mussa_class.cc

   1 //                        ----------------------------------------
   2 //                          ---------- mussa_class.cc -----------
   3 //                        ----------------------------------------
   4
   5 #include "mussa_class.hh"
   6
   7
   8 Mussa::Mussa()
   9 {
  10 }
  11
  12 void
  13 Mussa::setup(char * para_file_path)
  14 {
  15   ifstream para_file;
  16   string file_data_line;
  17   string param, value, annot_file;
  18   int split_index, fasta_index;
  19   bool seq_params, did_seq;
  20   int bogo;
  21
  22
  23   win_append = false;
  24   thres_append = false;
  25
  26   para_file.open(para_file_path, ios::in);
  27
  28   getline(para_file,file_data_line);
  29   split_index = file_data_line.find(" ");
  30   param = file_data_line.substr(0,split_index);
  31   value = file_data_line.substr(split_index+1);
  32
  33
  34   while (!para_file.eof())
  35   {
  36     did_seq = false;
  37     if (param == "ANA_NAME")
  38       ana_name = value;
  39     else if (param == "APPEND_WIN")
  40       win_append = true;
  41     else if (param == "APPEND_THRES")
  42       thres_append = true;
  43     else if (param == "SEQUENCE_NUM")
  44       seq_num = atoi(value.c_str());
  45     else if (param == "WINDOW")
  46       window = atoi(value.c_str());
  47     else if (param == "THRESHOLD")
  48       threshold = atoi(value.c_str());
  49     else if (param == "SEQUENCE")
  50     {
  51       seq_files.push_back(value);
  52       fasta_index = 1;
  53       annot_file = "";
  54       seq_params = true;
  55
  56       while ((!para_file.eof()) && seq_params)
  57       {
  58         getline(para_file,file_data_line);
  59         split_index = file_data_line.find(" ");
  60         param = file_data_line.substr(0,split_index);
  61         value = file_data_line.substr(split_index+1);
  62
  63         if (param == "FASTA_INDEX")
  64           fasta_index = atoi(value.c_str());
  65         else if (param == "ANNOTATION")
  66           annot_file = value;
  67         //ignore empty lines or that start with '#'
  68         else if ((param == "") || (param == "#")) {}
  69         else seq_params = false;
  70       }
  71
  72
  73       fasta_indices.push_back(fasta_index);
  74       annot_files.push_back(annot_file);
  75       did_seq = true;
  76
  77     }
  78     //ignore empty lines or that start with '#'
  79     else if ((param == "") || (param == "#")) {}
  80     else
  81     {
  82       cout << "Illegal/misplaced mussa parameter in file\n";
  83       cout << param << "\n";
  84     }
  85
  86     if (!did_seq)
  87     {
  88       getline(para_file,file_data_line);
  89       split_index = file_data_line.find(" ");
  90       param = file_data_line.substr(0,split_index);
  91       value = file_data_line.substr(split_index+1);
  92       did_seq = false;
  93     }
  94   }
  95
  96   para_file.close();
  97
  98   cout << "ana_name = " << ana_name << win_append << win_append << "\n";
  99   cout << "window = " << window << " threshold = " << threshold << "\n";
 100 }
 101
 102
 103 void
 104 Mussa::get_Seqs()
 105 {
 106   list<string>::iterator seq_files_i, annot_files_i;
 107   list<int>::iterator fasta_indices_i;
 108   Sequence aSeq;
 109
 110   seq_files_i = seq_files.begin();
 111   fasta_indices_i = fasta_indices.begin();
 112   annot_files_i = annot_files.begin();
 113
 114   while ( (seq_files_i != seq_files.end()) &&
 115           (fasta_indices_i != fasta_indices.end()) &&
 116           (annot_files_i != annot_files.end()) )
 117   {
 118     aSeq.load_fasta(*seq_files_i, *fasta_indices_i);
 119     the_Seqs.push_back(aSeq);
 120     cout << aSeq.hdr() << endl;
 121     aSeq.clear();
 122     ++seq_files_i;
 123     ++fasta_indices_i;
 124     ++annot_files_i;
 125   }
 126 }
 127
 128 /*
 129     aSeq.seq();
 130     cout << "\n";
 131     aSeq.hdr();
 132     cout << "\n";
 133 */
 134
 135 void
 136 Mussa::seqcomp()
 137 {
 138   int i, i2;     // loop vars over sequences to analyze
