mussa_class.hh

   1 #ifndef _MUSSA_CLASS_H_
   2 #define _MUSSA_CLASS_H_
   3 //  This file is part of the Mussa source distribution.
   4 //  http://mussa.caltech.edu/
   5 //  Contact author: Tristan  De Buysscher, tristan@caltech.edu
   6
   7 // This program and all associated source code files are Copyright (C) 2005
   8 // the California Institute of Technology, Pasadena, CA, 91125 USA.  It is
   9 // under the GNU Public License; please see the included LICENSE.txt
  10 // file for more information, or contact Tristan directly.
  11
  12
  13 //                        ----------------------------------------
  14 //                          ---------- mussa_class.hh -----------
  15 //                        ----------------------------------------
  16
  17 #include <list>
  18 #include <string>
  19 #include <vector>
  20
  21 #include "mussa_nway.hh"
  22 #include "sequence.hh"
  23
  24 std::string int_to_str(int an_int);
  25
  26
  27 class Mussa
  28 {
  29   friend class MussaOverlord;
  30   friend class ConnWindow;
  31
  32   private:
  33     // Private variables
  34     // parameters needed for a mussa analysis
  35     std::string ana_name, file_path_base;
  36     int seq_num, window, threshold, soft_thres;
  37     char ana_mode;
  38     double ent_thres;
  39     std::list<std::string> seq_files, annot_files;
  40     std::list<int> fasta_indices, sub_seq_starts, sub_seq_ends;
  41     bool win_override, thres_override;
  42     bool win_append, thres_append;
  43
  44     // sequence data
  45     std::vector<Sequence> the_Seqs;
  46     // the seqcomp data
  47     std::vector<std::vector<FLPs> > all_comps;
  48     // N-way data, ie the mussa results
  49     Nway_Paths the_paths;
  50
  51
  52     // Private methods
  53     std::string get_Seqs();
  54     void seqcomp();
  55     void nway();
  56
  57
  58   public:
  59     Mussa();
  60
  61     // parameters need to be set before calling this
  62     // w & t are for command line override functionality, set to 0 to ignore
  63     std::string analyze(int w, int t, char ana_mode, double ent_thres);
  64     void save();
  65     void save_muway(std::string save_path);
  66     std::string load(std::string ana_file);
  67
  68     // clear parameters and initialize data lists
  69     void clear();
  70
  71     // set parameters from a file - 'mupa' ~ mussa parameters
  72     std::string load_mupa_file(std::string para_file_path);
  73
  74     // set parameters individually (eg from user input into gui classes)
  75     void set_name(std::string a_name);
  76     void set_seq_num(int a_num);
  77     void set_window(int a_window);
  78     void set_threshold(int a_threshold);
  79     void set_soft_thres(int sft_thres);
  80     void set_ana_mode(char new_ana_mode);
  81    // sets an individual sequence to a string (no ATCGN checking atm)
  82     void add_a_seq(std::string a_seq);
  83     // sets info to load a seq and annotations from a fasta file
  84     void set_seq_info(std::string seq_file, std::string annot_file,
  85                       int fa_i, int a_start, int the_end);
  86
  87     // deprecated - support bridge for python version of mussa
  88     // these save & load from the old file format
  89     void save_old();
  90     void load_old(char * load_file_path, int s_num);
  91 };
  92 #endif