mussa_gui_conn_window.cc

   1 #include "mussa_gui_conn_window.hh"
   2
   3
   4 void
   5 load_ana_cb(Fl_Button* o, void* v)
   6 {
   7   ConnWindow* T=(ConnWindow*)v;
   8   T->real_load_ana_cb();
   9 }
  10
  11
  12 void
  13 ConnWindow::real_load_ana_cb()
  14 {
  15   char *picked_file;
  16   string a_file_path;
  17   string err_msg;
  18
  19   cout << "Load!  Load!  Load, ye yellow-bellied seadogs!\n";
  20   //picked_file = fl_file_chooser("Find an Analysis", "", "", 1);
  21   picked_file = fl_dir_chooser("Find an Analysis", "", 1);
  22   if (picked_file != NULL)
  23   {
  24     a_file_path = picked_file;
  25     cout << "doo wah diddy diddy dum diddy doo\n";
  26     cout << a_file_path << endl;
  27
  28     // load the analysis
  29     an_analysis = new Mussa();
  30     err_msg = an_analysis->load(a_file_path);
  31     //.substr(0,a_file_path.find(".mu")));
  32
  33     if (err_msg == "")
  34     {
  35       // relabel window with the analysis name
  36       window_name = "Mussa: " + an_analysis->ana_name;
  37       label((const char*)window_name.c_str());
  38       // show the user the analysis
  39       conn_box->setup(an_analysis->ana_name, an_analysis->seq_num,
  40                       an_analysis->window, &(an_analysis->the_Seqs),
  41                       &(an_analysis->the_paths));
  42       conn_box->scale_paths();
  43     }
  44     else
  45     {
  46       fl_alert(err_msg.c_str());
  47       cout << err_msg << endl;
  48     }
  49   }
  50 }
  51
  52
  53 void
  54 do_ana_cb(Fl_Button* o, void* v)
  55 {
  56   ConnWindow* T=(ConnWindow*)v;
  57   T->real_do_ana_cb();
  58 }
  59
  60
  61 void
  62 ConnWindow::real_do_ana_cb()
  63 {
  64   char *picked_file;
  65   string a_file_path;
  66   string err_msg;
  67
  68   picked_file = fl_file_chooser("Analysis Config File", "", "", 1);
  69   if (picked_file != NULL)
  70   {
  71     a_file_path = picked_file;
  72
  73     an_analysis = new Mussa();
  74     err_msg = an_analysis->load_mupa_file(a_file_path);
  75
  76     if (err_msg == "")
  77     {
  78       err_msg = an_analysis->analyze(0, 0, 't', 0.0);
  79     }
  80
  81     if (err_msg == "")
  82     {
  83       // relabel window with the analysis name
  84       window_name = "Mussa: " + an_analysis->ana_name;
  85       label((const char*)window_name.c_str());
  86       // show the user the analysis
  87       conn_box->setup(an_analysis->ana_name, an_analysis->seq_num,
  88                       an_analysis->window, &(an_analysis->the_Seqs),
  89                       &(an_analysis->the_paths));
  90       conn_box->scale_paths();
  91     }
  92     else
  93     {
  94       fl_alert(err_msg.c_str());
  95       cout << err_msg;
  96     }
  97   }
  98 }
  99
 100
 101 void
 102 setup_ana_cb(Fl_Button* o, void* v)
 103 {
 104   ConnWindow* T=(ConnWindow*)v;
 105   T->real_setup_ana_cb();
 106 }
 107
 108 void
 109 ConnWindow::real_setup_ana_cb()
 110 {
 111   an_analysis = new Mussa();
 112   setup_win = new SetupWindow(650,700,"Analysis Setup", an_analysis);
 113
 114   while(setup_win->visible())
 115     Fl::wait(.1);
 116   cout << "Like a warm summer day\n";
 117
 118   if (setup_win->done())
 119   {
 120     // relabel window with the analysis name
 121     window_name = "Mussa: " + an_analysis->ana_name;
 122     label((const char*)window_name.c_str());
 123     // is it this easy?  what if setup window encounters an error...??