 139   vector<int> seq_lens;
 140   vector<FLPs> empty_FLP_vector;
 141   FLPs dummy_comp;
 142   string save_file_string;
 143
 144   empty_FLP_vector.clear();
 145   for(i = 0; i < seq_num; i++)
 146   {
 147     all_comps.push_back(empty_FLP_vector);
 148     for(i2 = 0; i2 < seq_num; i2++)
 149       all_comps[i].push_back(dummy_comp);
 150   }
 151
 152   for(i = 0; i < seq_num; i++)
 153     seq_lens.push_back(the_Seqs[i].len());
 154
 155   for(i = 0; i < seq_num; i++)
 156     for(i2 = i+1; i2 < seq_num; i2++)
 157     {
 158       all_comps[i][i2].setup("m", window, threshold, seq_lens[i],seq_lens[i2]);
 159       all_comps[i][i2].seqcomp(the_Seqs[i].seq(), the_Seqs[i2].seq(), false);
 160       all_comps[i][i2].seqcomp(the_Seqs[i].seq(),the_Seqs[i2].rev_comp(),true);
 161       save_file_string = "ana";
 162       if (i == 0)
 163         save_file_string += "0";
 164       else if (i == 1)
 165         save_file_string += "1";
 166       if (i2 == 1)
 167         save_file_string += "1";
 168       else if (i2 == 2)
 169         save_file_string += "2";
 170
 171       all_comps[i][i2].file_save(save_file_string);
 172     }
 173 }
 174
 175
 176 void
 177 Mussa::nway()
 178 {
 179   the_paths.setup(seq_num);
 180   the_paths.find_paths_r(all_comps);
 181 }
 182
 183
 184 void
 185 Mussa::save_old()
 186 {
 187   fstream save_file;
 188   int i;
 189
 190   save_file.open(ana_name.c_str(), ios::out);
 191
 192   for(i = 0; i < seq_num; i++)
 193     save_file << the_Seqs[i].seq() << endl;
 194
 195   save_file << window << endl;
 196   save_file.close();
 197   //note more complex eventually since ana_name may need to have
 198   //window size, threshold and other stuff to modify it...
 199   the_paths.save_old(ana_name);
 200 }
 201
 202
 203 void
 204 Mussa::load_old(char * load_file_path, int s_num)
 205 {
 206   fstream save_file;
 207   string file_data_line;
 208   int i, space_split_i, comma_split_i;
 209   vector<int> loaded_path;
 210   string node_pair, node;
 211   Sequence a_seq;
 212
 213   seq_num = s_num;
 214   the_paths.setup(seq_num);
 215   save_file.open(load_file_path, ios::in);
 216
 217   // currently loads old mussa format
 218
 219   // get sequences
 220   for(i = 0; i < seq_num; i++)
 221   {
 222     getline(save_file, file_data_line);
 223     a_seq.set_seq(file_data_line);
 224     the_Seqs.push_back(a_seq);
 225   }
 226
 227   // get window size
 228   getline(save_file, file_data_line);
 229   window = atoi(file_data_line.c_str());
 230   // get paths
 231
 232   while (!save_file.eof())
 233   {
 234     loaded_path.clear();
 235     getline(save_file, file_data_line);
 236     if (file_data_line != "")
 237     for(i = 0; i < seq_num; i++)
 238     {
 239       space_split_i = file_data_line.find(" ");
 240       node_pair = file_data_line.substr(0,space_split_i);
 241       //cout << "np= " << node_pair;
 242       comma_split_i = node_pair.find(",");
 243       node = node_pair.substr(comma_split_i+1);
 244       //cout << "n= " << node << " ";
 245       loaded_path.push_back(atoi (node.c_str()));
 246       file_data_line = file_data_line.substr(space_split_i+1);
 247     }
 248     //cout << endl;
 249     the_paths.add_path(loaded_path);
 250   }
 251   save_file.close();
 252
 253   //the_paths.save("tmp.save");
 254 }
 255
 256
 257 // In Memorial to Everything that's gone wrong in the last week
 258 // and Everything that will go wrong in the next 2 weeks 03/02/2004 - Tristan
 259 void
 260 Mussa::FuckingPieceOfShit(int x_max, int y_max)
 261 {
 262
 263   Fl_Window *conn_window = new Fl_Window(x_max, y_max, "Mussa Connections");
 264   ConnView *conn_box = new ConnView(0, 0, x_max, y_max);
 265   conn_box->setup(ana_name, seq_num, window, &the_Seqs, &the_paths);
 266   conn_box->scale_paths();
 267   conn_box->spawnSeq();
 268   conn_window->end();
 269   conn_window->show();
 270
 271   Fl::run();
 272 }
 273
 274 /*
 275       cout << "fee\n";
 276       cout << "fie\n";
 277       cout << "foe\n";
 278       cout << "fum\n";
 279 */
 280
 281