score_data;
 148   int type, window, hard_thres;
 149   match a_match;
 150   string::size_type split_index, comma_index;
 151   bool tag_open = false;
 152   list<match> a_match_list;
 153   int i;
 154
 155
 156
 157
 158
 159
 160   data_file.open(file_path.c_str(), ios::in);
 161
 162   getline(data_file,file_data_line);
 163   // parse seqcomp open tag and parameters
 164   // eg <Seqcomp type=mussa win=30 thres=21>
 165   // if parse successful...
 166   tag_open = true;
 167
 168   while ((!data_file.eof()) && tag_open)
 169   {
 170     // intialize list to empty
 171     a_match_list.clear();
 172
 173     getline(data_file,file_data_line);
 174
 175     if (file_data_line == "</Seqcomp>")
 176       tag_open = false;
 177     // parse line of matches
 178     else if (file_data_line == "")
 179     {
 180       //cout << "empty line\n";
 181       all_matches.push_back(a_match_list);
 182     }
 183     else
 184     {
 185       split_index = file_data_line.find(" ");
 186
 187       while (split_index != string::npos)
 188       {
 189         pair_data = file_data_line.substr(0,split_index);
 190         file_data_line = file_data_line.substr(split_index+1);
 191         //cout << "pair_data = " << pair_data << "...";
 192         // parse out the 2 pieces of data, index and score of pair match
 193         comma_index = pair_data.find(",");
 194         index_data = pair_data.substr(0, comma_index);
 195         a_match.index = atoi(index_data.c_str() );
 196         score_data = pair_data.substr(comma_index+1);
 197         a_match.score = atoi(score_data.c_str() );
 198
 199         //cout << a_match.index << "," << a_match.score << " ";
 200
 201         a_match_list.push_back(a_match);
 202
 203         split_index = file_data_line.find(" ");
 204       }
 205       //cout << "\n";
 206       all_matches.push_back(a_match_list);
 207     }
 208   }
 209   seq1_win_num = all_matches.size();
 210   cout << "windows in flp = " << all_matches.size() << endl;
 211   data_file.close();
 212 }
 213
 214 /*
 215       cout << "fee\n";
 216       cout << "fie\n";
 217       cout << "foe  ";
 218       cout << "fum\n";
 219 */
 220
 221