gui/SetupWindow.cxx

   1 //  This file is part of the Mussa source distribution.
   2 //  http://mussa.caltech.edu/
   3 //  Contact author: Tristan  De Buysscher, tristan@caltech.edu
   4
   5 // This program and all associated source code files are Copyright (C) 2005
   6 // the California Institute of Technology, Pasadena, CA, 91125 USA.  It is
   7 // under the GNU Public License; please see the included LICENSE.txt
   8 // file for more information, or contact Tristan directly.
   9
  10
  11 #include "SetupWindow.hh"
  12 #include "alg/mussa_class.hh"
  13 #include "mussa_exceptions.hh"
  14 #include <iostream>
  15 #include <FL/Fl_File_Chooser.H>
  16
  17 using namespace std;
  18
  19 bool
  20 SetupWindow::done()
  21 {
  22   return all_done;
  23 }
  24
  25
  26 void
  27 do_analysis_cb(Fl_Button* o, void* v)
  28 {
  29   SetupWindow* T=(SetupWindow*)v;
  30   T->real_do_analysis();
  31 }
  32
  33
  34 // passes the parameters to the mussa class object and orders it to run
  35 void
  36 SetupWindow::real_do_analysis()
  37 {
  38   int i;
  39   string err_msg;
  40
  41   // <-- need a check here to make sure all vars have a valid value
  42
  43   an_analysis->clear();
  44   an_analysis->set_name(analysis_name);
  45   an_analysis->set_window(window);
  46   an_analysis->set_threshold(threshold);
  47
  48   for(i=0; i < seq_num; i++)
  49     an_analysis->set_seq_info(seq_files[i], annot_files[i], fasta_indices[i],
  50                               sub_seq_starts[i], sub_seq_ends[i]);
  51
  52   try {
  53     an_analysis->analyze();
  54   } catch (mussa_analysis_error e) {
  55     fl_alert(e.what());
  56   }
  57
  58   all_done = true;
  59
  60   hide();
  61 }
  62
  63
  64 void
  65 choose_seq_file_cb(Fl_Button* o, void* v)
  66 {
  67   seq_data_instance * blah = (seq_data_instance *) v;
  68   SetupWindow* T= blah->sw_ptr;
  69   T->real_choose_seq_file_cb(blah->index);
  70 }
  71
  72
  73 void
  74 SetupWindow::real_choose_seq_file_cb(int i)
  75 {
  76   char *picked_file;
  77   string a_file_path;
  78
  79   picked_file = fl_file_chooser("Find an Analysis", "", "", 1);
  80   a_file_path = picked_file;
  81   seq_files[i] = a_file_path;
  82   seq_inputs[i]->value((const char *)picked_file);
  83 }
  84
  85
  86 void
  87 seq_file_in_cb(Fl_Input* o, void* v)
  88 {
  89   seq_data_instance * blah = (seq_data_instance *) v;
  90   SetupWindow* T= blah->sw_ptr;
  91   T->real_seq_file_in_cb(o,blah->index);
  92 }
  93
  94
  95 void
  96 SetupWindow::real_seq_file_in_cb(Fl_Input* o, int i)
  97 {
  98   seq_files[i] = o->value();
  99   // leaving this as a reminder that bools will need to be set to determine
 100   // if all needed fields have been filled with some value before an analysis
 101   // is attempted
 102   //(*the_motifs)[i].dirty = true;
 103 }
 104
 105 //char *picked_file;
 106 //picked_file = fl_file_chooser("Find an Analysis", "", "", 1);
 107
 108 // *** Annot file selection
 109
 110 void
 111 choose_annot_file_cb(Fl_Button* o, void* v)
 112 {
 113   seq_data_instance * blah = (seq_data_instance *) v;
 114   SetupWindow* T= blah->sw_ptr;
 115   T->real_choose_annot_file_cb(blah->index);
 116 }
 117
 118
 119 void
 120 SetupWindow::real_choose_annot_file_cb(int i)
 121 {
 122   char *picked_file;
 123   string a_file_path;
 124
 125   picked_file = fl_file_chooser("Find an Analysis", "", "", 1);
 126   a_file_path = picked_file;
 127   annot_files[i] = a_file_path;
 128   annot_inputs[i]->value((const char *)picked_file);
 129 }
 130
 131 void
 132 annot_file_in_cb(Fl_Input* o, void* v)
 133 {
 134   seq_data_instance * blah = (seq_data_instance *) v;
 135   SetupWindow* T= blah->sw_ptr;
 136   T->real_annot_file_in_cb(o,blah->index);
 137 }
 138
 139 void
 140 SetupWindow::real_annot_file_in_cb(Fl_Input* o, int i)
 141 {
 142   annot_files[i] = o->value();
 143 }
 144
 145
 146 // *** fasta index selection
 147
 148 void
 149 fa_index_in_cb(Fl_Input* o, void* v)
