gui/SeqView.hh

   1 #ifndef _MUSSA_GUI_SEQ_VIEW_H_
   2 #define _MUSSA_GUI_SEQ_VIEW_H_
   3 //  This file is part of the Mussa source distribution.
   4 //  http://mussa.caltech.edu/
   5 //  Contact author: Tristan  De Buysscher, tristan@caltech.edu
   6
   7 // This program and all associated source code files are Copyright (C) 2005
   8 // the California Institute of Technology, Pasadena, CA, 91125 USA.  It is
   9 // under the GNU Public License; please see the included LICENSE.txt
  10 // file for more information, or contact Tristan directly.
  11
  12 #include <list>
  13 #include <string>
  14 #include <vector>
  15
  16 #include <FL/Fl_Box.H>
  17
  18 #include "MotifWindow.hh"
  19 #include "SetupWindow.hh"
  20
  21 class SeqView : public Fl_Box
  22 {
  23   public:
  24     SeqView(int x_top,int y_top,int x_bot,int y_bot) :
  25       Fl_Box(x_top,y_top,x_bot,y_bot)
  26     {
  27       x_max = x_bot;
  28       y_max = y_bot;
  29       x_min = x_top;
  30       y_min = y_top;
  31       show_bars = true;
  32       show_motifs = true;
  33     }
  34
  35     void setup(std::string name, int sq_num, std::vector<Sequence> *some_seqs,
  36                std::list<ExtendedConservedPath > some_paths,
  37                std::vector<int> some_lens, std::vector<motif> *some_motifs);
  38     void align_offsets(int align_num);
  39     void toggle_align(int align_num);
  40     void toggle_bars();
  41     void toggle_motifs();
  42
  43   private:
  44     std::string analysis_name;
  45     int seq_num;
  46     int base_window_len;
  47
  48   //this data is passed as pointers to the instantiated classes
  49     std::vector<Sequence> *S;
  50   //list of paths in selection box
  51     std::list<ExtendedConservedPath > P;
  52     std::vector<int> seq_lens;
  53   //pointer to passed motif data
  54     std::vector<motif> *the_motifs;
  55
  56     int x_max, y_max, x_min, y_min;
  57     int y_seq_incre;
  58     int index_pad;
  59     std::vector<int> seq_align_offsets;
  60     std::vector<std::string> raw_sequence;
  61     bool dragging;
  62     int drag_change, scroll_offset;
  63     bool show_bars, show_motifs;
  64     std::vector<bool> show_aligns;
  65
  66     void resize(int new_x, int new_y, int new_w, int new_h);
  67     void draw();
  68     void draw_motifs(double ch_width);
  69     void draw_sequence(double ch_width);
  70     void draw_match_lines(double ch_width);
  71     void draw_indices(double ch_width);
  72     int handle(int e);
  73     void reporter(std::string id, int value);
  74 };
  75 #endif