flp.hh

   1 //                        ----------------------------------------
   2 //                            ---------- flp.hh  -----------
   3 //                        ----------------------------------------
   4
   5 #include "sequence.hh"
   6
   7
   8 // FLP = Fixed Length Pairs (Data)
   9 // vector of linked lists of the match type struct
  10 class FLPs
  11 {
  12   private:
  13     int window_size;
  14     int hard_threshold;
  15     int seq1_length, seq2_length, seq1_win_num, seq2_win_num;
  16     string ana_type;
  17
  18
  19     struct match
  20     {
  21       int index;
  22       int score;
  23     };
  24
  25
  26
  27
  28   public:
  29     FLPs();
  30     void setup(string type, int win_size, int hard_thres, int len1, int len2);
  31     inline void add(int seq1_i, int seq2_i, int a_score, int i2_offset);
  32     void seqcomp(string seq1, string seq2, bool is_RC);
  33   //bool FLPs::match_less(match *match1, match *match2);
  34   //void FLPs::sort();
  35     list<int> matches(int index);
  36   //version with int threshold
  37     list<int> thres_matches(int index, int thres);
  38     int win_num();
  39     void file_save(string save_file_path);
  40     void file_load(string file_path);
  41
  42     vector<list<match> > all_matches;
  43 };