 150 {
 151   seq_data_instance * blah = (seq_data_instance *) v;
 152   SetupWindow* T= blah->sw_ptr;
 153   T->real_fa_index_in_cb(o,blah->index);
 154 }
 155
 156 void
 157 SetupWindow::real_fa_index_in_cb(Fl_Input* o, int i)
 158 {
 159   fasta_indices[i] = atoi(o->value());
 160 }
 161
 162 // *** subsequence start select
 163
 164 void
 165 sub_start_in_cb(Fl_Input* o, void* v)
 166 {
 167   seq_data_instance * blah = (seq_data_instance *) v;
 168   SetupWindow* T= blah->sw_ptr;
 169   T->real_sub_start_in_cb(o,blah->index);
 170 }
 171
 172 void
 173 SetupWindow::real_sub_start_in_cb(Fl_Input* o, int i)
 174 {
 175   sub_seq_starts[i] = atoi(o->value());
 176 }
 177
 178 // *** subsequence end select
 179
 180 void
 181 sub_end_in_cb(Fl_Input* o, void* v)
 182 {
 183   seq_data_instance * blah = (seq_data_instance *) v;
 184   SetupWindow* T= blah->sw_ptr;
 185   T->real_sub_end_in_cb(o,blah->index);
 186 }
 187
 188 void
 189 SetupWindow::real_sub_end_in_cb(Fl_Input* o, int i)
 190 {
 191   sub_seq_ends[i] = atoi(o->value());
 192
 193 }
 194
 195 // *** input analysis name
 196
 197 void
 198 set_ana_name_cb(Fl_Input* o, void* v)
 199 {
 200   SetupWindow* T=(SetupWindow*)v;
 201   T->real_set_ana_name_cb(o);
 202 }
 203
 204 void
 205 SetupWindow::real_set_ana_name_cb(Fl_Input* o)
 206 {
 207   analysis_name = o->value();
 208 }
 209
 210 // *** input window size
 211
 212 void
 213 set_win_size_cb(Fl_Input* o, void* v)
 214 {
 215   SetupWindow* T=(SetupWindow*)v;
 216   T->real_set_win_size_cb(o);
 217 }
 218
 219 void
 220 SetupWindow::real_set_win_size_cb(Fl_Input* o)
 221 {
 222   window = atoi(o->value());
 223 }
 224
 225 // *** input threshold
 226
 227 void
 228 set_threshold_cb(Fl_Input* o, void* v)
 229 {
 230   SetupWindow* T=(SetupWindow*)v;
 231   T->real_set_threshold_cb(o);
 232 }
 233
 234 void
 235 SetupWindow::real_set_threshold_cb(Fl_Input* o)
 236 {
 237   threshold = atoi(o->value());
 238 }
 239
 240 void
 241 set_seq_num_cb(Fl_Input* o, void* v)
 242 {
 243   SetupWindow* T=(SetupWindow*)v;
 244   T->real_set_seq_num_cb(o);
 245 }
 246
 247 // *** input number of sequences, add appropriate inputs for each sequence
 248
 249 void
 250 SetupWindow::real_set_seq_num_cb(Fl_Input* o)
 251 {
 252   int i;
 253
 254   seq_num = atoi(o->value());
 255   seq_inputs.clear();
 256   annot_inputs.clear();
 257
 258   seq_scroll = new Fl_Scroll(5,80,w()-10,h()-115);
 259   seq_scroll->color(FL_WHITE);
 260
 261   for (i = 0; i < seq_num; i++)
 262   {
 263     seq_files.push_back("");
 264     annot_files.push_back("");
 265     fasta_indices.push_back(1);
 266     sub_seq_starts.push_back(0);
 267     sub_seq_ends.push_back(0);
 268     add_seq_input(i);
 269   }
 270   seq_scroll->box(FL_DOWN_FRAME);
 271   add(seq_scroll);
 272   redraw();
 273 }
 274
 275
 276 SetupWindow::SetupWindow(int w, int h, const char* title, Mussa *the_analysis):Fl_Window(w,h,title)
 277 {
 278   color(FL_WHITE);
 279
 280   an_analysis = the_analysis;
 281   all_done = false;
 282
 283   begin();
 284
 285   name_input = new Fl_Input(110, 10, w-120, 30, "Analysis Name ");
 286   name_input->value("");
 287   //name_input->when(FL_WHEN_ENTER_KEY);
 288   name_input->box(FL_BORDER_BOX);
 289   name_input->callback((Fl_Callback*)set_ana_name_cb, this);
 290
 291   // add in radio buttons for win_append and thres_append eventually
 292   win_append = true;
 293   thres_append = true;
 294
 295   win_input = new Fl_Input(65,45,100,30, "Window ");
 296   win_input->value("");
 297   win_input->callback((Fl_Callback*)set_win_size_cb, this);
 298
 299   thres_input = new Fl_Input(250,45,100,30, "Threshold ");
 300   thres_input->value("");
 301   thres_input->callback((Fl_Callback*)set_threshold_cb, this);
 302
 303   seq_num_input = new Fl_Input(480,45,100, 30, "Number of Seqs");
 304   seq_num_input->value("");
 305   seq_num_input->callback((Fl_Callback*)set_seq_num_cb, this);
 306
 307   // button to launch the analysis
