mussa_class.hh

   1 //                        ----------------------------------------
   2 //                          ---------- mussa_class.hh -----------
   3 //                        ----------------------------------------
   4
   5 #include "mussa_nway.hh"
   6 #include "time.h"
   7
   8 string int_to_str(int an_int);
   9
  10
  11 class Mussa
  12 {
  13   friend class MussaOverlord;
  14   friend class ConnWindow;
  15
  16   private:
  17     // Private variables
  18     // parameters needed for a mussa analysis
  19     string ana_name;
  20     int seq_num, window, threshold, soft_thres;
  21     char ana_mode;
  22     double ent_thres;
  23     list<string> seq_files, annot_files;
  24     list<int> fasta_indices, sub_seq_starts, sub_seq_ends;
  25     bool win_override, thres_override;
  26     bool win_append, thres_append;
  27
  28     // sequence data
  29     vector<Sequence> the_Seqs;
  30     // the seqcomp data
  31     vector<vector<FLPs> > all_comps;
  32     // N-way data, ie the mussa results
  33     Nway_Paths the_paths;
  34
  35
  36     // Private methods
  37     string get_Seqs();
  38     void seqcomp();
  39     void nway();
  40
  41
  42   public:
  43     Mussa();
  44
  45     // parameters need to be set before calling this
  46     // w & t are for command line override functionality, set to 0 to ignore
  47     string analyze(int w, int t, char ana_mode, double ent_thres);
  48     void save();
  49     void save_muway(string save_path);
  50     string load(string ana_file);
  51
  52     // clear parameters and initialize data lists
  53     void clear();
  54
  55     // set parameters from a file - 'mupa' ~ mussa parameters
  56     string load_mupa_file(string para_file_path);
  57
  58     // set parameters individually (eg from user input into gui classes)
  59     void set_name(string a_name);
  60     void set_seq_num(int a_num);
  61     void set_window(int a_window);
  62     void set_threshold(int a_threshold);
  63     void set_soft_thres(int sft_thres);
  64     void set_ana_mode(char new_ana_mode);
  65    // sets an individual sequence to a string (no ATCGN checking atm)
  66     void add_a_seq(string a_seq);
  67     // sets info to load a seq and annotations from a fasta file
  68     void set_seq_info(string seq_file, string annot_file, int fa_i, int a_start,                      int the_end);
  69
  70     // deprecated - support bridge for python version of mussa
  71     // these save & load from the old file format
  72     void save_old();
  73     void load_old(char * load_file_path, int s_num);
  74 };
  75