 124     conn_box->setup(an_analysis->ana_name, an_analysis->seq_num,
 125                     an_analysis->window, &(an_analysis->the_Seqs),
 126                     &(an_analysis->the_paths));
 127
 128     conn_box->scale_paths();
 129   }
 130 }
 131
 132
 133 void
 134 subana_cb(Fl_Button* o, void* v)
 135 {
 136   ConnWindow* T=(ConnWindow*)v;
 137   T->real_subana_cb();
 138 }
 139
 140 void
 141 ConnWindow::real_subana_cb()
 142 {
 143   string subana_name;
 144
 145   sub_analysis = new Mussa();
 146   subana_win = new SubanaWindow(500,400,"Sub Analysis Setup", sub_analysis,
 147                                 an_analysis->the_Seqs);
 148
 149   while(subana_win->visible())
 150     Fl::wait(.1);
 151   cout << "Like a warm summer day\n";
 152
 153   if (subana_win->done())
 154   {
 155     subana_name = "SubMussa: " + sub_analysis->ana_name;
 156     sub_conn_win = new ConnWindow(w(), h(), (const char*) subana_name.c_str());
 157     cout << "Like a warm day in may\n";
 158     sub_conn_win->add_ana(sub_analysis);
 159     //Fl::visual(FL_DOUBLE|FL_INDEX);
 160     //sub_conn_box->show();
 161   }
 162 }
 163
 164
 165 void
 166 seq_show_cb(Fl_Button* o, void* v)
 167 {
 168   ConnWindow* T=(ConnWindow*)v;
 169   T->real_seq_show_cb();
 170 }
 171
 172 void
 173 ConnWindow::real_seq_show_cb()
 174 {
 175   show_seq_win = new SeqTextWin(500,400,"Seq Show", an_analysis->the_Seqs);
 176 }
 177
 178 void
 179 seq_win_spawn_cb(Fl_Button* o, void* v)
 180 {
 181   ConnWindow* T=(ConnWindow*)v;
 182   T->real_seq_win_spawn_cb();
 183 }
 184
 185 void
 186 ConnWindow::real_seq_win_spawn_cb()
 187 {
 188   conn_box->spawnSeq();
 189 }
 190
 191 void
 192 motif_find_cb(Fl_Button* o, void* v)
 193 {
 194   ConnWindow* T=(ConnWindow*)v;
 195   T->real_motif_find_cb();
 196 }
 197
 198 void
 199 ConnWindow::real_motif_find_cb()
 200 {
 201   conn_box->find_motifs();
 202 }
 203
 204 void
 205 annot_win_cb(Fl_Button* o, void* v)
 206 {
 207   ConnWindow* T=(ConnWindow*)v;
 208   T->real_annot_win_cb();
 209 }
 210
 211 void
 212 ConnWindow::real_annot_win_cb()
 213 {
 214   conn_box->annot_win();
 215 }
 216
 217
 218 // all the crap needed for dealing with the scale bars
 219 void
 220 toggle_scale_bars_cb(Fl_Button* o, void* v)
 221 {
 222   ConnWindow* T=(ConnWindow*)v;
 223   T->real_toggle_bars_cb();
 224 }
 225
 226 void
 227 ConnWindow::real_toggle_bars_cb()
 228 {
 229   conn_box->toggle_bars();
 230 }
 231
 232 void
 233 set_bar_len_cb(Fl_Input* o, void* v)
 234 {
 235   ConnWindow* T=(ConnWindow*)v;
 236   cout << "WAAAAAAAAA\n";
 237   T->real_set_bar_len_cb(o);
 238 }
 239
 240 void
 241 ConnWindow::real_set_bar_len_cb(Fl_Input* o)
 242 {
 243   int new_bar_len;
 244
 245   new_bar_len = atoi(o->value());
 246   cout << "new bar len = " << new_bar_len << endl;
 247   conn_box->set_bar_interval(new_bar_len);
 248 }
 249
 250
 251 // all the crap needed for dealing with the scale lines
 252 void
 253 toggle_scale_lines_cb(Fl_Button* o, void* v)
 254 {
 255   ConnWindow* T=(ConnWindow*)v;
 256   T->real_toggle_lines_cb();
 257 }
 258
 259 void
 260 ConnWindow::real_toggle_lines_cb()
 261 {
 262   conn_box->toggle_lines();
 263 }
 264
 265 void
 266 set_line_len_cb(Fl_Input* o, void* v)
 267 {
 268   ConnWindow* T=(ConnWindow*)v;
 269   cout << "WAAAAAAAAA\n";
 270   T->real_set_line_len_cb(o);
 271 }
 272
 273 void
 274 ConnWindow::real_set_line_len_cb(Fl_Input* o)
 275 {
 276   int new_line_len;
 277
 278   new_line_len = atoi(o->value());
 279   cout << "new line len = " << new_line_len << endl;
 280   conn_box->set_line_interval(new_line_len);
 281 }
 282
 283
 284 // setting new soft threshold
 285
 286 void
 287 set_soft_thres_cb(Fl_Input* o, void* v)
 288 {
 289   ConnWindow* T=(ConnWindow*)v;
 290   cout << "WAAAAAAAAA\n";
 291   T->real_set_soft_thres_cb(o);
 292 }
 293
 294 void
 295 ConnWindow::real_set_soft_thres_cb(Fl_Input* o)
 296 {
 297   int new_soft_thres;
 298
 299   new_soft_thres = atoi(o->value());