 308   test = new Fl_Button(w-100,h-30,100,30,"Do Analysis");
 309   test->callback((Fl_Callback*)do_analysis_cb, this);
 310
 311   // test button to make sure setup data is being stored
 312   test = new Fl_Button(w-200,h-30,100,30,"show setup");
 313   test->callback((Fl_Callback*)print_cb, this);
 314
 315   // generic input, keeping around as template for future additions
 316   //_input = new Fl_Input(0, , 30, "");
 317   //_input->value("");
 318   //_input->when(FL_WHEN_ENTER_KEY);
 319   //_input->callback((Fl_Callback*)set__cb, this);
 320
 321   end();
 322   //resizable(this);
 323   show();
 324 }
 325
 326
 327 SetupWindow::~SetupWindow(){}
 328
 329
 330 void
 331 SetupWindow::add_seq_input(int i)
 332 {
 333   Fl_Input *fasta_input, *start_input, *end_input;
 334   Fl_Button *seq_browse, *annot_browse;
 335
 336
 337   // this remembers what seq index each input is associated with
 338   seq_data_instance * something;
 339   something = new seq_data_instance;
 340   something->sw_ptr = this;
 341   something->index = i;
 342
 343
 344   // setup sequence file input for text input or file browsing
 345   seq_inputs.push_back(new Fl_Input(55, 85+(i*105), w()-165, 30, "seq "));
 346   seq_inputs[i]->value("");
 347   seq_inputs[i]->callback((Fl_Callback*)seq_file_in_cb, (void*) something);
 348
 349   seq_browse = new Fl_Button(w()-105, 85+(i*105), 80, 30, "Browse");
 350   seq_browse->callback((Fl_Callback*)choose_seq_file_cb, (void*) something);
 351
 352   // setup annotation file input for text input or file browsing
 353   annot_inputs.push_back(new Fl_Input(55, 120+(i*105), w()-165, 30, "annot "));
 354   annot_inputs[i]->value("");
 355   annot_inputs[i]->callback((Fl_Callback*)annot_file_in_cb,(void*)something);
 356
 357   annot_browse = new Fl_Button(w()-105, 120+(i*105), 80, 30, "Browse");
 358   annot_browse->callback((Fl_Callback*)choose_annot_file_cb, (void*)something);
 359
 360   // index of fasta seq wanted if more than 1 seq in file
 361   fasta_input = new Fl_Input(90, 155+(i*105), 50, 30, "fasta index");
 362   fasta_input->value("");
 363   fasta_input->callback((Fl_Callback*)fa_index_in_cb, (void*) something);
 364
 365   // subsequence select, index of first bp wanted
 366   start_input = new Fl_Input(225, 155+(i*105), 50, 30, "start index");
 367   start_input->value("");
 368   start_input->callback((Fl_Callback*)sub_start_in_cb, (void*) something);
 369
 370   // subsequence select, index of last bp wanted
 371   end_input = new Fl_Input(355, 155+(i*105), 50, 30, "end index");
 372   end_input->value("");
 373   end_input->callback((Fl_Callback*)sub_end_in_cb, (void*) something);
 374
 375   seq_scroll->add(seq_inputs[i]);
 376   seq_scroll->add(seq_browse);
 377   seq_scroll->add(annot_inputs[i]);
 378   seq_scroll->add(annot_browse);
 379   seq_scroll->add(fasta_input);
 380   seq_scroll->add(start_input);
 381   seq_scroll->add(end_input);
 382 }
 383
 384 /*
 385   cout << "fee\n";
 386   cout << "fie\n";
 387   cout << "foe\n";
 388   cout << "fum\n";
 389 */
 390
 391 void SetupWindow::print_cb(Fl_Button* o, void* v)
 392 {
 393   SetupWindow* T=(SetupWindow*)v;
 394   T->print_cb_real(o,v);
 395 }
 396
 397
 398 void SetupWindow::print_cb_real(Fl_Button* , void*)
 399 {
 400   cout << "analysis_name: " << analysis_name << endl;
 401   cout << "win: " << window << endl;
 402   cout << "thres: " << threshold << endl;
 403   cout << "seq_num: " << seq_num << endl;
 404   //cout << "win_add: " << win_append << end;
 405   //cout << "thres_add: " << thres_append << endl;
 406
 407   int i;
 408
 409
 410
 411   for (i = 0; i < seq_num; i++)
 412   {
 413     cout << seq_files[i] << endl;
 414     cout << annot_files[i] << endl;
 415     cout << "fasta: " << fasta_indices[i];
 416     cout << " start: " << sub_seq_starts[i];
 417     cout << " end: " << sub_seq_ends[i] << endl;
 418     cout << "blargle!\n";
 419   }
 420   cout << "end of inputs\n" << endl;
 421 }