 300   cout << "new soft thres = " << new_soft_thres << endl;
 301
 302   an_analysis->set_soft_thres(new_soft_thres);
 303   an_analysis->set_ana_mode('t');
 304   an_analysis->nway();
 305   conn_box->scale_paths();
 306   conn_box->redraw();
 307
 308   // hacked in stuff to save muway files at different thresholds
 309   string save_path;
 310   ostringstream append_info;
 311
 312   save_path = an_analysis->ana_name + "/"
 313     + an_analysis->ana_name.substr(0,an_analysis->ana_name.find("_t"));
 314   append_info.str("");
 315   append_info << "_t" << new_soft_thres << ".muway";
 316   //<<  "_w" << an_analysis->window
 317   save_path += append_info.str();
 318   cout << "saving as: " << save_path << endl;
 319   an_analysis->save_muway(save_path);
 320 }
 321
 322
 323
 324
 325 ConnWindow::ConnWindow(int w, int h, const char* title):
 326   Fl_Double_Window(w,h,title)
 327 {
 328   int button_len = 120;
 329   Fl_Color a_color = fl_rgb_color(150, 200, 255);
 330
 331   padding = 5;
 332
 333   begin();
 334   //fl_color(150,200,255);
 335   color(FL_WHITE);
 336   resizable(this);
 337
 338
 339   // create file menu button
 340   file_menu = new Fl_Menu_Button(padding, 2, button_len, 30, "Analysis");
 341   file_menu->color(FL_WHITE,a_color);
 342   file_menu->box(FL_BORDER_BOX);
 343   file_menu->clear();
 344
 345   // add menu items
 346   file_menu->add("Do Analysis", 0, (Fl_Callback *) do_ana_cb, this);
 347   file_menu->add("Load Analysis", 0, (Fl_Callback *) load_ana_cb, this);
 348   file_menu->add("Setup Analysis", 0, (Fl_Callback *) setup_ana_cb, this);
 349   file_menu->add("Sub Analysis", 0, (Fl_Callback *) subana_cb, this);
 350
 351
 352   view_menu = new Fl_Menu_Button(padding+button_len,2, button_len, 30, "View");
 353   view_menu->color(FL_WHITE,a_color);
 354   view_menu->box(FL_BORDER_BOX);
 355   view_menu->clear();
 356   view_menu->add("Sequence Zoom", 0, (Fl_Callback*) seq_win_spawn_cb, this);
 357   view_menu->add("Motif Finder", 0, (Fl_Callback*) motif_find_cb, this);
 358   view_menu->add("Annotations", 0, (Fl_Callback*) annot_win_cb, this);
 359   view_menu->add("Copy Seq", 0, (Fl_Callback*) seq_show_cb, this);
 360   view_menu->add("Toggle Bars", 0, (Fl_Callback*) toggle_scale_bars_cb, this,
 361                  FL_MENU_TOGGLE|FL_MENU_VALUE);
 362   view_menu->add("Toggle Lines", 0, (Fl_Callback*) toggle_scale_lines_cb, this,
 363                  FL_MENU_TOGGLE|FL_MENU_VALUE);
 364
 365   bar_input = new Fl_Input(padding+3*button_len, 2, button_len, 30, "Bar Length (bp)");
 366   bar_input->value("");
 367   bar_input->when(FL_WHEN_ENTER_KEY);
 368   bar_input->callback((Fl_Callback*)set_bar_len_cb, this);
 369
 370   line_input = new Fl_Input(padding+5*button_len, 2, button_len, 30, "Line Interval (bp)");
 371   line_input->value("");
 372   line_input->when(FL_WHEN_ENTER_KEY);
 373   line_input->callback((Fl_Callback*)set_line_len_cb, this);
 374
 375
 376   thres_input = new Fl_Input(padding+7*button_len, 2, button_len, 30, "Threshold");
 377   thres_input->value("");
 378   thres_input->when(FL_WHEN_ENTER_KEY);
 379   thres_input->callback((Fl_Callback*)set_soft_thres_cb, this);
 380
 381
 382   // create the connections box
 383   conn_box = new ConnView(padding, padding + 30, w-2*padding, h-2*padding-30);
 384   //conn_box = new ConnView(padding, padding, w-2*padding, h-2*padding);
 385
 386   end();
 387   show();
 388 }
 389
 390
 391 ConnWindow::~ConnWindow()
 392 {}
 393
 394
 395 void
 396 ConnWindow::add_ana(Mussa *the_ana)
 397 {
 398   an_analysis = the_ana;
 399
 400   // relabel window with the analysis name
 401   window_name = "Mussa: " + an_analysis->ana_name;
 402   label((const char*)window_name.c_str());
 403
 404   conn_box->setup(an_analysis->ana_name, an_analysis->seq_num,
 405                   an_analysis->window, &(an_analysis->the_Seqs),
 406                   &(an_analysis->the_paths));
 407   conn_box->scale_paths();
 408 }